git://source.jalview.org / jalview.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
Tree title
[jalview.git] / help / html / whatsNew.html
diff --git a/help/html/whatsNew.html b/help/html/whatsNew.html
index 5bb50f9..651292e 100755 (executable)
--- a/help/html/whatsNew.html
+++ b/help/html/whatsNew.html
@@ -1,28 +1,50 @@
-<html>\r
-<head><title>What's new ?</title></head>\r
-<body>\r
-<p><strong>What's new ?</strong> </p>\r
-<p>Jalview Version 2.1</p>\r
-<p>The multiple sequence alignment program <a href="webServices/mafft.html">MAFFT</a> \r
-  is available from the default Web Service list.</p>\r
-<p>The sequence feature retrieval system using DBFetch from EBI has been replaced \r
-  with <a href="features/dassettings.html">DAS Feature fetching</a> capabilities.</p>\r
-<p><a href="features/hiddenRegions.html">Hide sequences and columns</a></p>\r
-<p>Export Annotations and Features</p>\r
-<p>GFF file reading / writing</p>\r
-<p>Associate structures with sequences from local PDB files</p>\r
-<p>Add sequences to exisiting alignment</p>\r
-<p>Recently opened files / URL lists</p>\r
-<p>Applet can launch the full application</p>\r
-<p>Applet has transparency for features (Java 1.2 required)</p>\r
-<p>Applet has user defined colours parameter</p>\r
-<p>&nbsp; </p>\r
-<p><strong>Issues Resolved</strong></p>\r
-<p>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</p>\r
-<p>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</p>\r
-<p>Annotation files with sequence references bug fixed</p>\r
-<p>&nbsp;</p>\r
-<p>See the <a href="releases.html">Release History</a> page for details of all\r
-  new features and resolved issues. </p>\r
-</body>\r
-</html>\r
+<html>
+<head>
+<title>What's new ?</title>
+</head>
+<body>
+<p><strong>What's new ?</strong></p>
+
+<p><strong>Jalview Version 2.2</strong></p>
+<p>Multiple views with different styles, colours, hidden regions for
+one alignment</p>
+<p>Easily add, amend and delete sequence features</p>
+<p>&quot;Reload&quot; alignment from File or URL to revert to
+original</p>
+<p>&quot;Save&quot; to current filename or &quot;Save As&quot; to
+new filename</p>
+<p>New <strong>&quot;New Window&quot;</strong> button on the
+&quot;Output To Textbox&quot; opens output window for quick 'sequence
+editing'.</p>
+<p>Set different text colour for dark or light background</p>
+<p>Right align sequence ids</p>
+<p>Set colour of lower case residues in a user defined colour scheme
+</p>
+<p>Menu Rearrangements: New <strong>Format</strong> for alignment
+layout and <strong>Select</strong> for region selection.</p>
+</p>
+<p>Menu item accelerator keys added</p>
+<p>Control-V pastes sequences to active window, Control-Shift-V
+pastes to a new window.</p>
+<p>Raise/Minimise alignment and all associated windows from desktop
+window's <strong>window</strong> menu</p>
+<p>Select and colour whole branches of a tree</p>
+<p>'New Window' button on the 'Output to Text box' alignment output
+option to open a new alignment window after editing.</p>
+<p><strong>Issues Resolved</strong></p>
+</p>
+<p>Optimisations for large alignments: faster multithreaded
+calculations and Undo/Redo system.</p>
+<p>Remove empty columns - if empty columns exist at the end of the
+alignment bug fixed.</p>
+<p>DAS feature fetching slowed down, doesn't overload DAS servers</p>
+<p>DAS feature fetching can be cancelled</p>
+<p>Correct display of &gt; and &lt; symbols for feature descriptions
+without explicit &lt;html&gt; tags.</p>
+<p>Zoom working in PCA viewer</p>
+<p>Sequence Descriptions retained after running a web service</p>
+<p>&nbsp;</p>
+<p>See the <a href="releases.html">Release History</a> page for
+details of all new features and resolved issues.</p>
+</body>
+</html>