mapping implemented by MapList added to DBRefEntry.
[jalview.git] / help / html / whatsNew.html
index 7d88e7f..6989dd4 100755 (executable)
@@ -1,56 +1,26 @@
 <html>\r
-<head><title>What's new ?</title></head>\r
+<head>\r
+<title>What's new ?</title>\r
+</head>\r
 <body>\r
-<p><strong>What's new ?</strong> </p>\r
-<p>Jalview Version 2.08</p>\r
-<p><a href="editing/index.html">Editing</a> can be <a href="editing/selectionAreas.html">locked to the\r
-  selection area</a> so that any edits made within the locked area do\r
-  not unexpectedly shift other parts of the alignment.</p>\r
-<p> Keyboard editing - press F2 to toggle <a href="features/cursorMode.html">cursor mode</a> On / Off. For a full list \r
-  of keyboard controls, look <a href="keys.html">here</a>.</p>\r
-<p> <a href="features/search.html">Create sequence features from searches</a>. \r
-  Previously, the regions of sequences highlighted as the result of\r
-  searches were added as new regions in the alignment. Now, the sequence region\r
-  selected by a search can be used to define named sequences features\r
-  attached to the sequence, rather than the alignment.\r
-  </p>\r
-<p>Sequence feature display and rendering has also been enhanced, with\r
-  the addition of sequence feature groups (which can be used to show\r
-  or hide a set of features <em>en masse</em>) and user defined\r
-  feature colours as well as transparency controls, using the <a\r
-  href="features/featuresettings.html">Sequence Feature Settings</a>\r
-  window. The <a href="features/featuresFormat.html">Features file</a>\r
-  has also been extended to accomodate these enhancements.</p>\r
-<p>Alignment annotation and colouring is also considerably\r
-  enhanced. Precalculated symbolic and quantitative annotations (text labels,\r
-  secondary structure symbols and multiple scalar graphs) can now be\r
-  loaded onto alignments via the <a\r
-  href="features/annotationsFormat.html">Annotation\r
-  File</a>. Additionally, the <a\r
-  href="colourSchemes/annotationColouring.html">Annotation\r
-  Colouring</a> dialog box allows an alignment to be coloured based on\r
-  any of the graphed quantities with which it is annotated.</p>\r
-<p>Rendering speed has been improved by disabling anti-aliasing via\r
-  the <strong>Smooth Fonts</strong>\r
-  option in the <strong>View \r
-  menu</strong> (its default set in <strong>Preferences</strong>). In addition, response\r
-  times when editing alignments can be reduced by turning off the automatic\r
-  calculation of amino acid property Consensus (which has been\r
-  reintroduced to the <strong>Calculate</strong> menu as <strong>Autocalculate Consensus</strong>).<br>\r
-</p>\r
+<p><strong>What's new ?</strong></p>\r
+\r
+<p><strong>Jalview Version 2.2.1</strong></p>\r
+<p>Non standard characters can be read and displayed </p>\r
+<p>Annotations/Features can be imported/exported to the applet via textbox </p>\r
+<p>Applet allows editing of sequence/annotation/group name &amp; description </p>\r
+<p>Preference setting to display sequence name in italics </p>\r
+<p>Annotation file format extended to allow Sequence_groups to be defined</p>\r
+<p>Default opening of alignment overview panel can be specified in preferences</p>\r
+<p>&nbsp;</p>\r
 <p><strong>Issues Resolved</strong></p>\r
-<ul>\r
-<li>Drag &amp; Drop now works on common Linux desktops (at least KDE\r
-and Gnome)</li>\r
-<li>Jalview XML Archive Input/Output is now faster (using an\r
-internal Jalview schema), and sequence description strings are now\r
-preserved in the archive.</li>\r
-<li>Jalview can now correctly read and write <a\r
-href="io/modellerpir.html">MODELLER style\r
-PIR</a> files.\r
-</li>\r
-</ul>\r
-<p>See the <a href="releases.html">Release History</a> page for details of all\r
-  new features and resolved issues. </p>\r
+<p><br>\r
+  Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6 installed </p>\r
+<p>Annotation file export / import bugs fixed </p>\r
+<p>PNG / EPS image output bugs fixed<br>\r
+</p>\r
+<p>&nbsp;</p>\r
+<p>See the <a href="releases.html">Release History</a> page for\r
+details of all new features and resolved issues.</p>\r
 </body>\r
 </html>\r