git://source.jalview.org / jalview.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
rightalign and italic ids docs
[jalview.git] / help / html / whatsNew.html
diff --git a/help/html/whatsNew.html b/help/html/whatsNew.html
index 651292e..75afae8 100755 (executable)
--- a/help/html/whatsNew.html
+++ b/help/html/whatsNew.html
@@ -1,50 +1,36 @@
-<html>
-<head>
-<title>What's new ?</title>
-</head>
-<body>
-<p><strong>What's new ?</strong></p>
-
-<p><strong>Jalview Version 2.2</strong></p>
-<p>Multiple views with different styles, colours, hidden regions for
-one alignment</p>
-<p>Easily add, amend and delete sequence features</p>
-<p>&quot;Reload&quot; alignment from File or URL to revert to
-original</p>
-<p>&quot;Save&quot; to current filename or &quot;Save As&quot; to
-new filename</p>
-<p>New <strong>&quot;New Window&quot;</strong> button on the
-&quot;Output To Textbox&quot; opens output window for quick 'sequence
-editing'.</p>
-<p>Set different text colour for dark or light background</p>
-<p>Right align sequence ids</p>
-<p>Set colour of lower case residues in a user defined colour scheme
-</p>
-<p>Menu Rearrangements: New <strong>Format</strong> for alignment
-layout and <strong>Select</strong> for region selection.</p>
-</p>
-<p>Menu item accelerator keys added</p>
-<p>Control-V pastes sequences to active window, Control-Shift-V
-pastes to a new window.</p>
-<p>Raise/Minimise alignment and all associated windows from desktop
-window's <strong>window</strong> menu</p>
-<p>Select and colour whole branches of a tree</p>
-<p>'New Window' button on the 'Output to Text box' alignment output
-option to open a new alignment window after editing.</p>
-<p><strong>Issues Resolved</strong></p>
-</p>
-<p>Optimisations for large alignments: faster multithreaded
-calculations and Undo/Redo system.</p>
-<p>Remove empty columns - if empty columns exist at the end of the
-alignment bug fixed.</p>
-<p>DAS feature fetching slowed down, doesn't overload DAS servers</p>
-<p>DAS feature fetching can be cancelled</p>
-<p>Correct display of &gt; and &lt; symbols for feature descriptions
-without explicit &lt;html&gt; tags.</p>
-<p>Zoom working in PCA viewer</p>
-<p>Sequence Descriptions retained after running a web service</p>
-<p>&nbsp;</p>
-<p>See the <a href="releases.html">Release History</a> page for
-details of all new features and resolved issues.</p>
-</body>
-</html>
+<html>\r
+<head>\r
+<title>What's new ?</title>\r
+</head>\r
+<body>\r
+<p><strong>What's new ?</strong></p>\r
+\r
+<p><strong>Jalview Version 2.3</strong></p>\r
+<ul>Jmol 11.0.2 integration<br>\r
+  PDB views stored in Jalview XML files<br>\r
+Slide sequences<br>\r
+Edit sequence in place<br>\r
+EMBL CDS features<br>\r
+DAS Feature mapping<br>\r
+Feature ordering<br>\r
+Alignment Properties<br>\r
+Annotation Scores<br>\r
+Sort by scores<br>\r
+Feature/annotation editing in applet<br>\r
+</ul>\r
+<p>&nbsp;</p>\r
+<p><strong>Issues Resolved</strong></p>\r
+<p><br>\r
+  Headless state operation in 2.2.1 <br>\r
+  Incorrect and unstable DNA pairwise alignment <br>\r
+  Cut and paste of sequences with annotation <br>\r
+  Feature group display state in XML<br>\r
+  Feature ordering in XML<br>\r
+  2.2.1 applet had no feature transparency<br>\r
+  Number pad keys can be used in cursor mode<br>\r
+  Structure Viewer mirror image resolved</p>\r
+<p>&nbsp;</p>\r
+<p>See the <a href="releases.html">Release History</a> page for\r
+details of all new features and resolved issues.</p>\r
+</body>\r
+</html>\r