rightalign and italic ids docs
[jalview.git] / help / html / whatsNew.html
index dc956a9..75afae8 100755 (executable)
@@ -1,30 +1,36 @@
 <html>\r
-<head><title>What's new</title></head>\r
+<head>\r
+<title>What's new ?</title>\r
+</head>\r
 <body>\r
-<p><strong>What's new</strong> </p>\r
-<p>If you can read this then you'll already have seen some of the recent changes\r
-  made to Jalview.<br>\r
-  Jalview takes advantage of some of the more recent user interface developments\r
-  in the Java programming language. For instance Jalview is now a multi windowed\r
-  application, this keeps all your Jalview windows neatly together in one main\r
-  application window. </p>\r
-<p>If you were familiar with the original Jalview, here is a list of important\r
-  features you should know about the current development:</p>\r
-<ul>\r
-  <li>Editing sequences is no longer the default when mouse clicking the alignment.\r
-    Instead, mouse clicking on the alignment will create a &quot;selection region&quot;\r
-    which may be full sequences or groups of residues.</li>\r
-  <li>To edit a sequence, the &quot;Shift&quot; key must be held down</li>\r
-  <li>To edit groups, either the &quot;Alt&quot; key or the &quot;Control&quot;\r
-    key must be held down.</li>\r
-  <li>Colours maybe applied to the background, ie the whole alignment, or to selected\r
-    regions. If the tickbox &quot;Apply colour to all groups&quot; is ticked (this\r
-    is the default), then the colour will be applied to all groups.</li>\r
-  <li>Use the right mouse button (apple and click on the mac) to define a selected\r
-    region on the alignment as a new group. </li>\r
-  <li>Conservation is automatically updated whenever the alignment is edited</li>\r
-  <li>There is no &quot;quick draw&quot; option</li>\r
-  <li>Edits can be undone! (and redone)</li>\r
+<p><strong>What's new ?</strong></p>\r
+\r
+<p><strong>Jalview Version 2.3</strong></p>\r
+<ul>Jmol 11.0.2 integration<br>\r
+  PDB views stored in Jalview XML files<br>\r
+Slide sequences<br>\r
+Edit sequence in place<br>\r
+EMBL CDS features<br>\r
+DAS Feature mapping<br>\r
+Feature ordering<br>\r
+Alignment Properties<br>\r
+Annotation Scores<br>\r
+Sort by scores<br>\r
+Feature/annotation editing in applet<br>\r
 </ul>\r
+<p>&nbsp;</p>\r
+<p><strong>Issues Resolved</strong></p>\r
+<p><br>\r
+  Headless state operation in 2.2.1 <br>\r
+  Incorrect and unstable DNA pairwise alignment <br>\r
+  Cut and paste of sequences with annotation <br>\r
+  Feature group display state in XML<br>\r
+  Feature ordering in XML<br>\r
+  2.2.1 applet had no feature transparency<br>\r
+  Number pad keys can be used in cursor mode<br>\r
+  Structure Viewer mirror image resolved</p>\r
+<p>&nbsp;</p>\r
+<p>See the <a href="releases.html">Release History</a> page for\r
+details of all new features and resolved issues.</p>\r
 </body>\r
 </html>\r