Annotations do not extend when full alignment is adjusted
[jalview.git] / help / html / whatsNew.html
index 7bc6de4..8484a26 100755 (executable)
@@ -1,30 +1,37 @@
-<html>\r
-<head><title>What's new ?</title></head>\r
-<body>\r
-<p><strong>What's new ?</strong> </p>\r
-<p>Jalview Version 2.07 </p>\r
-<p><a href="features/seqfetch.html">Sequence Fetcher</a> has been added to quickly\r
-  retrieve sequences with known ids from several databases.</p>\r
-<p><a href="features/seqfeatures.html">Sequence Features enhanced</a> to allow\r
-  the user to display all features of a Uniprot file on the alignment and subsequently\r
-  colour, hide or show overlapping features. </p>\r
-<p><a href="io/fileformats.html">Choose to omit /start-end from sequences when\r
-  saving files.</a> This is important for saving files to be used by some programs\r
-  which cannot read the original Jalview sequence output with the appended /start-end.</p>\r
-<p><a href="features/pdbviewer.html">PDB structure viewer enhanced</a>. Mapping\r
-  between sequence and structure has been enhanced, colours on the alignment are\r
-  reflected in the structure viewer.</p>\r
-<p><a href="http://www.jalview.org/examples/applets.html">Jalview Applet can read\r
-  in feature files, PDB files be used as input to HTML form</a> See the website\r
-  to find out the new parameters available for the Applet Version of Jalview.</p>\r
-<p>&nbsp;</p>\r
-<p><strong>Issues Resolved</strong></p>\r
-<p>Group Editing is possible with Control and mouse click. Alt key and mouse press\r
-  does not work as this translates as the middle mouse button, which since 2.04\r
-  is now used to scroll the alignment and change the font size. </p>\r
-<p>HTML export now writes groups and features which were previously missing.</p>\r
-<p>&nbsp;</p>\r
-<p>See the <a href="releases.html">Release History</a> page for details of all\r
-  new features and resolved issues. </p>\r
-</body>\r
-</html>\r
+<html>
+<head>
+<title>What's new ?</title>
+</head>
+<body>
+<p><strong>What's new ?</strong></p>
+
+<p><strong>Jalview Version 2.3</strong></p>
+<ul>Jmol 11 integration<br>
+PDB views in Jalview XML<br>
+Slide sequences<br>
+Edit sequence in place<br>
+EMBL CDS features<br>
+DAS Feature mapping<br>
+Feature ordering<br>
+Alignment Properties<br>
+Annotation Scores<br>
+Sort by scores<br>
+Feature/annotation editing in applet<br>
+</ul>
+<p>&nbsp;</p>
+<p><strong>Issues Resolved</strong></p>
+<p><br>
+Headless state operation in 2.2.1
+<br>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment
+<br>
+Cut and paste of sequences with annotation
+<br>
+Feature group display state in XML<br>
+Feature ordering in XML<br>
+2.2.1 applet had no feature transparency<br>
+</p>
+<p>&nbsp;</p>
+<p>See the <a href="releases.html">Release History</a> page for
+details of all new features and resolved issues.</p>
+</body>
+</html>