Annotations do not extend when full alignment is adjusted
[jalview.git] / help / html / whatsNew.html
index 7fa9806..8484a26 100755 (executable)
@@ -1,34 +1,37 @@
-<html>\r
-<head><title>What's new ?</title></head>\r
-<body>\r
-<p><strong>What's new ?</strong> </p>\r
-<p>Jalview Version 2.08</p>\r
-<p> <a href="editing/index.html">Editing</a> can be locked to the selection area. \r
-  Any edits made within the locked area do not affect the rest of the alignment.</p>\r
-<p> Keyboard editing - press F2 to toggle <a href="features/cursorMode.html">cursor mode</a> On / Off. For a full list \r
-  of keyboard controls, look <a href="keys.html">here</a>.</p>\r
-<p> <a href="features/search.html">Create sequence features from searches</a>. \r
-  Previously results from searches were added as alignment positions, which was \r
-  wrong. Now the search results are saved as sequence features and their visibility \r
-  and colour can be modified using the <a href="features/seqfeatures.html">Sequence \r
-  Feature Settings</a> window.</p>\r
-<p> Precalculated annotations can be loaded onto alignments. The <a href="features/annotationsFormat.html">Annotation \r
-  File</a> format is a tab delimited set of values.</p>\r
-<p> <a href="features/featuresFormat.html">Features file</a> allows grouping of \r
-  features. The <a href="features/seqfeatures.html">Sequence Feature Settings</a> \r
-  window then makes it very easy to set the visibility of groups of features. \r
-</p>\r
-<p> <a href="colourSchemes/annotationColouring.html">Annotation Colouring</a> \r
-  scheme added. A new colour scheme which colours columns on a per-column value.</p>\r
-<p> Smooth fonts off by default - faster rendering. Toggle on / off from the View \r
-  menu, or can be set in Preferences.</p>\r
-<p> Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off from the Calculate menu.<br>\r
-</p>\r
-<p><strong>Issues Resolved</strong></p>\r
-<p> Drag &amp; Drop fixed on Linux</p>\r
-<p> Jalview Archive file faster to load/save, sequence descriptions saved.<br>\r
-</p>\r
-<p>See the <a href="releases.html">Release History</a> page for details of all\r
-  new features and resolved issues. </p>\r
-</body>\r
-</html>\r
+<html>
+<head>
+<title>What's new ?</title>
+</head>
+<body>
+<p><strong>What's new ?</strong></p>
+
+<p><strong>Jalview Version 2.3</strong></p>
+<ul>Jmol 11 integration<br>
+PDB views in Jalview XML<br>
+Slide sequences<br>
+Edit sequence in place<br>
+EMBL CDS features<br>
+DAS Feature mapping<br>
+Feature ordering<br>
+Alignment Properties<br>
+Annotation Scores<br>
+Sort by scores<br>
+Feature/annotation editing in applet<br>
+</ul>
+<p>&nbsp;</p>
+<p><strong>Issues Resolved</strong></p>
+<p><br>
+Headless state operation in 2.2.1
+<br>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment
+<br>
+Cut and paste of sequences with annotation
+<br>
+Feature group display state in XML<br>
+Feature ordering in XML<br>
+2.2.1 applet had no feature transparency<br>
+</p>
+<p>&nbsp;</p>
+<p>See the <a href="releases.html">Release History</a> page for
+details of all new features and resolved issues.</p>
+</body>
+</html>