Annotations do not extend when full alignment is adjusted
[jalview.git] / help / html / whatsNew.html
index b099c3b..8484a26 100755 (executable)
@@ -1,28 +1,37 @@
-<html>\r
-<head><title>What's new ?</title></head>\r
-<body>\r
-<p><strong>What's new ?</strong> </p>\r
-<p>Jalview Version 2.1</p>\r
-<p>The multiple sequence alignment program <a href="webServices/mafft.html">MAFFT</a> \r
-  is available from the default Web Service list.</p>\r
-<p>The sequence feature retrieval system using DBFetch from EBI has been replaced \r
-  with <a href="features/dassettings.html">DAS Feature fetching</a> capabilities.</p>\r
-<p><a href="features/hiddenRegions.html">Hide sequences and columns</a></p>\r
-<p>Export Annotations and Features</p>\r
-<p>GFF file reading / writing</p>\r
-<p>Associate structures with sequences from local PDB files</p>\r
-<p>Add sequences to existing alignment</p>\r
-<p>Recently opened files / URL lists</p>\r
-<p>Applet can launch the full application</p>\r
-<p>Applet has transparency for features (Java 1.2 required)</p>\r
-<p>Applet has user defined colours parameter</p>\r
-<p>&nbsp; </p>\r
-<p><strong>Issues Resolved</strong></p>\r
-<p>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</p>\r
-<p>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</p>\r
-<p>Annotation files with sequence references bug fixed</p>\r
-<p>&nbsp;</p>\r
-<p>See the <a href="releases.html">Release History</a> page for details of all\r
-  new features and resolved issues. </p>\r
-</body>\r
-</html>\r
+<html>
+<head>
+<title>What's new ?</title>
+</head>
+<body>
+<p><strong>What's new ?</strong></p>
+
+<p><strong>Jalview Version 2.3</strong></p>
+<ul>Jmol 11 integration<br>
+PDB views in Jalview XML<br>
+Slide sequences<br>
+Edit sequence in place<br>
+EMBL CDS features<br>
+DAS Feature mapping<br>
+Feature ordering<br>
+Alignment Properties<br>
+Annotation Scores<br>
+Sort by scores<br>
+Feature/annotation editing in applet<br>
+</ul>
+<p>&nbsp;</p>
+<p><strong>Issues Resolved</strong></p>
+<p><br>
+Headless state operation in 2.2.1
+<br>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment
+<br>
+Cut and paste of sequences with annotation
+<br>
+Feature group display state in XML<br>
+Feature ordering in XML<br>
+2.2.1 applet had no feature transparency<br>
+</p>
+<p>&nbsp;</p>
+<p>See the <a href="releases.html">Release History</a> page for
+details of all new features and resolved issues.</p>
+</body>
+</html>