JAL-2418 what’s new - faster PCA, calculations UI and score model framework
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index 7d88e7f..8a0436d 100755 (executable)
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-<html>\r
-<head><title>What's new ?</title></head>\r
-<body>\r
-<p><strong>What's new ?</strong> </p>\r
-<p>Jalview Version 2.08</p>\r
-<p><a href="editing/index.html">Editing</a> can be <a href="editing/selectionAreas.html">locked to the\r
-  selection area</a> so that any edits made within the locked area do\r
-  not unexpectedly shift other parts of the alignment.</p>\r
-<p> Keyboard editing - press F2 to toggle <a href="features/cursorMode.html">cursor mode</a> On / Off. For a full list \r
-  of keyboard controls, look <a href="keys.html">here</a>.</p>\r
-<p> <a href="features/search.html">Create sequence features from searches</a>. \r
-  Previously, the regions of sequences highlighted as the result of\r
-  searches were added as new regions in the alignment. Now, the sequence region\r
-  selected by a search can be used to define named sequences features\r
-  attached to the sequence, rather than the alignment.\r
-  </p>\r
-<p>Sequence feature display and rendering has also been enhanced, with\r
-  the addition of sequence feature groups (which can be used to show\r
-  or hide a set of features <em>en masse</em>) and user defined\r
-  feature colours as well as transparency controls, using the <a\r
-  href="features/featuresettings.html">Sequence Feature Settings</a>\r
-  window. The <a href="features/featuresFormat.html">Features file</a>\r
-  has also been extended to accomodate these enhancements.</p>\r
-<p>Alignment annotation and colouring is also considerably\r
-  enhanced. Precalculated symbolic and quantitative annotations (text labels,\r
-  secondary structure symbols and multiple scalar graphs) can now be\r
-  loaded onto alignments via the <a\r
-  href="features/annotationsFormat.html">Annotation\r
-  File</a>. Additionally, the <a\r
-  href="colourSchemes/annotationColouring.html">Annotation\r
-  Colouring</a> dialog box allows an alignment to be coloured based on\r
-  any of the graphed quantities with which it is annotated.</p>\r
-<p>Rendering speed has been improved by disabling anti-aliasing via\r
-  the <strong>Smooth Fonts</strong>\r
-  option in the <strong>View \r
-  menu</strong> (its default set in <strong>Preferences</strong>). In addition, response\r
-  times when editing alignments can be reduced by turning off the automatic\r
-  calculation of amino acid property Consensus (which has been\r
-  reintroduced to the <strong>Calculate</strong> menu as <strong>Autocalculate Consensus</strong>).<br>\r
-</p>\r
-<p><strong>Issues Resolved</strong></p>\r
-<ul>\r
-<li>Drag &amp; Drop now works on common Linux desktops (at least KDE\r
-and Gnome)</li>\r
-<li>Jalview XML Archive Input/Output is now faster (using an\r
-internal Jalview schema), and sequence description strings are now\r
-preserved in the archive.</li>\r
-<li>Jalview can now correctly read and write <a\r
-href="io/modellerpir.html">MODELLER style\r
-PIR</a> files.\r
-</li>\r
-</ul>\r
-<p>See the <a href="releases.html">Release History</a> page for details of all\r
-  new features and resolved issues. </p>\r
-</body>\r
-</html>\r
+<html>
+<!--
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ -->
+<head>
+<title>What's new ?</title>
+</head>
+<body>
+  <p>
+    <strong>What's new in Jalview 2.10.2 ?</strong>
+  </p>
+  <p>
+    Full details about Jalview 2.10.2 are in the <a
+      href="releases.html#Jalview.2.10.2"> Release Notes</a>, but the
+    highlights are below.
+  </p>
+  <ul>
+    <li><strong>New UI, and faster and more configurable implementation for PCA, Neighbour-Joining and UPGMA Trees</strong><br>
+      Menu entries for calculating PCA and different types of tree have
+      been replaced by a single <em>Calculations</em> dialog box. The
+      underlying implementation for the PCA and tree calculations have been
+      made faster and more memory efficient. A new framework has also been
+      created for the score models used to calculate distances between
+      sequences. This framework allows import of substitution matrices in
+      NCBI and AAIndex format, and custom score models to be created via a
+      groovy script.</li>
+    <li><strong>Update to JABAWS 2.2</strong><br />Jalview's
+      alignment, protein conservation analysis, and protein disorder and
+      RNA secondary structure prediction services are now provided by <a
+      href="http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws">JABAWS 2.2</a>.
+      Several of the programs provided as services have been updated, so
+      their options and parameters have changed.</li>
+    <li>New preferences for <a href="webServices/urllinks.html">opening
+        web pages for database cross-references</a> via the UK Elixir's
+      EMBL-EBI's MIRIAM database and identifiers.org services.
+    </li>
+    <li><em>Showing and hiding regions</em>
+      <ul>
+        <li><a href="menus/popupMenu.html#hideinserts">Hide
+            insertions</a> in the PopUp menu has changed its behaviour.
+          Prior to 2.10.2, columns were only shown or hidden according
+          to gaps in the sequence under the popup menu. Now, only
+          columns that are gapped in all selected sequences as well as
+          the sequence under the popup menu are hidden, and column
+          visibility outside the selected region is left as is. This
+          makes it easy to filter insertions from the alignment view
+          (just select the region containing insertions to remove)
+          without affecting the rest of the hidden columns.</li>
+      </ul></li>
+  </ul>
+  <p>
+    <strong><a name="experimental">Experimental Features</a></strong>
+  </p>
+  <p>
+    This release of Jalview includes a new option in the Jalview Desktop
+    that allows you to try out features that are still in development.
+    To access the features described below, please first enable the <strong>Tools&#8594;Enable
+      Experimental Features</strong> option, and then restart Jalview.
+  </p>
+  <ul>
+    <li><em>Annotation transfer between Chimera and Jalview</em><br />Two
+      <a href="features/chimera.html#experimental">new entries in
+        the Chimera viewer's Chimera menu</a> allow positional annotation to
+      be exchanged between Chimera and Jalview.</li>
+  </ul>
+</body>
+</html>