git://source.jalview.org / jalview.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
volume 20
[jalview.git] / help / html / whatsNew.html
diff --git a/help/html/whatsNew.html b/help/html/whatsNew.html
index 965edea..b099c3b 100755 (executable)
--- a/help/html/whatsNew.html
+++ b/help/html/whatsNew.html
@@ -1,35 +1,28 @@
-<html>
-<head><title>What's new ?</title></head>
-<body>
-<p><strong>What's new ?</strong> </p>
-<p>If you are reading this then you will already have seen some of the recent changes
-  made to Jalview.<br>
-  Jalview takes advantage of some of the more recent user interface developments
-  in the Java programming language. For instance Jalview is now a multi windowed
-  application, this keeps all your Jalview windows neatly together in one main
-  application window. </p>
-<p>If you were familiar with the original Jalview, here is a list of important
-  features you should know about the current development:</p>
-<ul>
-  <li>Editing sequences is no longer the default when mouse clicking the alignment.
-    Instead, mouse clicking on the alignment creates a &quot;selection region&quot;
-    which may be full sequences or groups of residues.</li>
-  <li>To insert or edit the gaps in one sequence in alignment, the
-  &quot;Shift&quot; key must be held down when dragging the mouse.</li>
-  <li>To insert or edit gaps for a group of sequences, the
-  &quot;Alt&quot; key (or in X windows the &quot;Control&quot;
-    key) must be held down.</li>
-  <li>Selecting colour schemes in the colour menu either sets just the
-  &quot;background&quot; colourscheme for the alignment, or - when
-  the tickbox &quot;Apply colour to all groups&quot; is ticked,
-  applies the scheme to the background and all groups defined on the alignment.</li>
-  <li>Use the right mouse button (apple and click on the Mac) whilst
-  the pointer is within the selection area to access the &quot;define&quot; region menu to
-  define a new region, give it a name, and change its colourscheme and display
-  properties.</li>
-  <li>Conservation is automatically updated whenever the alignment is edited</li>
-  <li>There is no &quot;quick draw&quot; option</li>
-  <li>Edits can be undone, and redone!</li>
-</ul>
-</body>
-</html>
+<html>\r
+<head><title>What's new ?</title></head>\r
+<body>\r
+<p><strong>What's new ?</strong> </p>\r
+<p>Jalview Version 2.1</p>\r
+<p>The multiple sequence alignment program <a href="webServices/mafft.html">MAFFT</a> \r
+  is available from the default Web Service list.</p>\r
+<p>The sequence feature retrieval system using DBFetch from EBI has been replaced \r
+  with <a href="features/dassettings.html">DAS Feature fetching</a> capabilities.</p>\r
+<p><a href="features/hiddenRegions.html">Hide sequences and columns</a></p>\r
+<p>Export Annotations and Features</p>\r
+<p>GFF file reading / writing</p>\r
+<p>Associate structures with sequences from local PDB files</p>\r
+<p>Add sequences to existing alignment</p>\r
+<p>Recently opened files / URL lists</p>\r
+<p>Applet can launch the full application</p>\r
+<p>Applet has transparency for features (Java 1.2 required)</p>\r
+<p>Applet has user defined colours parameter</p>\r
+<p>&nbsp; </p>\r
+<p><strong>Issues Resolved</strong></p>\r
+<p>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</p>\r
+<p>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</p>\r
+<p>Annotation files with sequence references bug fixed</p>\r
+<p>&nbsp;</p>\r
+<p>See the <a href="releases.html">Release History</a> page for details of all\r
+  new features and resolved issues. </p>\r
+</body>\r
+</html>\r