Merge branch 'develop' into features/JAL-2446NCList
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index 7bc6de4..f5fcf18 100755 (executable)
@@ -1,30 +1,56 @@
-<html>\r
-<head><title>What's new ?</title></head>\r
-<body>\r
-<p><strong>What's new ?</strong> </p>\r
-<p>Jalview Version 2.07 </p>\r
-<p><a href="features/seqfetch.html">Sequence Fetcher</a> has been added to quickly\r
-  retrieve sequences with known ids from several databases.</p>\r
-<p><a href="features/seqfeatures.html">Sequence Features enhanced</a> to allow\r
-  the user to display all features of a Uniprot file on the alignment and subsequently\r
-  colour, hide or show overlapping features. </p>\r
-<p><a href="io/fileformats.html">Choose to omit /start-end from sequences when\r
-  saving files.</a> This is important for saving files to be used by some programs\r
-  which cannot read the original Jalview sequence output with the appended /start-end.</p>\r
-<p><a href="features/pdbviewer.html">PDB structure viewer enhanced</a>. Mapping\r
-  between sequence and structure has been enhanced, colours on the alignment are\r
-  reflected in the structure viewer.</p>\r
-<p><a href="http://www.jalview.org/examples/applets.html">Jalview Applet can read\r
-  in feature files, PDB files be used as input to HTML form</a> See the website\r
-  to find out the new parameters available for the Applet Version of Jalview.</p>\r
-<p>&nbsp;</p>\r
-<p><strong>Issues Resolved</strong></p>\r
-<p>Group Editing is possible with Control and mouse click. Alt key and mouse press\r
-  does not work as this translates as the middle mouse button, which since 2.04\r
-  is now used to scroll the alignment and change the font size. </p>\r
-<p>HTML export now writes groups and features which were previously missing.</p>\r
-<p>&nbsp;</p>\r
-<p>See the <a href="releases.html">Release History</a> page for details of all\r
-  new features and resolved issues. </p>\r
-</body>\r
-</html>\r
+<html>
+<!--
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ -->
+<head>
+<title>What's new ?</title>
+</head>
+<body>
+  <p>
+    <strong>What's new in Jalview 2.10.2 ?</strong>
+  </p>
+  <p>
+    Full details about Jalview 2.10.2 are in the <a
+      href="releases.html#Jalview.2.10.2"> Release Notes</a>, but the
+    highlights are below.
+  </p>
+  <ul>
+    <li>
+    <li>New preferences for <a href="webServices/urllinks.html">opening
+        web pages for database cross-references</a> via the UK Elixir's
+      EMBL-EBI's MIRIAM database and identifiers.org services.
+    </li>
+  </ul>
+  <p>
+    <strong><a name="experimental">Experimental Features</a></strong>
+  </p>
+  <p>This release of Jalview includes a new option in the Jalview Desktop
+  that allows you to try out features that are still in development. To
+  access the features described below, please first enable the
+  <strong>Tools&#8594;Enable Experimental Features</strong> option, and then restart Jalview.
+  </p>
+  <ul>
+    <li><em>Annotation transfer between Chimera and Jalview</em><br />Two
+      <a href="features/chimera.html#experimental">new entries in the Chimera viewer's Chimera menu</a> allow positional
+      annotation to be exchanged between Chimera and Jalview.
+      </li>
+  </ul>
+</body>
+</html>