JAL-2629 add basic parameter adjustment to hmmsearch/align
[jalview.git] / resources / lang / Messages.properties
index 162f10f..0749a23 100644 (file)
@@ -11,6 +11,7 @@ action.paste = Paste
 action.show_html_source = Show HTML Source
 action.print = Print...
 action.web_service = Web Service
+action.hmmer = HMMER
 action.cancel_job = Cancel Job
 action.start_job = Start Job
 action.revert = Revert
@@ -1142,6 +1143,9 @@ status.loading_cached_pdb_entries = Loading Cached PDB Entries
 status.searching_for_pdb_structures = Searching for PDB Structures
 status.opening_file_for = opening file for
 status.colouring_chimera = Colouring Chimera
+status.running_hmmbuild = "Building hidden Markov model"
+status.running_hmmalign = "Creating alignment with hidden Markov model"
+status.running_hmmsearch = "Searching for matching sequences"
 label.font_doesnt_have_letters_defined = Font doesn't have letters defined\nso cannot be used\nwith alignment data
 label.font_too_small = Font size is too small
 label.error_loading_file_params = Error loading file {0}
@@ -1311,3 +1315,49 @@ label.occupancy_descr = Number of aligned positions
 label.show_experimental = Enable experimental features
 label.show_experimental_tip = Enable any new and currently 'experimental' features (see Latest Release Notes for details)
 label.warning_hidden = Warning: {0} {1} is currently hidden
+label.hmmalign = hmmalign
+label.hmmbuild = hmmbuild
+label.hmmbuild_group = Build HMM from Selected Group
+label.group_hmmbuild = Build HMM from Group
+label.hmmsearch = hmmsearch
+label.change_hmmer_location = HMMER Binaries Installation Location
+warn.null_hmm = Please ensure the alignment contains a hidden Markov model.
+label.ignore_below_background_frequency = Ignore Below Background Frequency
+label.information_description = Information content, measured in bits
+label.enter_location = Please enter the path of your HMMER binaries folder.
+label.invalid_hmmer_folder = The folder that you selected does not contain the necessary HMMER binaries.
+warn.no_selected_hmm = Please select a hidden Markov model sequence.
+label.select_hmm = Select HMM
+warn.no_sequence_data = No sequence data found.
+label.hmmer = HMMER
+label.trim_termini = Trim Non-Matching Termini
+label.trim_termini_desc = If true, non-matching regions on either end of the resulting alignment are removed.
+label.no_of_sequences = Sequences Returned
+label.freq_alignment = Use Alignment Background Frequencies
+label.freq_uniprot = Use Uniprot Background Frequencies
+label.hmmalign_label = hmmalign Options
+label.hmmsearch_label = hmmsearch Options
+label.hmmbuild_not_found = The hmmbuild binary was not found.
+label.hmmalign_not_found = The hmmalign binary was not found.
+label.hmmsearch_not_found = The hmmsearch binary was not found.
+warn.hmmbuild_failed = hmmbuild was not found. 
+warn.align_failed = hmmalign was not found.
+label.invalid_folder = Invalid Folder
+label.folder_not_exists = HMMER binaries not found. \n Please enter the path to the HMMER binaries (if installed).
+label.hmmer_installed = HMMER installed
+label.hmmer_no_sequences_found = No sequences found.
+label.number_of_results = Number of Results to Return
+label.auto_align_seqs = Automatically Align Fetched Sequences
+label.use_accessions = Return Accessions
+label.seq_e_value = Sequence E-value Cutoff
+label.seq_score = Sequence Score Threshold
+label.dom_e_value = Domain E-value Cutoff
+label.dom_score = Domain Score Threshold
+label.number_of_results_desc = The maximum number of results that hmmsearch will return.
+label.auto_align_seqs_desc = If true, all fetched sequences will be aligned to the hidden Markov model with which the search was performed.
+label.use_accessions_desc = If true, the accession number of each sequence is returned, rather than that sequences name.
+label.seq_e_value_desc = The E-value cutoff for returned sequences.
+label.seq_score_desc = The score threshold for returned sequences.
+label.dom_e_value_desc = The E-value cutoff for returned domains.
+label.dom_score_desc = The score threshold for returned domains.
+label.not_enough_sequences = There are not enough sequences to run {0}
\ No newline at end of file