formatting
[jalview.git] / src / jalview / appletgui / AlignFrame.java
index 842f82d..700c229 100644 (file)
@@ -1,18 +1,18 @@
 /*\r
  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)\r
  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle\r
- * \r
+ *\r
  * This file is part of Jalview.\r
- * \r
+ *\r
  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
- * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
- * \r
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
+ *\r
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but\r
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty\r
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR\r
  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
- * \r
+ *\r
  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  */\r
 package jalview.appletgui;\r
@@ -35,6 +35,7 @@ import jalview.datamodel.AlignmentOrder;
 import jalview.datamodel.ColumnSelection;\r
 import jalview.datamodel.PDBEntry;\r
 import jalview.datamodel.Sequence;\r
+import jalview.datamodel.SequenceCollectionI;\r
 import jalview.datamodel.SequenceGroup;\r
 import jalview.datamodel.SequenceI;\r
 import jalview.io.AnnotationFile;\r
@@ -87,10 +88,12 @@ import java.net.URL;
 import java.net.URLEncoder;\r
 import java.util.Enumeration;\r
 import java.util.Hashtable;\r
+import java.util.List;\r
 import java.util.StringTokenizer;\r
 import java.util.Vector;\r
 \r
-public class AlignFrame extends EmbmenuFrame implements ActionListener,  ItemListener, KeyListener\r
+public class AlignFrame extends EmbmenuFrame implements ActionListener,\r
+        ItemListener, KeyListener\r
 {\r
   public AlignmentPanel alignPanel;\r
 \r
@@ -101,9 +104,9 @@ public class AlignFrame extends EmbmenuFrame implements ActionListener,  ItemLis
   int DEFAULT_HEIGHT = 500;\r
 \r
   String jalviewServletURL;\r
-  \r
 \r
-  public AlignFrame(AlignmentI al, jalview.bin.JalviewLite applet, String title, boolean embedded)\r
+  public AlignFrame(AlignmentI al, jalview.bin.JalviewLite applet,\r
+          String title, boolean embedded)\r
   {\r
     if (applet != null)\r
     {\r
@@ -131,6 +134,7 @@ public class AlignFrame extends EmbmenuFrame implements ActionListener,  ItemLis
     showGroupConservation.setState(viewport.isShowGroupConservation());\r
     showConsensusHistogram.setState(viewport.isShowConsensusHistogram());\r
     showSequenceLogo.setState(viewport.isShowSequenceLogo());\r
+    normSequenceLogo.setState(viewport.isNormaliseSequenceLogo());\r
 \r
     seqLimits.setState(viewport.showJVSuffix);\r
 \r
@@ -194,10 +198,13 @@ public class AlignFrame extends EmbmenuFrame implements ActionListener,  ItemLis
       {\r
         RNAHelixColour.setEnabled(true);\r
       }\r
-      else {\r
+      else\r
+      {\r
         RNAHelixColour.setEnabled(false);\r
       }\r
-    } else {\r
+    }\r
+    else\r
+    {\r
       RNAHelixColour.setEnabled(false);\r
       purinePyrimidineColour.setEnabled(false);\r
     }\r
@@ -232,35 +239,44 @@ public class AlignFrame extends EmbmenuFrame implements ActionListener,  ItemLis
   /**\r
    * Load a features file onto the alignment\r
    * \r
-   * @param file file URL, content, or other resolvable path\r
-   * @param type is protocol for accessing data referred to by file\r
+   * @param file\r
+   *          file URL, content, or other resolvable path\r
+   * @param type\r
+   *          is protocol for accessing data referred to by file\r
    */\r
 \r
   public boolean parseFeaturesFile(String file, String type)\r
   {\r
     return parseFeaturesFile(file, type, true);\r
   }\r
-  \r
+\r
   /**\r
    * Load a features file onto the alignment\r
    * \r
-   * @param file file URL, content, or other resolvable path\r
-   * @param type is protocol for accessing data referred to by file\r
-   * @param autoenabledisplay when true, display features flag will be automatically enabled if features are loaded\r
+   * @param file\r
+   *          file URL, content, or other resolvable path\r
+   * @param type\r
+   *          is protocol for accessing data referred to by file\r
+   * @param autoenabledisplay\r
+   *          when true, display features flag will be automatically enabled if\r
+   *          features are loaded\r
    * @return true if data parsed as a features file\r
    */\r
-  public boolean parseFeaturesFile(String file, String type, boolean autoenabledisplay)\r
-  {    \r
-    // TODO: test if importing a features file onto an alignment which already has features with links overwrites the original links.\r
-    \r
+  public boolean parseFeaturesFile(String file, String type,\r
+          boolean autoenabledisplay)\r
+  {\r
+    // TODO: test if importing a features file onto an alignment which already\r
+    // has features with links overwrites the original links.\r
+\r
     Hashtable featureLinks = new Hashtable();\r
     boolean featuresFile = false;\r
     try\r
     {\r
       featuresFile = new jalview.io.FeaturesFile(file, type)\r
-              .parse(viewport.getAlignment(),\r
-                      alignPanel.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().featureColours,\r
-                      featureLinks, true, viewport.applet.getDefaultParameter("relaxedidmatch", false));\r
+              .parse(viewport.getAlignment(), alignPanel.seqPanel.seqCanvas\r
+                      .getFeatureRenderer().featureColours, featureLinks,\r
+                      true, viewport.applet.getDefaultParameter(\r
+                              "relaxedidmatch", false));\r
     } catch (Exception ex)\r
     {\r
       ex.printStackTrace();\r
@@ -287,6 +303,7 @@ public class AlignFrame extends EmbmenuFrame implements ActionListener,  ItemLis
     return featuresFile;\r
   }\r
 \r
+  @Override\r
   public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
   {\r
     if (viewport.cursorMode\r
@@ -300,8 +317,8 @@ public class AlignFrame extends EmbmenuFrame implements ActionListener,  ItemLis
     {\r
     case 27: // escape key\r
       deselectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
-      \r
-      alignPanel.alabels.cancelDrag(); \r
+\r
+      alignPanel.alabels.cancelDrag();\r
       break;\r
     case KeyEvent.VK_X:\r
       if (evt.isControlDown() || evt.isMetaDown())\r
@@ -561,8 +578,9 @@ public class AlignFrame extends EmbmenuFrame implements ActionListener,  ItemLis
       // Hide everything by the current selection - this is a hack - we do the\r
       // invert and then hide\r
       // first check that there will be visible columns after the invert.\r
-      if ((viewport.getColumnSelection() != null && viewport.getColumnSelection().getSelected() != null && viewport.getColumnSelection()\r
-              .getSelected().size() > 0)\r
+      if ((viewport.getColumnSelection() != null\r
+              && viewport.getColumnSelection().getSelected() != null && viewport\r
+              .getColumnSelection().getSelected().size() > 0)\r
               || (sg != null && sg.getSize() > 0 && sg.getStartRes() <= sg\r
                       .getEndRes()))\r
       {\r
@@ -590,7 +608,8 @@ public class AlignFrame extends EmbmenuFrame implements ActionListener,  ItemLis
         hide = true;\r
         viewport.hideAllSelectedSeqs();\r
       }\r
-      else if (!(toggleCols && viewport.getColumnSelection().getSelected().size() > 0))\r
+      else if (!(toggleCols && viewport.getColumnSelection().getSelected()\r
+              .size() > 0))\r
       {\r
         viewport.showAllHiddenSeqs();\r
       }\r
@@ -613,14 +632,17 @@ public class AlignFrame extends EmbmenuFrame implements ActionListener,  ItemLis
     }\r
   }\r
 \r
+  @Override\r
   public void keyReleased(KeyEvent evt)\r
   {\r
   }\r
 \r
+  @Override\r
   public void keyTyped(KeyEvent evt)\r
   {\r
   }\r
 \r
+  @Override\r
   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)\r
   {\r
     if (evt.getSource() == displayNonconservedMenuItem)\r
@@ -713,6 +735,10 @@ public class AlignFrame extends EmbmenuFrame implements ActionListener,  ItemLis
     {\r
       showSequenceLogo_actionPerformed();\r
     }\r
+    else if (evt.getSource() == normSequenceLogo)\r
+    {\r
+      normSequenceLogo_actionPerformed();\r
+    }\r
     else if (evt.getSource() == showConsensusHistogram)\r
     {\r
       showConsensusHistogram_actionPerformed();\r
@@ -737,6 +763,7 @@ public class AlignFrame extends EmbmenuFrame implements ActionListener,  ItemLis
     this.alignPanel.annotationPanel.repaint();\r
   }\r
 \r
+  @Override\r
   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
   {\r
     Object source = evt.getSource();\r
@@ -922,6 +949,10 @@ public class AlignFrame extends EmbmenuFrame implements ActionListener,  ItemLis
     {\r
       showSequenceLogo_actionPerformed();\r
     }\r
+    else if (source == normSequenceLogo)\r
+    {\r
+      normSequenceLogo_actionPerformed();\r
+    }\r
     else if (source == showConsensusHistogram)\r
     {\r
       showConsensusHistogram_actionPerformed();\r
@@ -956,9 +987,7 @@ public class AlignFrame extends EmbmenuFrame implements ActionListener,  ItemLis
     else if (source == clustalColour)\r
     {\r
       abovePIDThreshold.setState(false);\r
-      changeColour(new ClustalxColourScheme(\r
-              viewport.getAlignment().getSequences(),\r
-              viewport.getAlignment().getWidth()));\r
+      changeColour(new ClustalxColourScheme(viewport.getAlignment(), null));\r
     }\r
     else if (source == zappoColour)\r
     {\r
@@ -1020,8 +1049,9 @@ public class AlignFrame extends EmbmenuFrame implements ActionListener,  ItemLis
     {\r
       changeColour(new Blosum62ColourScheme());\r
     }\r
-    else if (source == tcoffeeColour) {\r
-        changeColour(new TCoffeeColourScheme(alignPanel.getAlignment()));\r
+    else if (source == tcoffeeColour)\r
+    {\r
+      changeColour(new TCoffeeColourScheme(alignPanel.getAlignment()));\r
     }\r
     else if (source == annotationColour)\r
     {\r
@@ -1112,14 +1142,14 @@ public class AlignFrame extends EmbmenuFrame implements ActionListener,  ItemLis
     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Paste Annotations ", 400, 300);\r
 \r
   }\r
-  \r
+\r
   public String outputAnnotations(boolean displayTextbox)\r
   {\r
     String annotation = new AnnotationFile().printAnnotations(\r
             viewport.showAnnotation ? viewport.getAlignment()\r
-                    .getAlignmentAnnotation() : null, viewport.getAlignment()\r
-                    .getGroups(),\r
-            ((Alignment) viewport.getAlignment()).alignmentProperties);\r
+                    .getAlignmentAnnotation() : null, viewport\r
+                    .getAlignment().getGroups(), ((Alignment) viewport\r
+                    .getAlignment()).alignmentProperties);\r
 \r
     if (displayTextbox)\r
     {\r
@@ -1135,7 +1165,8 @@ public class AlignFrame extends EmbmenuFrame implements ActionListener,  ItemLis
 \r
   private Hashtable getDisplayedFeatureCols()\r
   {\r
-    if (alignPanel.getFeatureRenderer() != null && viewport.featuresDisplayed!=null)\r
+    if (alignPanel.getFeatureRenderer() != null\r
+            && viewport.featuresDisplayed != null)\r
     {\r
       FeatureRenderer fr = alignPanel.getFeatureRenderer();\r
       Hashtable fcols = new Hashtable();\r
@@ -1155,26 +1186,25 @@ public class AlignFrame extends EmbmenuFrame implements ActionListener,  ItemLis
     String features;\r
     if (format.equalsIgnoreCase("Jalview"))\r
     {\r
-      features = new FeaturesFile().printJalviewFormat(\r
-              viewport.getAlignment().getSequencesArray(),\r
+      features = new FeaturesFile().printJalviewFormat(viewport\r
+              .getAlignment().getSequencesArray(),\r
               getDisplayedFeatureCols());\r
     }\r
     else\r
     {\r
-      features = new FeaturesFile().printGFFFormat(\r
-              viewport.getAlignment().getSequencesArray(),\r
-              getDisplayedFeatureCols());\r
+      features = new FeaturesFile().printGFFFormat(viewport.getAlignment()\r
+              .getSequencesArray(), getDisplayedFeatureCols());\r
     }\r
 \r
     if (displayTextbox)\r
     {\r
-      boolean frimport=false;\r
-      if (features==null || features.equals("No Features Visible"))\r
+      boolean frimport = false;\r
+      if (features == null || features.equals("No Features Visible"))\r
       {\r
         features = "# No features visible - paste some and import them here.";\r
-        frimport=true;\r
+        frimport = true;\r
       }\r
-      \r
+\r
       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(frimport, this);\r
       if (frimport)\r
       {\r
@@ -1184,8 +1214,10 @@ public class AlignFrame extends EmbmenuFrame implements ActionListener,  ItemLis
       frame.add(cap);\r
       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Features", 600, 500);\r
       cap.setText(features);\r
-    } else {\r
-      if (features==null)\r
+    }\r
+    else\r
+    {\r
+      if (features == null)\r
         features = "";\r
     }\r
 \r
@@ -1286,13 +1318,22 @@ public class AlignFrame extends EmbmenuFrame implements ActionListener,  ItemLis
   public void closeMenuItem_actionPerformed()\r
   {\r
     PaintRefresher.RemoveComponent(alignPanel);\r
-    PaintRefresher.RemoveComponent(alignPanel.seqPanel.seqCanvas);\r
-    PaintRefresher.RemoveComponent(alignPanel.idPanel.idCanvas);\r
+    if (alignPanel.seqPanel != null\r
+            && alignPanel.seqPanel.seqCanvas != null)\r
+    {\r
+      PaintRefresher.RemoveComponent(alignPanel.seqPanel.seqCanvas);\r
+    }\r
+    if (alignPanel.idPanel != null && alignPanel.idPanel.idCanvas != null)\r
+    {\r
+      PaintRefresher.RemoveComponent(alignPanel.idPanel.idCanvas);\r
+    }\r
 \r
     if (PaintRefresher.components.size() == 0 && viewport.applet == null)\r
     {\r
       System.exit(0);\r
-    } else {\r
+    }\r
+    else\r
+    {\r
     }\r
     viewport = null;\r
     alignPanel = null;\r
@@ -1346,8 +1387,7 @@ public class AlignFrame extends EmbmenuFrame implements ActionListener,  ItemLis
   }\r
 \r
   /**\r
-   * TODO: JAL-1104\r
-   * DOCUMENT ME!\r
+   * TODO: JAL-1104 DOCUMENT ME!\r
    * \r
    * @param e\r
    *          DOCUMENT ME!\r
@@ -1365,18 +1405,21 @@ public class AlignFrame extends EmbmenuFrame implements ActionListener,  ItemLis
 \r
     AlignViewport originalSource = getOriginatingSource(command);\r
     // JBPNote Test\r
-    if (originalSource!=viewport) {\r
-      System.err.println("Warning: Viewport object mismatch whilst undoing");\r
+    if (originalSource != viewport)\r
+    {\r
+      System.err\r
+              .println("Warning: Viewport object mismatch whilst undoing");\r
     }\r
-    originalSource.updateHiddenColumns(); //    originalSource.hasHiddenColumns = viewport.getColumnSelection().getHiddenColumns() != null;\r
+    originalSource.updateHiddenColumns(); // originalSource.hasHiddenColumns =\r
+                                          // viewport.getColumnSelection().getHiddenColumns()\r
+                                          // != null;\r
     updateEditMenuBar();\r
-    originalSource.firePropertyChange("alignment", null,\r
-            originalSource.getAlignment().getSequences());\r
+    originalSource.firePropertyChange("alignment", null, originalSource\r
+            .getAlignment().getSequences());\r
   }\r
 \r
   /**\r
-   * TODO: JAL-1104\r
-   * DOCUMENT ME!\r
+   * TODO: JAL-1104 DOCUMENT ME!\r
    * \r
    * @param e\r
    *          DOCUMENT ME!\r
@@ -1394,14 +1437,18 @@ public class AlignFrame extends EmbmenuFrame implements ActionListener,  ItemLis
 \r
     AlignViewport originalSource = getOriginatingSource(command);\r
     // JBPNote Test\r
-    if (originalSource!=viewport) {\r
-      System.err.println("Warning: Viewport object mismatch whilst re-doing");\r
+    if (originalSource != viewport)\r
+    {\r
+      System.err\r
+              .println("Warning: Viewport object mismatch whilst re-doing");\r
     }\r
-    originalSource.updateHiddenColumns(); //sethasHiddenColumns(); = viewport.getColumnSelection().getHiddenColumns() != null;\r
+    originalSource.updateHiddenColumns(); // sethasHiddenColumns(); =\r
+                                          // viewport.getColumnSelection().getHiddenColumns()\r
+                                          // != null;\r
 \r
     updateEditMenuBar();\r
-    originalSource.firePropertyChange("alignment", null,\r
-            originalSource.getAlignment().getSequences());\r
+    originalSource.firePropertyChange("alignment", null, originalSource\r
+            .getAlignment().getSequences());\r
   }\r
 \r
   AlignViewport getOriginatingSource(CommandI command)\r
@@ -1452,62 +1499,22 @@ public class AlignFrame extends EmbmenuFrame implements ActionListener,  ItemLis
     {\r
       return;\r
     }\r
-\r
-    if (up)\r
-    {\r
-      for (int i = 1; i < viewport.getAlignment().getHeight(); i++)\r
-      {\r
-        SequenceI seq = viewport.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
-        if (!sg.getSequences(null).contains(seq))\r
-        {\r
-          continue;\r
-        }\r
-\r
-        SequenceI temp = viewport.getAlignment().getSequenceAt(i - 1);\r
-        if (sg.getSequences(null).contains(temp))\r
-        {\r
-          continue;\r
-        }\r
-\r
-        viewport.getAlignment().getSequences().setElementAt(temp, i);\r
-        viewport.getAlignment().getSequences().setElementAt(seq, i - 1);\r
-      }\r
-    }\r
-    else\r
-    {\r
-      for (int i = viewport.getAlignment().getHeight() - 2; i > -1; i--)\r
-      {\r
-        SequenceI seq = viewport.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
-        if (!sg.getSequences(viewport.getHiddenRepSequences()).contains(seq))\r
-        {\r
-          continue;\r
-        }\r
-\r
-        SequenceI temp = viewport.getAlignment().getSequenceAt(i + 1);\r
-        if (sg.getSequences(viewport.getHiddenRepSequences()).contains(temp))\r
-        {\r
-          continue;\r
-        }\r
-\r
-        viewport.getAlignment().getSequences().setElementAt(temp, i);\r
-        viewport.getAlignment().getSequences().setElementAt(seq, i + 1);\r
-      }\r
-    }\r
-\r
+    viewport.getAlignment().moveSelectedSequencesByOne(sg,\r
+            up ? null : viewport.getHiddenRepSequences(), up);\r
     alignPanel.paintAlignment(true);\r
   }\r
 \r
   synchronized void slideSequences(boolean right, int size)\r
   {\r
-    Vector sg = new Vector();\r
+    List<SequenceI> sg = new Vector<SequenceI>();\r
     if (viewport.cursorMode)\r
     {\r
-      sg.addElement(viewport.getAlignment()\r
-              .getSequenceAt(alignPanel.seqPanel.seqCanvas.cursorY));\r
+      sg.add(viewport.getAlignment().getSequenceAt(\r
+              alignPanel.seqPanel.seqCanvas.cursorY));\r
     }\r
     else if (viewport.getSelectionGroup() != null\r
-            && viewport.getSelectionGroup().getSize() != viewport.getAlignment()\r
-                    .getHeight())\r
+            && viewport.getSelectionGroup().getSize() != viewport\r
+                    .getAlignment().getHeight())\r
     {\r
       sg = viewport.getSelectionGroup().getSequences(\r
               viewport.getHiddenRepSequences());\r
@@ -1518,7 +1525,7 @@ public class AlignFrame extends EmbmenuFrame implements ActionListener,  ItemLis
       return;\r
     }\r
 \r
-    Vector invertGroup = new Vector();\r
+    Vector<SequenceI> invertGroup = new Vector();\r
 \r
     for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getHeight(); i++)\r
     {\r
@@ -1526,13 +1533,12 @@ public class AlignFrame extends EmbmenuFrame implements ActionListener,  ItemLis
         invertGroup.addElement(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i));\r
     }\r
 \r
-    SequenceI[] seqs1 = new SequenceI[sg.size()];\r
-    for (int i = 0; i < sg.size(); i++)\r
-      seqs1[i] = (SequenceI) sg.elementAt(i);\r
+    SequenceI[] seqs1 = sg.toArray(new SequenceI[sg.size()]);\r
 \r
-    SequenceI[] seqs2 = new SequenceI[invertGroup.size()];\r
+    SequenceI[] seqs2 = invertGroup.toArray(new SequenceI[invertGroup\r
+            .size()]);\r
     for (int i = 0; i < invertGroup.size(); i++)\r
-      seqs2[i] = (SequenceI) invertGroup.elementAt(i);\r
+      seqs2[i] = invertGroup.elementAt(i);\r
 \r
     SlideSequencesCommand ssc;\r
     if (right)\r
@@ -1757,12 +1763,13 @@ public class AlignFrame extends EmbmenuFrame implements ActionListener,  ItemLis
 \r
     // !newAlignment\r
     addHistoryItem(new EditCommand("Add sequences", EditCommand.PASTE,\r
-            seqs, 0, viewport.getAlignment().getWidth(), viewport.getAlignment()));\r
+            seqs, 0, viewport.getAlignment().getWidth(),\r
+            viewport.getAlignment()));\r
 \r
     viewport.setEndSeq(viewport.getAlignment().getHeight());\r
     viewport.getAlignment().getWidth();\r
-    viewport.firePropertyChange("alignment", null,\r
-            viewport.getAlignment().getSequences());\r
+    viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment()\r
+            .getSequences());\r
 \r
   }\r
 \r
@@ -1854,6 +1861,7 @@ public class AlignFrame extends EmbmenuFrame implements ActionListener,  ItemLis
     viewport.setShowConsensusHistogram(showConsensusHistogram.getState());\r
     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
   }\r
+\r
   /*\r
    * (non-Javadoc)\r
    * \r
@@ -1867,6 +1875,14 @@ public class AlignFrame extends EmbmenuFrame implements ActionListener,  ItemLis
     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
   }\r
 \r
+  protected void normSequenceLogo_actionPerformed()\r
+  {\r
+    showSequenceLogo.setState(true);\r
+    viewport.setShowSequenceLogo(true);\r
+    viewport.setNormaliseSequenceLogo(normSequenceLogo.getState());\r
+    alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
+  }\r
+\r
   protected void applyAutoAnnotationSettings_actionPerformed()\r
   {\r
     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
@@ -1879,8 +1895,8 @@ public class AlignFrame extends EmbmenuFrame implements ActionListener,  ItemLis
       SequenceGroup[] gps = jalview.analysis.Grouping.makeGroupsFrom(\r
               viewport.getSequenceSelection(),\r
               viewport.getAlignmentView(true).getSequenceStrings(\r
-                      viewport.getGapCharacter()),\r
-              viewport.getAlignment().getGroups());\r
+                      viewport.getGapCharacter()), viewport.getAlignment()\r
+                      .getGroups());\r
       viewport.getAlignment().deleteAllGroups();\r
       viewport.sequenceColours = null;\r
       viewport.setSelectionGroup(null);\r
@@ -1893,10 +1909,8 @@ public class AlignFrame extends EmbmenuFrame implements ActionListener,  ItemLis
         Color col = new Color((int) (Math.random() * 255),\r
                 (int) (Math.random() * 255), (int) (Math.random() * 255));\r
         col = col.brighter();\r
-        for (Enumeration sq = gps[g].getSequences(null).elements(); sq\r
-                .hasMoreElements(); viewport.setSequenceColour(\r
-                (SequenceI) sq.nextElement(), col))\r
-          ;\r
+        for (SequenceI sq : gps[g].getSequences(null))\r
+          viewport.setSequenceColour(sq, col);\r
       }\r
       PaintRefresher.Refresh(this, viewport.getSequenceSetId());\r
       alignPanel.updateAnnotation();\r
@@ -2012,12 +2026,8 @@ public class AlignFrame extends EmbmenuFrame implements ActionListener,  ItemLis
 \r
       addHistoryItem(trimRegion);\r
 \r
-      Vector groups = viewport.getAlignment().getGroups();\r
-\r
-      for (int i = 0; i < groups.size(); i++)\r
+      for (SequenceGroup sg : viewport.getAlignment().getGroups())\r
       {\r
-        SequenceGroup sg = (SequenceGroup) groups.elementAt(i);\r
-\r
         if ((trimLeft && !sg.adjustForRemoveLeft(column))\r
                 || (!trimLeft && !sg.adjustForRemoveRight(column)))\r
         {\r
@@ -2048,7 +2058,8 @@ public class AlignFrame extends EmbmenuFrame implements ActionListener,  ItemLis
     }\r
 \r
     RemoveGapColCommand removeGapCols = new RemoveGapColCommand(\r
-            "Remove Gapped Columns", seqs, start, end, viewport.getAlignment());\r
+            "Remove Gapped Columns", seqs, start, end,\r
+            viewport.getAlignment());\r
 \r
     addHistoryItem(removeGapCols);\r
 \r
@@ -2132,7 +2143,8 @@ public class AlignFrame extends EmbmenuFrame implements ActionListener,  ItemLis
       {\r
         if (!viewport.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[i].autoCalculated)\r
         {\r
-          newal.addAnnotation(viewport.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[i]);\r
+          newal.addAnnotation(viewport.getAlignment()\r
+                  .getAlignmentAnnotation()[i]);\r
         }\r
       }\r
     }\r
@@ -2284,12 +2296,14 @@ public class AlignFrame extends EmbmenuFrame implements ActionListener,  ItemLis
             overview.getPreferredSize().height + 50);\r
 \r
     frame.pack();\r
-    final AlignmentPanel ap=alignPanel;\r
+    final AlignmentPanel ap = alignPanel;\r
     frame.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
     {\r
+      @Override\r
       public void windowClosing(WindowEvent e)\r
       {\r
-        if (ap!=null) {\r
+        if (ap != null)\r
+        {\r
           ap.setOverviewPanel(null);\r
         }\r
       };\r
@@ -2343,71 +2357,8 @@ public class AlignFrame extends EmbmenuFrame implements ActionListener,  ItemLis
 \r
       cs.setConsensus(viewport.getSequenceConsensusHash());\r
 \r
-    }             \r
-    viewport.setGlobalColourScheme(cs);\r
-\r
-    if (viewport.getColourAppliesToAllGroups())\r
-    {\r
-      Vector groups = viewport.getAlignment().getGroups();\r
-      for (int i = 0; i < groups.size(); i++)\r
-      {\r
-        SequenceGroup sg = (SequenceGroup) groups.elementAt(i);\r
-\r
-        if (cs == null)\r
-        {\r
-          sg.cs = null;\r
-          continue;\r
-        }\r
-        if (cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
-        {\r
-          sg.cs = new ClustalxColourScheme(\r
-                  sg.getSequences(viewport.getHiddenRepSequences()),\r
-                  sg.getWidth());\r
-        }\r
-        else\r
-        {\r
-          try\r
-          {\r
-            sg.cs = cs.getClass().newInstance();\r
-          } catch (Exception ex)\r
-          {\r
-            ex.printStackTrace();\r
-            sg.cs = cs;\r
-          }\r
-        }\r
-\r
-        if (viewport.getAbovePIDThreshold()\r
-                || cs instanceof PIDColourScheme\r
-                || cs instanceof Blosum62ColourScheme)\r
-        {\r
-          sg.cs.setThreshold(threshold, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
-          sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(\r
-                  sg.getSequences(viewport.getHiddenRepSequences()), 0,\r
-                  sg.getWidth()));\r
-        }\r
-        else\r
-        {\r
-          sg.cs.setThreshold(0, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
-        }\r
-\r
-        if (viewport.getConservationSelected())\r
-        {\r
-          Conservation c = new Conservation("Group",\r
-                  ResidueProperties.propHash, 3,\r
-                  sg.getSequences(viewport.getHiddenRepSequences()), 0,\r
-                  viewport.getAlignment().getWidth() - 1);\r
-          c.calculate();\r
-          c.verdict(false, viewport.getConsPercGaps());\r
-          sg.cs.setConservation(c);\r
-        }\r
-        else\r
-        {\r
-          sg.cs.setConservation(null);\r
-          sg.cs.setThreshold(0, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
-        }\r
-\r
-      }\r
     }\r
+    viewport.setGlobalColourScheme(cs);\r
 \r
     if (alignPanel.getOverviewPanel() != null)\r
     {\r
@@ -2415,8 +2366,8 @@ public class AlignFrame extends EmbmenuFrame implements ActionListener,  ItemLis
     }\r
 \r
     jalview.structure.StructureSelectionManager\r
-            .getStructureSelectionManager(viewport.applet).sequenceColoursChanged(\r
-                    alignPanel);\r
+            .getStructureSelectionManager(viewport.applet)\r
+            .sequenceColoursChanged(alignPanel);\r
 \r
     alignPanel.paintAlignment(true);\r
   }\r
@@ -2482,7 +2433,8 @@ public class AlignFrame extends EmbmenuFrame implements ActionListener,  ItemLis
   {\r
     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
     AlignmentSorter.sortByID(viewport.getAlignment());\r
-    addHistoryItem(new OrderCommand("ID Sort", oldOrder, viewport.getAlignment()));\r
+    addHistoryItem(new OrderCommand("ID Sort", oldOrder,\r
+            viewport.getAlignment()));\r
     alignPanel.paintAlignment(true);\r
   }\r
 \r
@@ -2602,8 +2554,7 @@ public class AlignFrame extends EmbmenuFrame implements ActionListener,  ItemLis
 \r
     if ((viewport.getSelectionGroup() != null && viewport\r
             .getSelectionGroup().getSize() > 1)\r
-            || (viewport.getSelectionGroup() == null && viewport.getAlignment()\r
-                    .getHeight() > 1))\r
+            || (viewport.getAlignment().getHeight() > 1))\r
     {\r
       final TreePanel tp = new TreePanel(alignPanel, type, pwType);\r
 \r
@@ -2664,14 +2615,16 @@ public class AlignFrame extends EmbmenuFrame implements ActionListener,  ItemLis
     sortByTreeMenu.add(item);\r
     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
     {\r
+      @Override\r
       public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
       {\r
         sortByTree(treePanel, title); // treePanel.getTitle());\r
       }\r
     });\r
-    \r
+\r
     treePanel.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
     {\r
+      @Override\r
       public void windowOpened(WindowEvent e)\r
       {\r
         if (viewport.sortByTree)\r
@@ -2681,24 +2634,27 @@ public class AlignFrame extends EmbmenuFrame implements ActionListener,  ItemLis
         super.windowOpened(e);\r
       }\r
 \r
+      @Override\r
       public void windowClosing(WindowEvent e)\r
       {\r
         sortByTreeMenu.remove(item);\r
       };\r
     });\r
   }\r
+\r
   public boolean sortBy(AlignmentOrder alorder, String undoname)\r
   {\r
-    SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment()\r
-    .getSequencesArray();\r
+    SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
     if (viewport.applet.debug)\r
     {\r
-      System.err.println("Sorting "+alorder.getOrder().size()+" in alignment '"+getTitle()+"'");\r
+      System.err.println("Sorting " + alorder.getOrder().size()\r
+              + " in alignment '" + getTitle() + "'");\r
     }\r
     AlignmentSorter.sortBy(viewport.getAlignment(), alorder);\r
-    if (undoname!=null)\r
+    if (undoname != null)\r
     {\r
-      addHistoryItem(new OrderCommand(undoname, oldOrder, viewport.getAlignment()));\r
+      addHistoryItem(new OrderCommand(undoname, oldOrder,\r
+              viewport.getAlignment()));\r
     }\r
     alignPanel.paintAlignment(true);\r
     return true;\r
@@ -2724,6 +2680,7 @@ public class AlignFrame extends EmbmenuFrame implements ActionListener,  ItemLis
         this.builddate = builddate;\r
       }\r
 \r
+      @Override\r
       public void paint(Graphics g)\r
       {\r
         g.setColor(Color.white);\r
@@ -2793,7 +2750,7 @@ public class AlignFrame extends EmbmenuFrame implements ActionListener,  ItemLis
   MenuItem loadTree = new MenuItem("Load Associated Tree ...");\r
 \r
   MenuItem loadAnnotations = new MenuItem("Load Features/Annotations ...");\r
-  \r
+\r
   MenuItem outputFeatures = new MenuItem("Export Features ...");\r
 \r
   MenuItem outputAnnotations = new MenuItem("Export Annotations ...");\r
@@ -2867,14 +2824,15 @@ public class AlignFrame extends EmbmenuFrame implements ActionListener,  ItemLis
   MenuItem buriedColour = new MenuItem();\r
 \r
   MenuItem purinePyrimidineColour = new MenuItem();\r
+\r
   MenuItem RNAHelixColour = new MenuItem();\r
-  \r
+\r
   MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();\r
 \r
   MenuItem PIDColour = new MenuItem();\r
 \r
   MenuItem BLOSUM62Colour = new MenuItem();\r
-  \r
+\r
   MenuItem tcoffeeColour = new MenuItem();\r
 \r
   MenuItem njTreeBlosumMenuItem = new MenuItem();\r
@@ -2962,15 +2920,23 @@ public class AlignFrame extends EmbmenuFrame implements ActionListener,  ItemLis
   CheckboxMenuItem seqLimits = new CheckboxMenuItem();\r
 \r
   CheckboxMenuItem centreColumnLabelFlag = new CheckboxMenuItem();\r
-  \r
+\r
   CheckboxMenuItem followMouseOverFlag = new CheckboxMenuItem();\r
-  Menu autoAnnMenu=new Menu();\r
-  CheckboxMenuItem showSequenceLogo= new CheckboxMenuItem();\r
+\r
+  Menu autoAnnMenu = new Menu();\r
+\r
+  CheckboxMenuItem showSequenceLogo = new CheckboxMenuItem();\r
+\r
   CheckboxMenuItem applyAutoAnnotationSettings = new CheckboxMenuItem();\r
+\r
   CheckboxMenuItem showConsensusHistogram = new CheckboxMenuItem();\r
+\r
   CheckboxMenuItem showGroupConsensus = new CheckboxMenuItem();\r
+\r
   CheckboxMenuItem showGroupConservation = new CheckboxMenuItem();\r
 \r
+  CheckboxMenuItem normSequenceLogo = new CheckboxMenuItem();\r
+\r
   private void jbInit() throws Exception\r
   {\r
 \r
@@ -2987,6 +2953,7 @@ public class AlignFrame extends EmbmenuFrame implements ActionListener,  ItemLis
 \r
       item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
       {\r
+        @Override\r
         public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
         {\r
           outputText_actionPerformed(e);\r
@@ -3070,9 +3037,11 @@ public class AlignFrame extends EmbmenuFrame implements ActionListener,  ItemLis
     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62 Score");\r
     BLOSUM62Colour.addActionListener(this);\r
     tcoffeeColour.setLabel("T-Coffee Scores");\r
-    tcoffeeColour.setEnabled(false);   // it will enabled only if a score file is provided\r
+    tcoffeeColour.setEnabled(false); // it will enabled only if a score file is\r
+                                     // provided\r
     tcoffeeColour.addActionListener(this);\r
-    avDistanceTreeBlosumMenuItem .setLabel("Average Distance Using BLOSUM62");\r
+    avDistanceTreeBlosumMenuItem\r
+            .setLabel("Average Distance Using BLOSUM62");\r
     avDistanceTreeBlosumMenuItem.addActionListener(this);\r
     njTreeBlosumMenuItem.setLabel("Neighbour Joining Using BLOSUM62");\r
     njTreeBlosumMenuItem.addActionListener(this);\r
@@ -3184,10 +3153,11 @@ public class AlignFrame extends EmbmenuFrame implements ActionListener,  ItemLis
     showGroupConservation.setLabel("Group Conservation");\r
     showConsensusHistogram.setLabel("Show Consensus Histogram");\r
     showSequenceLogo.setLabel("Show Consensus Logo");\r
+    normSequenceLogo.setLabel("Normalise Consensus Logo");\r
     applyAutoAnnotationSettings.setLabel("Apply to all groups");\r
     applyAutoAnnotationSettings.setState(true);\r
     autoAnnMenu.setLabel("Autocalculated Annotation");\r
-    \r
+\r
     invertColSel.addActionListener(this);\r
     showColumns.addActionListener(this);\r
     showSeqs.addActionListener(this);\r
@@ -3200,6 +3170,8 @@ public class AlignFrame extends EmbmenuFrame implements ActionListener,  ItemLis
     showGroupConservation.addItemListener(this);\r
     showConsensusHistogram.addItemListener(this);\r
     showSequenceLogo.addItemListener(this);\r
+    normSequenceLogo.addItemListener(this);\r
+\r
     applyAutoAnnotationSettings.addItemListener(this);\r
     formatMenu.setLabel("Format");\r
     selectMenu.setLabel("Select");\r
@@ -3217,7 +3189,7 @@ public class AlignFrame extends EmbmenuFrame implements ActionListener,  ItemLis
     fileMenu.add(inputText);\r
     fileMenu.add(loadTree);\r
     fileMenu.add(loadAnnotations);\r
-    \r
+\r
     fileMenu.addSeparator();\r
     fileMenu.add(outputTextboxMenu);\r
     fileMenu.add(outputFeatures);\r
@@ -3253,6 +3225,7 @@ public class AlignFrame extends EmbmenuFrame implements ActionListener,  ItemLis
     autoAnnMenu.add(applyAutoAnnotationSettings);\r
     autoAnnMenu.add(showConsensusHistogram);\r
     autoAnnMenu.add(showSequenceLogo);\r
+    autoAnnMenu.add(normSequenceLogo);\r
     autoAnnMenu.addSeparator();\r
     autoAnnMenu.add(showGroupConservation);\r
     autoAnnMenu.add(showGroupConsensus);\r
@@ -3403,14 +3376,16 @@ public class AlignFrame extends EmbmenuFrame implements ActionListener,  ItemLis
       final AlignFrame me = this;\r
       viewport.applet.addFocusListener(new FocusListener()\r
       {\r
-        \r
+\r
         @Override\r
         public void focusLost(FocusEvent e)\r
         {\r
-          if (me.viewport.applet.currentAlignFrame==me) {\r
-                  me.viewport.applet.currentAlignFrame = null;\r
-        }}\r
-        \r
+          if (me.viewport.applet.currentAlignFrame == me)\r
+          {\r
+            me.viewport.applet.currentAlignFrame = null;\r
+          }\r
+        }\r
+\r
         @Override\r
         public void focusGained(FocusEvent e)\r
         {\r
@@ -3503,11 +3478,13 @@ public class AlignFrame extends EmbmenuFrame implements ActionListener,  ItemLis
     // TODO: search for a jmv that involves viewer\r
     if (jmv == null)\r
     { // create a new viewer/jalview binding.\r
-      jmv = new ExtJmol(viewer, alignPanel, new SequenceI[][] {seqs});\r
+      jmv = new ExtJmol(viewer, alignPanel, new SequenceI[][]\r
+      { seqs });\r
     }\r
     return jmv;\r
 \r
   }\r
+\r
   /**\r
    * bind a pdb file to a sequence in the current view\r
    * \r
@@ -3628,8 +3605,11 @@ public class AlignFrame extends EmbmenuFrame implements ActionListener,  ItemLis
     if (applet.useXtrnalSviewer)\r
     {\r
       // register the association(s) and quit, don't create any windows.\r
-      if (StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager(applet).setMapping(seqs, chains, pdb.getFile(), protocol)==null) {\r
-        System.err.println("Failed to map "+pdb.getFile()+" ("+protocol+") to any sequences");\r
+      if (StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager(applet)\r
+              .setMapping(seqs, chains, pdb.getFile(), protocol) == null)\r
+      {\r
+        System.err.println("Failed to map " + pdb.getFile() + " ("\r
+                + protocol + ") to any sequences");\r
       }\r
       return;\r
     }\r
@@ -3681,9 +3661,13 @@ public class AlignFrame extends EmbmenuFrame implements ActionListener,  ItemLis
   }\r
 \r
   /**\r
-   * modify the current selection, providing the user has not made a selection already.\r
-   * @param sel - sequences from this alignment \r
-   * @param csel - columns to be selected on the alignment\r
+   * modify the current selection, providing the user has not made a selection\r
+   * already.\r
+   * \r
+   * @param sel\r
+   *          - sequences from this alignment\r
+   * @param csel\r
+   *          - columns to be selected on the alignment\r
    */\r
   public void select(SequenceGroup sel, ColumnSelection csel)\r
   {\r
@@ -3692,67 +3676,81 @@ public class AlignFrame extends EmbmenuFrame implements ActionListener,  ItemLis
 \r
   public void scrollTo(int row, int column)\r
   {\r
-    alignPanel.seqPanel.scrollTo(row, column);    \r
+    alignPanel.seqPanel.scrollTo(row, column);\r
   }\r
+\r
   public void scrollToRow(int row)\r
   {\r
-    alignPanel.seqPanel.scrollToRow(row);    \r
+    alignPanel.seqPanel.scrollToRow(row);\r
   }\r
+\r
   public void scrollToColumn(int column)\r
   {\r
-    alignPanel.seqPanel.scrollToColumn(column);    \r
+    alignPanel.seqPanel.scrollToColumn(column);\r
   }\r
+\r
   /**\r
    * @return the alignments unique ID.\r
    */\r
-  public String getSequenceSetId() {\r
+  public String getSequenceSetId()\r
+  {\r
     return viewport.getSequenceSetId();\r
   }\r
-  \r
-  \r
+\r
   /**\r
-   * Load the (T-Coffee) score file from the specified url \r
+   * Load the (T-Coffee) score file from the specified url\r
    * \r
-   * @param source File/URL/T-COFFEE score file contents\r
-   * @throws IOException \r
+   * @param source\r
+   *          File/URL/T-COFFEE score file contents\r
+   * @throws IOException\r
    * @return true if alignment was annotated with data from source\r
    */\r
-  public boolean loadScoreFile( String source ) throws IOException {\r
-\r
-    TCoffeeScoreFile file = new TCoffeeScoreFile(source, AppletFormatAdapter.checkProtocol(source));\r
-         if( !file.isValid()) {\r
-           // TODO: raise dialog for gui\r
-           System.err.println("Problems parsing T-Coffee scores: "+file.getWarningMessage());\r
-           System.err.println("Origin was:\n"+source);\r
-           return false;\r
-         }\r
-         \r
-         /*\r
-          * check that the score matrix matches the alignment dimensions\r
-          */\r
-         AlignmentI aln; \r
-         if( (aln=viewport.getAlignment()) != null && (aln.getHeight() != file.getHeight() || aln.getWidth() != file.getWidth()) ) {\r
-           // TODO: raise a dialog box here rather than bomb out.\r
-           System.err.println("The scores matrix does not match the alignment dimensions");\r
-                 \r
-         }\r
-         \r
-          // TODO add parameter to indicate if matching should be done\r
-         if (file.annotateAlignment(alignPanel.getAlignment(), false))\r
-         {\r
-           alignPanel.fontChanged();\r
-           tcoffeeColour.setEnabled(true);\r
-                 // switch to this color\r
-                 changeColour(new TCoffeeColourScheme(alignPanel.getAlignment()));\r
-                 return true;\r
-          } else {\r
-            System.err.println("Problems resolving T-Coffee scores:");\r
-            if (file.getWarningMessage()!=null) {\r
-              System.err.println(file.getWarningMessage());\r
-            }\r
-          }\r
-         return false;\r
+  public boolean loadScoreFile(String source) throws IOException\r
+  {\r
+\r
+    TCoffeeScoreFile file = new TCoffeeScoreFile(source,\r
+            AppletFormatAdapter.checkProtocol(source));\r
+    if (!file.isValid())\r
+    {\r
+      // TODO: raise dialog for gui\r
+      System.err.println("Problems parsing T-Coffee scores: "\r
+              + file.getWarningMessage());\r
+      System.err.println("Origin was:\n" + source);\r
+      return false;\r
+    }\r
+\r
+    /*\r
+     * check that the score matrix matches the alignment dimensions\r
+     */\r
+    AlignmentI aln;\r
+    if ((aln = viewport.getAlignment()) != null\r
+            && (aln.getHeight() != file.getHeight() || aln.getWidth() != file\r
+                    .getWidth()))\r
+    {\r
+      // TODO: raise a dialog box here rather than bomb out.\r
+      System.err\r
+              .println("The scores matrix does not match the alignment dimensions");\r
+\r
+    }\r
+\r
+    // TODO add parameter to indicate if matching should be done\r
+    if (file.annotateAlignment(alignPanel.getAlignment(), false))\r
+    {\r
+      alignPanel.fontChanged();\r
+      tcoffeeColour.setEnabled(true);\r
+      // switch to this color\r
+      changeColour(new TCoffeeColourScheme(alignPanel.getAlignment()));\r
+      return true;\r
+    }\r
+    else\r
+    {\r
+      System.err.println("Problems resolving T-Coffee scores:");\r
+      if (file.getWarningMessage() != null)\r
+      {\r
+        System.err.println(file.getWarningMessage());\r
+      }\r
+    }\r
+    return false;\r
   }\r
-  \r
-  \r
+\r
 }\r