git://source.jalview.org / jalview.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
added commented out seqStrings comment.
[jalview.git] / src / jalview / appletgui / AlignmentPanel.java
diff --git a/src/jalview/appletgui/AlignmentPanel.java b/src/jalview/appletgui/AlignmentPanel.java
index 0423cbb..b1a8b8b 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/AlignmentPanel.java
+++ b/src/jalview/appletgui/AlignmentPanel.java
@@ -63,13 +63,15 @@ public class AlignmentPanel extends Panel implements AdjustmentListener
     scalePanel = new ScalePanel(av, this);\r
     idwidthAdjuster = new IdwidthAdjuster(this);\r
     annotationPanel = new AnnotationPanel(this);\r
+\r
+    sequenceHolderPanel.add(annotationPanel, BorderLayout.SOUTH);\r
+\r
     alabels = new AnnotationLabels(this);\r
 \r
     setAnnotationVisible(av.showAnnotation);\r
 \r
     idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);\r
     idSpaceFillerPanel1.add(idwidthAdjuster, BorderLayout.CENTER);\r
-    annotationScroller.add(annotationPanel);\r
     annotationSpaceFillerHolder.add(alabels, BorderLayout.CENTER);\r
     scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);\r
     seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);\r
@@ -93,7 +95,6 @@ public class AlignmentPanel extends Panel implements AdjustmentListener
     idPanel.idCanvas.setSize(d);\r
 \r
     hscrollFillerPanel.setSize(d.width, annotationPanel.getSize().height);\r
-    annotationScroller.setSize(annotationPanel.getSize());\r
 \r
     idPanel.idCanvas.setSize(d.width, seqPanel.seqCanvas.getSize().height);\r
     annotationSpaceFillerHolder.setSize(d.width,\r
@@ -107,12 +108,13 @@ public class AlignmentPanel extends Panel implements AdjustmentListener
   {\r
     // set idCanvas bufferedImage to null\r
     // to prevent drawing old image\r
-    idPanel.idCanvas.image =null;\r
+    idPanel.idCanvas.image = null;\r
     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 \r
     scalePanel.setSize(new Dimension(10, av.charHeight + fm.getDescent()));\r
     idwidthAdjuster.setSize(new Dimension(10, av.charHeight + fm.getDescent()));\r
 \r
+    annotationPanel.image = null;\r
     int ap = annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
     annotationPanel.repaint();\r
     Dimension d = calculateIdWidth();\r
@@ -138,16 +140,14 @@ public class AlignmentPanel extends Panel implements AdjustmentListener
 \r
   Dimension calculateIdWidth()\r
   {\r
-    Frame frame = new Frame();\r
-    frame.addNotify();\r
-    Graphics g = frame.getGraphics();\r
-    if (g == null)\r
+    if (av.nullFrame == null)\r
     {\r
-      Frame f = new Frame();\r
-      f.addNotify();\r
-      g = f.getGraphics();\r
+      av.nullFrame = new Frame();\r
+      av.nullFrame.addNotify();\r
     }\r
 \r
+    Graphics g = av.nullFrame.getGraphics();\r
+\r
     FontMetrics fm = g.getFontMetrics(av.font);\r
     AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 \r
@@ -170,7 +170,7 @@ public class AlignmentPanel extends Panel implements AdjustmentListener
     i = 0;\r
     if (al.getAlignmentAnnotation() != null)\r
     {\r
-      fm = g.getFontMetrics(frame.getFont());\r
+      fm = g.getFontMetrics(av.nullFrame.getFont());\r
       while (i < al.getAlignmentAnnotation().length)\r
       {\r
         String label = al.getAlignmentAnnotation()[i].label;\r
@@ -219,19 +219,24 @@ public class AlignmentPanel extends Panel implements AdjustmentListener
         }\r
         else\r
         {\r
-          int cwidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.\r
-              seqCanvas.getSize().width);\r
-          if (start < av.getStartRes() || start > (av.getStartRes() + cwidth))\r
-          {\r
-            vscroll.setValue(start / cwidth);\r
-            av.startRes = vscroll.getValue() * cwidth;\r
-          }\r
+          scrollToWrappedVisible(start);\r
         }\r
     }\r
 \r
     repaint();\r
   }\r
 \r
+  void scrollToWrappedVisible(int res)\r
+  {\r
+    int cwidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getSize().width);\r
+    if (res <= av.getStartRes() || res >= (av.getStartRes() + cwidth))\r
+    {\r
+      vscroll.setValue(res / cwidth);\r
+      av.startRes = vscroll.getValue() * cwidth;\r
+    }\r
+  }\r
+\r
+\r
   public OverviewPanel getOverviewPanel()\r
   {\r
     return overviewPanel;\r
@@ -247,7 +252,7 @@ public class AlignmentPanel extends Panel implements AdjustmentListener
     if (!av.wrapAlignment)\r
     {\r
       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(b);\r
-      annotationScroller.setVisible(b);\r
+      annotationPanel.setVisible(b);\r
     }\r
     validate();\r
     repaint();\r
@@ -264,12 +269,12 @@ public class AlignmentPanel extends Panel implements AdjustmentListener
 \r
     if (wrap)\r
     {\r
-      annotationScroller.setVisible(false);\r
+      annotationPanel.setVisible(false);\r
       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(false);\r
     }\r
     else if (av.showAnnotation)\r
     {\r
-      annotationScroller.setVisible(true);\r
+      annotationPanel.setVisible(true);\r
       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(true);\r
     }\r
 \r
@@ -296,8 +301,7 @@ public class AlignmentPanel extends Panel implements AdjustmentListener
       {\r
         return false;\r
       }\r
-      fastPaint = false;\r
-      vscroll.setValue(vscroll.getValue() - 1);\r
+      setScrollValues(hscroll.getValue(), vscroll.getValue()-1);\r
     }\r
     else\r
     {\r
@@ -305,24 +309,22 @@ public class AlignmentPanel extends Panel implements AdjustmentListener
       {\r
         return false;\r
       }\r
-      fastPaint = false;\r
-      vscroll.setValue(vscroll.getValue() + 1);\r
+      setScrollValues(hscroll.getValue(), vscroll.getValue()+1);\r
     }\r
-    fastPaint = true;\r
+\r
+    repaint();\r
     return true;\r
   }\r
 \r
   public boolean scrollRight(boolean right)\r
   {\r
-\r
-    if (right)\r
+    if (!right)\r
     {\r
       if (hscroll.getValue() < 1)\r
       {\r
         return false;\r
       }\r
-      fastPaint = false;\r
-      hscroll.setValue(hscroll.getValue() - 1);\r
+      setScrollValues(hscroll.getValue()-1, vscroll.getValue());\r
     }\r
     else\r
     {\r
@@ -330,16 +332,15 @@ public class AlignmentPanel extends Panel implements AdjustmentListener
       {\r
         return false;\r
       }\r
-      fastPaint = false;\r
-      hscroll.setValue(hscroll.getValue() + 1);\r
+      setScrollValues(hscroll.getValue()+1, vscroll.getValue());\r
     }\r
-    fastPaint = true;\r
+\r
+    repaint();\r
     return true;\r
   }\r
 \r
   public void setScrollValues(int x, int y)\r
   {\r
-\r
     av.setStartRes(x);\r
     av.setStartSeq(y);\r
     av.setEndRes(x + seqPanel.seqCanvas.getSize().width / av.getCharWidth() - 1);\r
@@ -386,6 +387,8 @@ public class AlignmentPanel extends Panel implements AdjustmentListener
     hscroll.setValues(x, hextent, 0, av.getAlignment().getWidth());\r
     vscroll.setValues(y, vextent, 0, av.getAlignment().getHeight());\r
 \r
+    if(overviewPanel!=null)\r
+          overviewPanel.setBoxPosition();\r
   }\r
 \r
   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
@@ -393,6 +396,7 @@ public class AlignmentPanel extends Panel implements AdjustmentListener
     int oldX = av.getStartRes();\r
     int oldY = av.getStartSeq();\r
 \r
+\r
     if (evt==null || evt.getSource() == hscroll)\r
     {\r
       int x = hscroll.getValue();\r
@@ -401,6 +405,7 @@ public class AlignmentPanel extends Panel implements AdjustmentListener
                    1);\r
     }\r
 \r
+\r
     if (evt==null || evt.getSource() == vscroll)\r
     {\r
       int offy = vscroll.getValue();\r
@@ -431,12 +436,14 @@ public class AlignmentPanel extends Panel implements AdjustmentListener
     {\r
       repaint();\r
     }\r
-    else if(!seqPanel.seqCanvas.fastPaint)\r
+    else\r
     {\r
       // Make sure we're not trying to draw a panel\r
       // larger than the visible window\r
       if(scrollX>av.endRes-av.startRes)\r
-        scrollX = av.endRes-av.startRes;\r
+      {\r
+        scrollX = av.endRes - av.startRes;\r
+      }\r
       else if(scrollX<av.startRes-av.endRes)\r
         scrollX = av.startRes - av.endRes;\r
 \r
@@ -460,6 +467,7 @@ public class AlignmentPanel extends Panel implements AdjustmentListener
 \r
   public void paint(Graphics g)\r
   {\r
+    invalidate();\r
     Dimension d = idPanel.idCanvas.getSize();\r
     idPanel.idCanvas.setSize(d.width, seqPanel.seqCanvas.getSize().height);\r
     annotationSpaceFillerHolder.setSize(d.width,\r
@@ -513,7 +521,6 @@ public class AlignmentPanel extends Panel implements AdjustmentListener
   BorderLayout borderLayout10 = new BorderLayout();\r
   protected Panel hscrollFillerPanel = new Panel();\r
   BorderLayout borderLayout11 = new BorderLayout();\r
-  public Panel annotationScroller = new Panel();\r
   BorderLayout borderLayout4 = new BorderLayout();\r
   BorderLayout borderLayout2 = new BorderLayout();\r
 \r
@@ -548,11 +555,9 @@ public class AlignmentPanel extends Panel implements AdjustmentListener
       //  this.setPreferredSize(new Dimension(220, 166));\r
       seqPanelHolder.setBackground(Color.white);\r
       idPanelHolder.setBackground(Color.white);\r
-      annotationScroller.setLayout(borderLayout2);\r
       sequenceHolderPanel.add(scalePanelHolder, BorderLayout.NORTH);\r
       sequenceHolderPanel.add(seqPanelHolder, BorderLayout.CENTER);\r
       seqPanelHolder.add(vscroll, BorderLayout.EAST);\r
-      sequenceHolderPanel.add(annotationScroller, BorderLayout.SOUTH);\r
 \r
       //  Panel3.add(secondaryPanelHolder,  BorderLayout.SOUTH);\r
       this.add(idPanelHolder, BorderLayout.WEST);\r