JAL-1551 formatting
[jalview.git] / src / jalview / appletgui / IdPanel.java
index a13c834..b4ed6d9 100755 (executable)
@@ -1,6 +1,6 @@
 /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2b1)
- * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
  * 
  * This file is part of Jalview.
  * 
  */
 package jalview.appletgui;
 
-import java.awt.*;
-import java.awt.event.*;
+import jalview.datamodel.Sequence;
+import jalview.datamodel.SequenceFeature;
+import jalview.datamodel.SequenceGroup;
+import jalview.datamodel.SequenceI;
+import jalview.util.UrlLink;
+import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
+
+import java.awt.BorderLayout;
+import java.awt.Panel;
+import java.awt.event.InputEvent;
+import java.awt.event.MouseEvent;
+import java.awt.event.MouseListener;
+import java.awt.event.MouseMotionListener;
 import java.util.List;
 import java.util.Vector;
 
-import jalview.datamodel.*;
-import jalview.util.UrlLink;
-
 public class IdPanel extends Panel implements MouseListener,
         MouseMotionListener
 {
 
   protected IdCanvas idCanvas;
 
-  protected AlignViewport av;
+  protected AlignmentViewport av;
 
   protected AlignmentPanel alignPanel;
 
   ScrollThread scrollThread = null;
 
-  int offy;
-
-  int width;
-
   int lastid = -1;
 
   boolean mouseDragging = false;
@@ -96,6 +100,7 @@ public class IdPanel extends Panel implements MouseListener,
 
   Tooltip tooltip;
 
+  @Override
   public void mouseMoved(MouseEvent e)
   {
     int seq = alignPanel.seqPanel.findSeq(e);
@@ -138,7 +143,7 @@ public class IdPanel extends Panel implements MouseListener,
             nl = true;
           }
           ;
-          if (sf[sl].getScore() != Float.NaN && sf[sl].getScore() != 0f)
+          if (!Float.isNaN(sf[sl].getScore()) && sf[sl].getScore() != 0f)
           {
             tooltiptext.append(" Score = ");
             tooltiptext.append(sf[sl].getScore());
@@ -184,6 +189,7 @@ public class IdPanel extends Panel implements MouseListener,
     tooltiptext = null;
   }
 
+  @Override
   public void mouseDragged(MouseEvent e)
   {
     mouseDragging = true;
@@ -203,6 +209,7 @@ public class IdPanel extends Panel implements MouseListener,
     alignPanel.paintAlignment(false);
   }
 
+  @Override
   public void mouseClicked(MouseEvent e)
   {
     if (e.getClickCount() < 2)
@@ -266,6 +273,7 @@ public class IdPanel extends Panel implements MouseListener,
     }
   }
 
+  @Override
   public void mouseEntered(MouseEvent e)
   {
     if (scrollThread != null)
@@ -274,6 +282,7 @@ public class IdPanel extends Panel implements MouseListener,
     }
   }
 
+  @Override
   public void mouseExited(MouseEvent e)
   {
     if (av.getWrapAlignment())
@@ -293,6 +302,7 @@ public class IdPanel extends Panel implements MouseListener,
     }
   }
 
+  @Override
   public void mousePressed(MouseEvent e)
   {
     if (e.getClickCount() > 1)
@@ -303,7 +313,7 @@ public class IdPanel extends Panel implements MouseListener,
     int y = e.getY();
     if (av.getWrapAlignment())
     {
-      y -= 2 * av.charHeight;
+      y -= 2 * av.getCharHeight();
     }
 
     int seq = alignPanel.seqPanel.findSeq(e);
@@ -397,6 +407,7 @@ public class IdPanel extends Panel implements MouseListener,
 
   }
 
+  @Override
   public void mouseReleased(MouseEvent e)
   {
     if (scrollThread != null)
@@ -451,6 +462,7 @@ public class IdPanel extends Panel implements MouseListener,
       running = false;
     }
 
+    @Override
     public void run()
     {
       running = true;
@@ -491,5 +503,4 @@ public class IdPanel extends Panel implements MouseListener,
       }
     }
   }
-
 }