git://source.jalview.org / jalview.git / blobdiff
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JAL-3253 rename method, add Javadoc
[jalview.git] / src / jalview / bin / Jalview.java
diff --git a/src/jalview/bin/Jalview.java b/src/jalview/bin/Jalview.java
index 2efa0fb..ff8d52f 100755 (executable)
--- a/src/jalview/bin/Jalview.java
+++ b/src/jalview/bin/Jalview.java
@@ -305,6 +305,15 @@ public class Jalview implements ApplicationSingletonI, JalviewJSApi
 
     String usrPropsFile = aparser.getValue(ArgsParser.PROPS);
     Cache.loadProperties(usrPropsFile);
+
+    if (aparser.contains(ArgsParser.NODISPLAY)
+            || aparser.contains(ArgsParser.NOGUI)
+            || aparser.contains(ArgsParser.HEADLESS)
+            || "true".equals(System.getProperty("java.awt.headless")))
+    {
+      headless = true;
+    }
+
     if (isJS)
     {
       isJavaAppletTag = aparser.isApplet();
@@ -336,13 +345,7 @@ public class Jalview implements ApplicationSingletonI, JalviewJSApi
         showUsage();
         System.exit(0);
       }
-      if (aparser.contains(ArgsParser.NODISPLAY)
-              || aparser.contains(ArgsParser.NOGUI)
-              || aparser.contains(ArgsParser.HEADLESS)
-              || "true".equals(System.getProperty("java.awt.headless")))
-      {
-        headless = true;
-      }
+
 
       // anything else!
 
@@ -398,7 +401,7 @@ public class Jalview implements ApplicationSingletonI, JalviewJSApi
 
     try
     {
-      if (Platform.isWin())
+      if (!isJS && Platform.isWin())
        {
         UIManager.setLookAndFeel(
                 headless ? "javax.swing.plaf.metal.MetalLookAndFeel"
@@ -855,11 +858,11 @@ public class Jalview implements ApplicationSingletonI, JalviewJSApi
                     + "] executed successfully!");
             groovyscript = null;
           }
-          checkOutputFile(aparser, af, format);
-          while (aparser.getSize() > 0)
-          {
-            System.out.println("Unknown arg: " + aparser.nextValue());
-          }
+        }
+        createOutputFiles(aparser, af, format);
+        while (aparser.getSize() > 0)
+        {
+          System.out.println("Unknown arg: " + aparser.nextValue());
         }
       }
     }
@@ -1037,18 +1040,35 @@ public class Jalview implements ApplicationSingletonI, JalviewJSApi
     return haveImport;
   }
 
-  private void checkOutputFile(ArgsParser aparser, AlignFrame af,
+  /**
+   * Writes an output file for each format (if any) specified in the
+   * command-line arguments. Supported formats are currently
+   * <ul>
+   * <li>png</li>
+   * <li>svg</li>
+   * <li>html</li>
+   * <li>biojsmsa</li>
+   * <li>imgMap</li>
+   * <li>eps</li>
+   * </ul>
+   * A format parameter should be followed by a parameter specifying the output
+   * file name. {@code imgMap} parameters should follow those for the
+   * corresponding alignment image output.
+   * 
+   * @param aparser
+   * @param af
+   * @param format
+   */
+  private void createOutputFiles(ArgsParser aparser, AlignFrame af,
           FileFormatI format)
   {
     String imageName = "unnamed.png";
     while (aparser.getSize() > 1)
     {
-      // PNG filename
-      // SVG filename
-      // HTML filename
-      // biojsmsa filename
       String outputFormat = aparser.nextValue();
       String file = aparser.nextValue();
+      // System.out.println("format " + outputFormat);
+
       if (outputFormat.equalsIgnoreCase("png"))
       {
         af.createPNG(new File(file));
@@ -1638,6 +1658,10 @@ public class Jalview implements ApplicationSingletonI, JalviewJSApi
   @Override
   public String getSelectedSequencesFrom(AlignFrameI alf)
   {
+    if (alf == null)
+    {
+      alf = getCurrentAlignFrame();
+    }
     return getSelectedSequencesFrom(alf, null);
   }
 
@@ -1649,6 +1673,10 @@ public class Jalview implements ApplicationSingletonI, JalviewJSApi
   @Override
   public String getSelectedSequencesFrom(AlignFrameI alf, String sep)
   {
+    if (alf == null)
+    {
+      alf = getCurrentAlignFrame();
+    }
     return appLoader.getSelectedSequencesFrom(alf, sep);
   }
 
@@ -1661,7 +1689,7 @@ public class Jalview implements ApplicationSingletonI, JalviewJSApi
   public void highlight(String sequenceId, String position,
           String alignedPosition)
   {
-    highlightIn(getCurrentAlignFrame(), sequenceId, position,
+    highlightIn(null, sequenceId, position,
             alignedPosition);
   }
 
@@ -1669,6 +1697,10 @@ public class Jalview implements ApplicationSingletonI, JalviewJSApi
   public void highlightIn(AlignFrameI alf, String sequenceId,
           String position, String alignedPosition)
   {
+    if (alf == null)
+    {
+      alf = getCurrentAlignFrame();
+    }
     appLoader.highlightIn(alf, sequenceId, position, alignedPosition);
   }
 
@@ -1681,7 +1713,7 @@ public class Jalview implements ApplicationSingletonI, JalviewJSApi
   @Override
   public void select(String sequenceIds, String columns, String sep)
   {
-    selectIn(getCurrentAlignFrame(), sequenceIds, columns, sep);
+    selectIn(null, sequenceIds, columns, sep);
   }
 
   @Override
@@ -1694,6 +1726,10 @@ public class Jalview implements ApplicationSingletonI, JalviewJSApi
   public void selectIn(AlignFrameI alf, String sequenceIds, String columns,
           String sep)
   {
+    if (alf == null)
+    {
+      alf = getCurrentAlignFrame();
+    }
     appLoader.selectIn(alf, sequenceIds, columns, sep);
   }
 
@@ -1701,7 +1737,7 @@ public class Jalview implements ApplicationSingletonI, JalviewJSApi
   public String getSelectedSequencesAsAlignment(String format,
           String suffix)
   {
-    return getSelectedSequencesAsAlignmentFrom(getCurrentAlignFrame(),
+    return getSelectedSequencesAsAlignmentFrom(null,
             format, suffix);
   }
 
@@ -1709,6 +1745,10 @@ public class Jalview implements ApplicationSingletonI, JalviewJSApi
   public String getSelectedSequencesAsAlignmentFrom(AlignFrameI alf,
           String format, String sep)
   {
+    if (alf == null)
+    {
+      alf = getCurrentAlignFrame();
+    }
     return appLoader.getSelectedSequencesAsAlignmentFrom(alf, format, sep);
   }
 
@@ -1727,6 +1767,10 @@ public class Jalview implements ApplicationSingletonI, JalviewJSApi
   @Override
   public String getAlignmentOrderFrom(AlignFrameI alf, String sep)
   {
+    if (alf == null)
+    {
+      alf = getCurrentAlignFrame();
+    }
     return appLoader.getAlignmentOrderFrom(alf, sep);
   }
 
@@ -1746,6 +1790,10 @@ public class Jalview implements ApplicationSingletonI, JalviewJSApi
   public String orderAlignmentBy(AlignFrameI alf, String order,
           String undoName, String sep)
   {
+    if (alf == null)
+    {
+      alf = getCurrentAlignFrame();
+    }
     return appLoader.orderAlignmentBy(alf, order, undoName, sep);
   }
 
@@ -1783,6 +1831,10 @@ public class Jalview implements ApplicationSingletonI, JalviewJSApi
   @Override
   public void loadAnnotationFrom(AlignFrameI alf, String annotation)
   {
+    if (alf == null)
+    {
+      alf = getCurrentAlignFrame();
+    }
     appLoader.loadAnnotationFrom(alf, annotation);
   }
 
@@ -1796,43 +1848,55 @@ public class Jalview implements ApplicationSingletonI, JalviewJSApi
   public boolean loadFeaturesFrom(AlignFrameI alf, String features,
           boolean autoenabledisplay)
   {
+    if (alf == null)
+    {
+      alf = getCurrentAlignFrame();
+    }
     return appLoader.loadFeaturesFrom(alf, features, autoenabledisplay);
   }
 
   @Override
   public String getFeatures(String format)
   {
-    return getFeaturesFrom(getCurrentAlignFrame(), format);
+    return getFeaturesFrom(null, format);
   }
 
   @Override
   public String getFeaturesFrom(AlignFrameI alf, String format)
   {
+    if (alf == null)
+    {
+      alf = getCurrentAlignFrame();
+    }
     return appLoader.getFeaturesFrom(alf, format);
   }
 
   @Override
   public String getAnnotation()
   {
-    return getAnnotationFrom(getCurrentAlignFrame());
+    return getAnnotationFrom(null);
   }
 
   @Override
   public String getAnnotationFrom(AlignFrameI alf)
   {
+    if (alf == null)
+    {
+      alf = getCurrentAlignFrame();
+    }
     return appLoader.getAnnotationFrom(alf);
   }
 
   @Override
   public AlignFrameI newView()
   {
-    return newViewFrom(getCurrentAlignFrame(), null);
+    return newViewFrom(null, null);
   }
 
   @Override
   public AlignFrameI newView(String name)
   {
-    return newViewFrom(getCurrentAlignFrame(), name);
+    return newViewFrom(null, name);
   }
 
   @Override
@@ -1844,6 +1908,10 @@ public class Jalview implements ApplicationSingletonI, JalviewJSApi
   @Override
   public AlignFrameI newViewFrom(AlignFrameI alf, String name)
   {
+    if (alf == null)
+    {
+      alf = getCurrentAlignFrame();
+    }
     return appLoader.newViewFrom(alf, name);
   }
 
@@ -1858,6 +1926,10 @@ public class Jalview implements ApplicationSingletonI, JalviewJSApi
   public boolean addPdbFile(AlignFrameI alFrame, String sequenceId,
           String pdbEntryString, String pdbFile)
   {
+    if (alFrame == null)
+    {
+      alFrame = getCurrentAlignFrame();
+    }
     return appLoader.addPdbFile(alFrame, sequenceId, pdbEntryString,
             pdbFile);
   }
@@ -1866,56 +1938,80 @@ public class Jalview implements ApplicationSingletonI, JalviewJSApi
   public void scrollViewToIn(AlignFrameI alf, String topRow,
           String leftHandColumn)
   {
+    if (alf == null)
+    {
+      alf = getCurrentAlignFrame();
+    }
     appLoader.scrollViewToIn(alf, topRow, leftHandColumn);
   }
 
   @Override
   public void scrollViewToRowIn(AlignFrameI alf, String topRow)
   {
+    if (alf == null)
+    {
+      alf = getCurrentAlignFrame();
+    }
     appLoader.scrollViewToRowIn(alf, topRow);
   }
 
   @Override
   public void scrollViewToColumnIn(AlignFrameI alf, String leftHandColumn)
   {
+    if (alf == null)
+    {
+      alf = getCurrentAlignFrame();
+    }
     appLoader.scrollViewToColumnIn(alf, leftHandColumn);
   }
 
   @Override
   public String getFeatureGroups()
   {
-    return getFeatureGroupsOn(getCurrentAlignFrame());
+    return getFeatureGroupsOn(null);
   }
 
   @Override
   public String getFeatureGroupsOn(AlignFrameI alf)
   {
+    if (alf == null)
+    {
+      alf = getCurrentAlignFrame();
+    }
     return appLoader.getFeatureGroupsOn(alf);
   }
 
   @Override
   public String getFeatureGroupsOfState(boolean visible)
   {
-    return getFeatureGroupsOfStateOn(getCurrentAlignFrame(), visible);
+    return getFeatureGroupsOfStateOn(null, visible);
   }
 
   @Override
   public String getFeatureGroupsOfStateOn(AlignFrameI alf, boolean visible)
   {
+    if (alf == null)
+    {
+      alf = getCurrentAlignFrame();
+    }
     return appLoader.getFeatureGroupsOfStateOn(alf, visible);
   }
 
   @Override
-  public void setFeatureGroupStateOn(AlignFrameI alf, String groups,
-          boolean state)
-  {
-    setFeatureGroupStateOn(alf, groups, state);
+  public void setFeatureGroupState(String groups, boolean state)
+  { // JalviewLite API
+    setFeatureGroupStateOn(null, groups, state);
   }
 
   @Override
-  public void setFeatureGroupState(String groups, boolean state)
+  public void setFeatureGroupStateOn(AlignFrameI alf, String groups,
+          boolean state)
   {
-    appLoader.setFeatureGroupStateOn(getCurrentAlignFrame(), groups, state);
+    if (alf == null)
+    {
+      alf = getCurrentAlignFrame();
+    }
+    appLoader.setFeatureGroupStateOn(alf, groups, state);
   }
 
   @Override
@@ -1950,7 +2046,11 @@ public class Jalview implements ApplicationSingletonI, JalviewJSApi
   @Override
   public Object openTreePanel(AlignFrame af, String treeType,
           String modelName)
-  {
+  { // JalviewJS api
+    if (af == null)
+    {
+      af = getCurrentAlignFrame();
+    }
     return CalculationChooser.openTreePanel(af, treeType, modelName, null);
   }
 
@@ -1966,6 +2066,10 @@ public class Jalview implements ApplicationSingletonI, JalviewJSApi
   @Override
   public Object openPcaPanel(AlignFrame af, String modelName)
   {
+    if (af == null)
+    {
+      af = getCurrentAlignFrame();
+    }
     return CalculationChooser.openPcaPanel(af, modelName, null);
   }
 
@@ -1973,7 +2077,7 @@ public class Jalview implements ApplicationSingletonI, JalviewJSApi
   public String getSelectedSequencesAsAlignment(String format,
           boolean suffix)
   {
-    return getSelectedSequencesAsAlignmentFrom(getCurrentAlignFrame(),
+    return getSelectedSequencesAsAlignmentFrom(null,
             format, suffix);
   }
 
@@ -1981,6 +2085,10 @@ public class Jalview implements ApplicationSingletonI, JalviewJSApi
   public String getSelectedSequencesAsAlignmentFrom(AlignFrameI alf,
           String format, boolean suffix)
   {
+    if (alf == null)
+    {
+      alf = getCurrentAlignFrame();
+    }
     return appLoader.getSelectedSequencesAsAlignmentFrom(alf, format,
             "" + suffix);
   }