Saves trees
[jalview.git] / src / jalview / binding / AnnotationElement.java
index 3c6eba4..e4aec31 100755 (executable)
@@ -1,53 +1,36 @@
 /*\r
- * This class was automatically generated with\r
+ * This class was automatically generated with \r
  * <a href="http://www.castor.org">Castor 0.9.6</a>, using an XML\r
  * Schema.\r
  * $Id$\r
  */\r
-/*\r
-* Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
-* Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
-*\r
-* This program is free software; you can redistribute it and/or\r
-* modify it under the terms of the GNU General Public License\r
-* as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
-* of the License, or (at your option) any later version.\r
-*\r
-* This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
-* but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
-* MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
-* GNU General Public License for more details.\r
-*\r
-* You should have received a copy of the GNU General Public License\r
-* along with this program; if not, write to the Free Software\r
-* Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
-*/\r
-package jalview.binding;\r
-\r
-import org.exolab.castor.xml.MarshalException;\r
-import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
-import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;\r
-import org.exolab.castor.xml.ValidationException;\r
 \r
-import org.xml.sax.ContentHandler;\r
+package jalview.binding;\r
 \r
+  //---------------------------------/\r
+ //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
-//- Imported classes and packages -/\r
-//---------------------------------/\r
+\r
 import java.io.IOException;\r
 import java.io.Reader;\r
 import java.io.Serializable;\r
 import java.io.Writer;\r
-\r
+import org.exolab.castor.xml.MarshalException;\r
+import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
+import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;\r
+import org.exolab.castor.xml.ValidationException;\r
+import org.xml.sax.ContentHandler;\r
 \r
 /**\r
  * Class AnnotationElement.\r
- *\r
+ * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
 public class AnnotationElement implements java.io.Serializable {\r
-    //--------------------------/\r
-    //- Class/Member Variables -/\r
+\r
+\r
+      //--------------------------/\r
+     //- Class/Member Variables -/\r
     //--------------------------/\r
 \r
     /**\r
@@ -85,230 +68,239 @@ public class AnnotationElement implements java.io.Serializable {
      */\r
     private boolean _has_value;\r
 \r
+\r
+      //----------------/\r
+     //- Constructors -/\r
     //----------------/\r
-    //- Constructors -/\r
-    //----------------/\r
+\r
     public AnnotationElement() {\r
         super();\r
-    }\r
-     //-- jalview.binding.AnnotationElement()\r
- //-----------/\r
+    } //-- jalview.binding.AnnotationElement()\r
 \r
-    public void deletePosition() {\r
-        this._has_position = false;\r
-    }\r
-     //-- void deletePosition()\r
+\r
+      //-----------/\r
+     //- Methods -/\r
+    //-----------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Method deletePosition\r
+     * \r
+     */\r
+    public void deletePosition()\r
+    {\r
+        this._has_position= false;\r
+    } //-- void deletePosition() \r
 \r
     /**\r
      * Method deleteValue\r
-     *\r
+     * \r
      */\r
-    public void deleteValue() {\r
-        this._has_value = false;\r
-    }\r
-     //-- void deleteValue()\r
+    public void deleteValue()\r
+    {\r
+        this._has_value= false;\r
+    } //-- void deleteValue() \r
 \r
     /**\r
      * Returns the value of field 'description'.\r
-     *\r
+     * \r
      * @return String\r
      * @return the value of field 'description'.\r
      */\r
-    public java.lang.String getDescription() {\r
+    public java.lang.String getDescription()\r
+    {\r
         return this._description;\r
-    }\r
-     //-- java.lang.String getDescription()\r
+    } //-- java.lang.String getDescription() \r
 \r
     /**\r
      * Returns the value of field 'displayCharacter'.\r
-     *\r
+     * \r
      * @return String\r
      * @return the value of field 'displayCharacter'.\r
      */\r
-    public java.lang.String getDisplayCharacter() {\r
+    public java.lang.String getDisplayCharacter()\r
+    {\r
         return this._displayCharacter;\r
-    }\r
-     //-- java.lang.String getDisplayCharacter()\r
+    } //-- java.lang.String getDisplayCharacter() \r
 \r
     /**\r
      * Returns the value of field 'position'.\r
-     *\r
+     * \r
      * @return int\r
      * @return the value of field 'position'.\r
      */\r
-    public int getPosition() {\r
+    public int getPosition()\r
+    {\r
         return this._position;\r
-    }\r
-     //-- int getPosition()\r
+    } //-- int getPosition() \r
 \r
     /**\r
      * Returns the value of field 'secondaryStructure'.\r
-     *\r
+     * \r
      * @return String\r
      * @return the value of field 'secondaryStructure'.\r
      */\r
-    public java.lang.String getSecondaryStructure() {\r
+    public java.lang.String getSecondaryStructure()\r
+    {\r
         return this._secondaryStructure;\r
-    }\r
-     //-- java.lang.String getSecondaryStructure()\r
+    } //-- java.lang.String getSecondaryStructure() \r
 \r
     /**\r
      * Returns the value of field 'value'.\r
-     *\r
+     * \r
      * @return float\r
      * @return the value of field 'value'.\r
      */\r
-    public float getValue() {\r
+    public float getValue()\r
+    {\r
         return this._value;\r
-    }\r
-     //-- float getValue()\r
+    } //-- float getValue() \r
 \r
     /**\r
      * Method hasPosition\r
-     *\r
-     *\r
-     *\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
      * @return boolean\r
      */\r
-    public boolean hasPosition() {\r
+    public boolean hasPosition()\r
+    {\r
         return this._has_position;\r
-    }\r
-     //-- boolean hasPosition()\r
+    } //-- boolean hasPosition() \r
 \r
     /**\r
      * Method hasValue\r
-     *\r
-     *\r
-     *\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
      * @return boolean\r
      */\r
-    public boolean hasValue() {\r
+    public boolean hasValue()\r
+    {\r
         return this._has_value;\r
-    }\r
-     //-- boolean hasValue()\r
+    } //-- boolean hasValue() \r
 \r
     /**\r
      * Method isValid\r
-     *\r
-     *\r
-     *\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
      * @return boolean\r
      */\r
-    public boolean isValid() {\r
+    public boolean isValid()\r
+    {\r
         try {\r
             validate();\r
-        } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
+        }\r
+        catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
             return false;\r
         }\r
-\r
         return true;\r
-    }\r
-     //-- boolean isValid()\r
+    } //-- boolean isValid() \r
 \r
     /**\r
      * Method marshal\r
-     *\r
-     *\r
-     *\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
      * @param out\r
      */\r
     public void marshal(java.io.Writer out)\r
-        throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, \r
-            org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
+    {\r
+        \r
         Marshaller.marshal(this, out);\r
-    }\r
-     //-- void marshal(java.io.Writer)\r
+    } //-- void marshal(java.io.Writer) \r
 \r
     /**\r
      * Method marshal\r
-     *\r
-     *\r
-     *\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
      * @param handler\r
      */\r
     public void marshal(org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
-        throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, \r
-            org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
+    {\r
+        \r
         Marshaller.marshal(this, handler);\r
-    }\r
-     //-- void marshal(org.xml.sax.ContentHandler)\r
+    } //-- void marshal(org.xml.sax.ContentHandler) \r
 \r
     /**\r
      * Sets the value of field 'description'.\r
-     *\r
+     * \r
      * @param description the value of field 'description'.\r
      */\r
-    public void setDescription(java.lang.String description) {\r
+    public void setDescription(java.lang.String description)\r
+    {\r
         this._description = description;\r
-    }\r
-     //-- void setDescription(java.lang.String)\r
+    } //-- void setDescription(java.lang.String) \r
 \r
     /**\r
      * Sets the value of field 'displayCharacter'.\r
-     *\r
+     * \r
      * @param displayCharacter the value of field 'displayCharacter'\r
      */\r
-    public void setDisplayCharacter(java.lang.String displayCharacter) {\r
+    public void setDisplayCharacter(java.lang.String displayCharacter)\r
+    {\r
         this._displayCharacter = displayCharacter;\r
-    }\r
-     //-- void setDisplayCharacter(java.lang.String)\r
+    } //-- void setDisplayCharacter(java.lang.String) \r
 \r
     /**\r
      * Sets the value of field 'position'.\r
-     *\r
+     * \r
      * @param position the value of field 'position'.\r
      */\r
-    public void setPosition(int position) {\r
+    public void setPosition(int position)\r
+    {\r
         this._position = position;\r
         this._has_position = true;\r
-    }\r
-     //-- void setPosition(int)\r
+    } //-- void setPosition(int) \r
 \r
     /**\r
      * Sets the value of field 'secondaryStructure'.\r
-     *\r
+     * \r
      * @param secondaryStructure the value of field\r
      * 'secondaryStructure'.\r
      */\r
-    public void setSecondaryStructure(java.lang.String secondaryStructure) {\r
+    public void setSecondaryStructure(java.lang.String secondaryStructure)\r
+    {\r
         this._secondaryStructure = secondaryStructure;\r
-    }\r
-     //-- void setSecondaryStructure(java.lang.String)\r
+    } //-- void setSecondaryStructure(java.lang.String) \r
 \r
     /**\r
      * Sets the value of field 'value'.\r
-     *\r
+     * \r
      * @param value the value of field 'value'.\r
      */\r
-    public void setValue(float value) {\r
+    public void setValue(float value)\r
+    {\r
         this._value = value;\r
         this._has_value = true;\r
-    }\r
-     //-- void setValue(float)\r
+    } //-- void setValue(float) \r
 \r
     /**\r
      * Method unmarshal\r
-     *\r
-     *\r
-     *\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
      * @param reader\r
      * @return Object\r
      */\r
     public static java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader reader)\r
-        throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, \r
-            org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
-        return (jalview.binding.AnnotationElement) Unmarshaller.unmarshal(jalview.binding.AnnotationElement.class,\r
-            reader);\r
-    }\r
-     //-- java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader)\r
+        throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
+    {\r
+        return (jalview.binding.AnnotationElement) Unmarshaller.unmarshal(jalview.binding.AnnotationElement.class, reader);\r
+    } //-- java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader) \r
 \r
     /**\r
      * Method validate\r
-     *\r
+     * \r
      */\r
-    public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+    public void validate()\r
+        throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
+    {\r
         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
         validator.validate(this);\r
-    }\r
-     //-- void validate()\r
+    } //-- void validate() \r
+\r
 }\r