Merge branch 'hotfix/JAL-1521' into Release_2_8_2_Branch
[jalview.git] / src / jalview / binding / FeatureSettings.java
old mode 100755 (executable)
new mode 100644 (file)
index b6c3640..5cf43eb
@@ -1,26 +1,30 @@
 /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)
- * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
+ * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
  * 
- * This program is free software; you can redistribute it and/or
- * modify it under the terms of the GNU General Public License
- * as published by the Free Software Foundation; either version 2
- * of the License, or (at your option) any later version.
+ * This file is part of Jalview.
  * 
- * This program is distributed in the hope that it will be useful,
- * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
- * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
- * GNU General Public License for more details.
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  * 
  * You should have received a copy of the GNU General Public License
- * along with this program; if not, write to the Free Software
- * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  */
 package jalview.binding;
 
-// ---------------------------------/
-// - Imported classes and packages -/
-// ---------------------------------/
+//---------------------------------/
+//- Imported classes and packages -/
+//---------------------------------/
+
+import jalview.util.MessageManager;
 
 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
@@ -61,7 +65,7 @@ public class FeatureSettings implements java.io.Serializable
    * 
    * @param vSetting
    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *                 if the index given is outside the bounds of the collection
+   *           if the index given is outside the bounds of the collection
    */
   public void addSetting(final jalview.binding.Setting vSetting)
           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
@@ -75,7 +79,7 @@ public class FeatureSettings implements java.io.Serializable
    * @param index
    * @param vSetting
    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *                 if the index given is outside the bounds of the collection
+   *           if the index given is outside the bounds of the collection
    */
   public void addSetting(final int index,
           final jalview.binding.Setting vSetting)
@@ -99,7 +103,7 @@ public class FeatureSettings implements java.io.Serializable
    * 
    * @param index
    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *                 if the index given is outside the bounds of the collection
+   *           if the index given is outside the bounds of the collection
    * @return the value of the jalview.binding.Setting at the given index
    */
   public jalview.binding.Setting getSetting(final int index)
@@ -108,9 +112,11 @@ public class FeatureSettings implements java.io.Serializable
     // check bounds for index
     if (index < 0 || index >= this._settingList.size())
     {
-      throw new IndexOutOfBoundsException("getSetting: Index value '"
-              + index + "' not in range [0.."
-              + (this._settingList.size() - 1) + "]");
+        throw new IndexOutOfBoundsException(MessageManager.formatMessage("exception.index_value_not_in_range", new String[]{
+                         "getSetting",
+                         Integer.valueOf(index).toString(),
+                         Integer.valueOf((this._settingList.size() - 1)).toString()
+          }));         
     }
 
     return (jalview.binding.Setting) _settingList.get(index);
@@ -163,11 +169,10 @@ public class FeatureSettings implements java.io.Serializable
    * 
    * @param out
    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *                 if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *                 marshaling
+   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
+   *           marshaling
    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *                 if this object is an invalid instance according to the
-   *                 schema
+   *           if this object is an invalid instance according to the schema
    */
   public void marshal(final java.io.Writer out)
           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
@@ -181,13 +186,12 @@ public class FeatureSettings implements java.io.Serializable
    * 
    * @param handler
    * @throws java.io.IOException
-   *                 if an IOException occurs during marshaling
+   *           if an IOException occurs during marshaling
    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *                 if this object is an invalid instance according to the
-   *                 schema
+   *           if this object is an invalid instance according to the schema
    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *                 if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *                 marshaling
+   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
+   *           marshaling
    */
   public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)
           throws java.io.IOException,
@@ -198,7 +202,7 @@ public class FeatureSettings implements java.io.Serializable
   }
 
   /**
-   */
+     */
   public void removeAllSetting()
   {
     this._settingList.clear();
@@ -234,7 +238,7 @@ public class FeatureSettings implements java.io.Serializable
    * @param index
    * @param vSetting
    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
-   *                 if the index given is outside the bounds of the collection
+   *           if the index given is outside the bounds of the collection
    */
   public void setSetting(final int index,
           final jalview.binding.Setting vSetting)
@@ -243,9 +247,11 @@ public class FeatureSettings implements java.io.Serializable
     // check bounds for index
     if (index < 0 || index >= this._settingList.size())
     {
-      throw new IndexOutOfBoundsException("setSetting: Index value '"
-              + index + "' not in range [0.."
-              + (this._settingList.size() - 1) + "]");
+        throw new IndexOutOfBoundsException(MessageManager.formatMessage("exception.index_value_not_in_range", new String[]{
+                 "setSetting",
+                 Integer.valueOf(index).toString(),
+                 Integer.valueOf((this._settingList.size() - 1)).toString()
+        }));           
     }
 
     this._settingList.set(index, vSetting);
@@ -272,11 +278,10 @@ public class FeatureSettings implements java.io.Serializable
    * 
    * @param reader
    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
-   *                 if object is null or if any SAXException is thrown during
-   *                 marshaling
+   *           if object is null or if any SAXException is thrown during
+   *           marshaling
    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *                 if this object is an invalid instance according to the
-   *                 schema
+   *           if this object is an invalid instance according to the schema
    * @return the unmarshaled jalview.binding.FeatureSettings
    */
   public static jalview.binding.FeatureSettings unmarshal(
@@ -292,8 +297,7 @@ public class FeatureSettings implements java.io.Serializable
    * 
    * 
    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
-   *                 if this object is an invalid instance according to the
-   *                 schema
+   *           if this object is an invalid instance according to the schema
    */
   public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
   {