Saves trees
[jalview.git] / src / jalview / binding / JSeq.java
index 9e02e60..751409f 100755 (executable)
@@ -1,29 +1,10 @@
 /*\r
- * This class was automatically generated with\r
+ * This class was automatically generated with \r
  * <a href="http://www.castor.org">Castor 0.9.6</a>, using an XML\r
  * Schema.\r
  * $Id$\r
  */\r
 \r
-/*\r
-* Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
-* Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
-*\r
-* This program is free software; you can redistribute it and/or\r
-* modify it under the terms of the GNU General Public License\r
-* as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
-* of the License, or (at your option) any later version.\r
-*\r
-* This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
-* but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
-* MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
-* GNU General Public License for more details.\r
-*\r
-* You should have received a copy of the GNU General Public License\r
-* along with this program; if not, write to the Free Software\r
-* Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
-*/\r
-\r
 package jalview.binding;\r
 \r
   //---------------------------------/\r
@@ -42,7 +23,7 @@ import org.xml.sax.ContentHandler;
 \r
 /**\r
  * Class JSeq.\r
- *\r
+ * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
 public class JSeq implements java.io.Serializable {\r
@@ -108,137 +89,137 @@ public class JSeq implements java.io.Serializable {
 \r
     /**\r
      * Method deleteColour\r
-     *\r
+     * \r
      */\r
     public void deleteColour()\r
     {\r
         this._has_colour= false;\r
-    } //-- void deleteColour()\r
+    } //-- void deleteColour() \r
 \r
     /**\r
      * Method deleteEnd\r
-     *\r
+     * \r
      */\r
     public void deleteEnd()\r
     {\r
         this._has_end= false;\r
-    } //-- void deleteEnd()\r
+    } //-- void deleteEnd() \r
 \r
     /**\r
      * Method deleteId\r
-     *\r
+     * \r
      */\r
     public void deleteId()\r
     {\r
         this._has_id= false;\r
-    } //-- void deleteId()\r
+    } //-- void deleteId() \r
 \r
     /**\r
      * Method deleteStart\r
-     *\r
+     * \r
      */\r
     public void deleteStart()\r
     {\r
         this._has_start= false;\r
-    } //-- void deleteStart()\r
+    } //-- void deleteStart() \r
 \r
     /**\r
      * Returns the value of field 'colour'.\r
-     *\r
+     * \r
      * @return int\r
      * @return the value of field 'colour'.\r
      */\r
     public int getColour()\r
     {\r
         return this._colour;\r
-    } //-- int getColour()\r
+    } //-- int getColour() \r
 \r
     /**\r
      * Returns the value of field 'end'.\r
-     *\r
+     * \r
      * @return int\r
      * @return the value of field 'end'.\r
      */\r
     public int getEnd()\r
     {\r
         return this._end;\r
-    } //-- int getEnd()\r
+    } //-- int getEnd() \r
 \r
     /**\r
      * Returns the value of field 'id'.\r
-     *\r
+     * \r
      * @return int\r
      * @return the value of field 'id'.\r
      */\r
     public int getId()\r
     {\r
         return this._id;\r
-    } //-- int getId()\r
+    } //-- int getId() \r
 \r
     /**\r
      * Returns the value of field 'start'.\r
-     *\r
+     * \r
      * @return int\r
      * @return the value of field 'start'.\r
      */\r
     public int getStart()\r
     {\r
         return this._start;\r
-    } //-- int getStart()\r
+    } //-- int getStart() \r
 \r
     /**\r
      * Method hasColour\r
-     *\r
-     *\r
-     *\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
      * @return boolean\r
      */\r
     public boolean hasColour()\r
     {\r
         return this._has_colour;\r
-    } //-- boolean hasColour()\r
+    } //-- boolean hasColour() \r
 \r
     /**\r
      * Method hasEnd\r
-     *\r
-     *\r
-     *\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
      * @return boolean\r
      */\r
     public boolean hasEnd()\r
     {\r
         return this._has_end;\r
-    } //-- boolean hasEnd()\r
+    } //-- boolean hasEnd() \r
 \r
     /**\r
      * Method hasId\r
-     *\r
-     *\r
-     *\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
      * @return boolean\r
      */\r
     public boolean hasId()\r
     {\r
         return this._has_id;\r
-    } //-- boolean hasId()\r
+    } //-- boolean hasId() \r
 \r
     /**\r
      * Method hasStart\r
-     *\r
-     *\r
-     *\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
      * @return boolean\r
      */\r
     public boolean hasStart()\r
     {\r
         return this._has_start;\r
-    } //-- boolean hasStart()\r
+    } //-- boolean hasStart() \r
 \r
     /**\r
      * Method isValid\r
-     *\r
-     *\r
-     *\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
      * @return boolean\r
      */\r
     public boolean isValid()\r
@@ -250,85 +231,85 @@ public class JSeq implements java.io.Serializable {
             return false;\r
         }\r
         return true;\r
-    } //-- boolean isValid()\r
+    } //-- boolean isValid() \r
 \r
     /**\r
      * Method marshal\r
-     *\r
-     *\r
-     *\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
      * @param out\r
      */\r
     public void marshal(java.io.Writer out)\r
         throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
     {\r
-\r
+        \r
         Marshaller.marshal(this, out);\r
-    } //-- void marshal(java.io.Writer)\r
+    } //-- void marshal(java.io.Writer) \r
 \r
     /**\r
      * Method marshal\r
-     *\r
-     *\r
-     *\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
      * @param handler\r
      */\r
     public void marshal(org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
         throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
     {\r
-\r
+        \r
         Marshaller.marshal(this, handler);\r
-    } //-- void marshal(org.xml.sax.ContentHandler)\r
+    } //-- void marshal(org.xml.sax.ContentHandler) \r
 \r
     /**\r
      * Sets the value of field 'colour'.\r
-     *\r
+     * \r
      * @param colour the value of field 'colour'.\r
      */\r
     public void setColour(int colour)\r
     {\r
         this._colour = colour;\r
         this._has_colour = true;\r
-    } //-- void setColour(int)\r
+    } //-- void setColour(int) \r
 \r
     /**\r
      * Sets the value of field 'end'.\r
-     *\r
+     * \r
      * @param end the value of field 'end'.\r
      */\r
     public void setEnd(int end)\r
     {\r
         this._end = end;\r
         this._has_end = true;\r
-    } //-- void setEnd(int)\r
+    } //-- void setEnd(int) \r
 \r
     /**\r
      * Sets the value of field 'id'.\r
-     *\r
+     * \r
      * @param id the value of field 'id'.\r
      */\r
     public void setId(int id)\r
     {\r
         this._id = id;\r
         this._has_id = true;\r
-    } //-- void setId(int)\r
+    } //-- void setId(int) \r
 \r
     /**\r
      * Sets the value of field 'start'.\r
-     *\r
+     * \r
      * @param start the value of field 'start'.\r
      */\r
     public void setStart(int start)\r
     {\r
         this._start = start;\r
         this._has_start = true;\r
-    } //-- void setStart(int)\r
+    } //-- void setStart(int) \r
 \r
     /**\r
      * Method unmarshal\r
-     *\r
-     *\r
-     *\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
      * @param reader\r
      * @return Object\r
      */\r
@@ -336,17 +317,17 @@ public class JSeq implements java.io.Serializable {
         throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
     {\r
         return (jalview.binding.JSeq) Unmarshaller.unmarshal(jalview.binding.JSeq.class, reader);\r
-    } //-- java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader)\r
+    } //-- java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader) \r
 \r
     /**\r
      * Method validate\r
-     *\r
+     * \r
      */\r
     public void validate()\r
         throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
     {\r
         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
         validator.validate(this);\r
-    } //-- void validate()\r
+    } //-- void validate() \r
 \r
 }\r