git://source.jalview.org / jalview.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
Dont change ap font from treePanel
[jalview.git] / src / jalview / binding / JSeq.java
diff --git a/src/jalview/binding/JSeq.java b/src/jalview/binding/JSeq.java
index 751409f..ee55945 100755 (executable)
--- a/src/jalview/binding/JSeq.java
+++ b/src/jalview/binding/JSeq.java
@@ -15,6 +15,8 @@ import java.io.IOException;
 import java.io.Reader;\r
 import java.io.Serializable;\r
 import java.io.Writer;\r
+import java.util.Enumeration;\r
+import java.util.Vector;\r
 import org.exolab.castor.xml.MarshalException;\r
 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;\r
@@ -73,6 +75,16 @@ public class JSeq implements java.io.Serializable {
      */\r
     private boolean _has_id;\r
 \r
+    /**\r
+     * Field _featuresList\r
+     */\r
+    private java.util.Vector _featuresList;\r
+\r
+    /**\r
+     * Field _pdbidsList\r
+     */\r
+    private java.util.Vector _pdbidsList;\r
+\r
 \r
       //----------------/\r
      //- Constructors -/\r
@@ -80,6 +92,8 @@ public class JSeq implements java.io.Serializable {
 \r
     public JSeq() {\r
         super();\r
+        _featuresList = new Vector();\r
+        _pdbidsList = new Vector();\r
     } //-- jalview.binding.JSeq()\r
 \r
 \r
@@ -88,6 +102,60 @@ public class JSeq implements java.io.Serializable {
     //-----------/\r
 \r
     /**\r
+     * Method addFeatures\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
+     * @param vFeatures\r
+     */\r
+    public void addFeatures(jalview.binding.Features vFeatures)\r
+        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
+    {\r
+        _featuresList.addElement(vFeatures);\r
+    } //-- void addFeatures(jalview.binding.Features) \r
+\r
+    /**\r
+     * Method addFeatures\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @param vFeatures\r
+     */\r
+    public void addFeatures(int index, jalview.binding.Features vFeatures)\r
+        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
+    {\r
+        _featuresList.insertElementAt(vFeatures, index);\r
+    } //-- void addFeatures(int, jalview.binding.Features) \r
+\r
+    /**\r
+     * Method addPdbids\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
+     * @param vPdbids\r
+     */\r
+    public void addPdbids(jalview.binding.Pdbids vPdbids)\r
+        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
+    {\r
+        _pdbidsList.addElement(vPdbids);\r
+    } //-- void addPdbids(jalview.binding.Pdbids) \r
+\r
+    /**\r
+     * Method addPdbids\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @param vPdbids\r
+     */\r
+    public void addPdbids(int index, jalview.binding.Pdbids vPdbids)\r
+        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
+    {\r
+        _pdbidsList.insertElementAt(vPdbids, index);\r
+    } //-- void addPdbids(int, jalview.binding.Pdbids) \r
+\r
+    /**\r
      * Method deleteColour\r
      * \r
      */\r
@@ -124,6 +192,30 @@ public class JSeq implements java.io.Serializable {
     } //-- void deleteStart() \r
 \r
     /**\r
+     * Method enumerateFeatures\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
+     * @return Enumeration\r
+     */\r
+    public java.util.Enumeration enumerateFeatures()\r
+    {\r
+        return _featuresList.elements();\r
+    } //-- java.util.Enumeration enumerateFeatures() \r
+\r
+    /**\r
+     * Method enumeratePdbids\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
+     * @return Enumeration\r
+     */\r
+    public java.util.Enumeration enumeratePdbids()\r
+    {\r
+        return _pdbidsList.elements();\r
+    } //-- java.util.Enumeration enumeratePdbids() \r
+\r
+    /**\r
      * Returns the value of field 'colour'.\r
      * \r
      * @return int\r
@@ -146,6 +238,54 @@ public class JSeq implements java.io.Serializable {
     } //-- int getEnd() \r
 \r
     /**\r
+     * Method getFeatures\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @return Features\r
+     */\r
+    public jalview.binding.Features getFeatures(int index)\r
+        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
+    {\r
+        //-- check bounds for index\r
+        if ((index < 0) || (index > _featuresList.size())) {\r
+            throw new IndexOutOfBoundsException();\r
+        }\r
+        \r
+        return (jalview.binding.Features) _featuresList.elementAt(index);\r
+    } //-- jalview.binding.Features getFeatures(int) \r
+\r
+    /**\r
+     * Method getFeatures\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
+     * @return Features\r
+     */\r
+    public jalview.binding.Features[] getFeatures()\r
+    {\r
+        int size = _featuresList.size();\r
+        jalview.binding.Features[] mArray = new jalview.binding.Features[size];\r
+        for (int index = 0; index < size; index++) {\r
+            mArray[index] = (jalview.binding.Features) _featuresList.elementAt(index);\r
+        }\r
+        return mArray;\r
+    } //-- jalview.binding.Features[] getFeatures() \r
+\r
+    /**\r
+     * Method getFeaturesCount\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
+     * @return int\r
+     */\r
+    public int getFeaturesCount()\r
+    {\r
+        return _featuresList.size();\r
+    } //-- int getFeaturesCount() \r
+\r
+    /**\r
      * Returns the value of field 'id'.\r
      * \r
      * @return int\r
@@ -157,6 +297,54 @@ public class JSeq implements java.io.Serializable {
     } //-- int getId() \r
 \r
     /**\r
+     * Method getPdbids\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @return Pdbids\r
+     */\r
+    public jalview.binding.Pdbids getPdbids(int index)\r
+        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
+    {\r
+        //-- check bounds for index\r
+        if ((index < 0) || (index > _pdbidsList.size())) {\r
+            throw new IndexOutOfBoundsException();\r
+        }\r
+        \r
+        return (jalview.binding.Pdbids) _pdbidsList.elementAt(index);\r
+    } //-- jalview.binding.Pdbids getPdbids(int) \r
+\r
+    /**\r
+     * Method getPdbids\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
+     * @return Pdbids\r
+     */\r
+    public jalview.binding.Pdbids[] getPdbids()\r
+    {\r
+        int size = _pdbidsList.size();\r
+        jalview.binding.Pdbids[] mArray = new jalview.binding.Pdbids[size];\r
+        for (int index = 0; index < size; index++) {\r
+            mArray[index] = (jalview.binding.Pdbids) _pdbidsList.elementAt(index);\r
+        }\r
+        return mArray;\r
+    } //-- jalview.binding.Pdbids[] getPdbids() \r
+\r
+    /**\r
+     * Method getPdbidsCount\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
+     * @return int\r
+     */\r
+    public int getPdbidsCount()\r
+    {\r
+        return _pdbidsList.size();\r
+    } //-- int getPdbidsCount() \r
+\r
+    /**\r
      * Returns the value of field 'start'.\r
      * \r
      * @return int\r
@@ -262,6 +450,54 @@ public class JSeq implements java.io.Serializable {
     } //-- void marshal(org.xml.sax.ContentHandler) \r
 \r
     /**\r
+     * Method removeAllFeatures\r
+     * \r
+     */\r
+    public void removeAllFeatures()\r
+    {\r
+        _featuresList.removeAllElements();\r
+    } //-- void removeAllFeatures() \r
+\r
+    /**\r
+     * Method removeAllPdbids\r
+     * \r
+     */\r
+    public void removeAllPdbids()\r
+    {\r
+        _pdbidsList.removeAllElements();\r
+    } //-- void removeAllPdbids() \r
+\r
+    /**\r
+     * Method removeFeatures\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @return Features\r
+     */\r
+    public jalview.binding.Features removeFeatures(int index)\r
+    {\r
+        java.lang.Object obj = _featuresList.elementAt(index);\r
+        _featuresList.removeElementAt(index);\r
+        return (jalview.binding.Features) obj;\r
+    } //-- jalview.binding.Features removeFeatures(int) \r
+\r
+    /**\r
+     * Method removePdbids\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @return Pdbids\r
+     */\r
+    public jalview.binding.Pdbids removePdbids(int index)\r
+    {\r
+        java.lang.Object obj = _pdbidsList.elementAt(index);\r
+        _pdbidsList.removeElementAt(index);\r
+        return (jalview.binding.Pdbids) obj;\r
+    } //-- jalview.binding.Pdbids removePdbids(int) \r
+\r
+    /**\r
      * Sets the value of field 'colour'.\r
      * \r
      * @param colour the value of field 'colour'.\r
@@ -284,6 +520,40 @@ public class JSeq implements java.io.Serializable {
     } //-- void setEnd(int) \r
 \r
     /**\r
+     * Method setFeatures\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @param vFeatures\r
+     */\r
+    public void setFeatures(int index, jalview.binding.Features vFeatures)\r
+        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
+    {\r
+        //-- check bounds for index\r
+        if ((index < 0) || (index > _featuresList.size())) {\r
+            throw new IndexOutOfBoundsException();\r
+        }\r
+        _featuresList.setElementAt(vFeatures, index);\r
+    } //-- void setFeatures(int, jalview.binding.Features) \r
+\r
+    /**\r
+     * Method setFeatures\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
+     * @param featuresArray\r
+     */\r
+    public void setFeatures(jalview.binding.Features[] featuresArray)\r
+    {\r
+        //-- copy array\r
+        _featuresList.removeAllElements();\r
+        for (int i = 0; i < featuresArray.length; i++) {\r
+            _featuresList.addElement(featuresArray[i]);\r
+        }\r
+    } //-- void setFeatures(jalview.binding.Features) \r
+\r
+    /**\r
      * Sets the value of field 'id'.\r
      * \r
      * @param id the value of field 'id'.\r
@@ -295,6 +565,40 @@ public class JSeq implements java.io.Serializable {
     } //-- void setId(int) \r
 \r
     /**\r
+     * Method setPdbids\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
+     * @param index\r
+     * @param vPdbids\r
+     */\r
+    public void setPdbids(int index, jalview.binding.Pdbids vPdbids)\r
+        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
+    {\r
+        //-- check bounds for index\r
+        if ((index < 0) || (index > _pdbidsList.size())) {\r
+            throw new IndexOutOfBoundsException();\r
+        }\r
+        _pdbidsList.setElementAt(vPdbids, index);\r
+    } //-- void setPdbids(int, jalview.binding.Pdbids) \r
+\r
+    /**\r
+     * Method setPdbids\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
+     * @param pdbidsArray\r
+     */\r
+    public void setPdbids(jalview.binding.Pdbids[] pdbidsArray)\r
+    {\r
+        //-- copy array\r
+        _pdbidsList.removeAllElements();\r
+        for (int i = 0; i < pdbidsArray.length; i++) {\r
+            _pdbidsList.addElement(pdbidsArray[i]);\r
+        }\r
+    } //-- void setPdbids(jalview.binding.Pdbids) \r
+\r
+    /**\r
      * Sets the value of field 'start'.\r
      * \r
      * @param start the value of field 'start'.\r