git://source.jalview.org / jalview.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
Saves trees
[jalview.git] / src / jalview / binding / JalviewModelSequence2.java
diff --git a/src/jalview/binding/JalviewModelSequence2.java b/src/jalview/binding/JalviewModelSequence2.java
index add536e..36e5579 100755 (executable)
--- a/src/jalview/binding/JalviewModelSequence2.java
+++ b/src/jalview/binding/JalviewModelSequence2.java
@@ -1,56 +1,38 @@
 /*\r
- * This class was automatically generated with\r
+ * This class was automatically generated with \r
  * <a href="http://www.castor.org">Castor 0.9.6</a>, using an XML\r
  * Schema.\r
  * $Id$\r
  */\r
-/*\r
-* Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
-* Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
-*\r
-* This program is free software; you can redistribute it and/or\r
-* modify it under the terms of the GNU General Public License\r
-* as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
-* of the License, or (at your option) any later version.\r
-*\r
-* This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
-* but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
-* MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
-* GNU General Public License for more details.\r
-*\r
-* You should have received a copy of the GNU General Public License\r
-* along with this program; if not, write to the Free Software\r
-* Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
-*/\r
-package jalview.binding;\r
-\r
-import org.exolab.castor.xml.MarshalException;\r
-import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
-import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;\r
-import org.exolab.castor.xml.ValidationException;\r
 \r
-import org.xml.sax.ContentHandler;\r
+package jalview.binding;\r
 \r
+  //---------------------------------/\r
+ //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
-//- Imported classes and packages -/\r
-//---------------------------------/\r
+\r
 import java.io.IOException;\r
 import java.io.Reader;\r
 import java.io.Serializable;\r
 import java.io.Writer;\r
-\r
 import java.util.Enumeration;\r
 import java.util.Vector;\r
-\r
+import org.exolab.castor.xml.MarshalException;\r
+import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
+import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;\r
+import org.exolab.castor.xml.ValidationException;\r
+import org.xml.sax.ContentHandler;\r
 \r
 /**\r
  * Class JalviewModelSequence2.\r
- *\r
+ * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
 public class JalviewModelSequence2 implements java.io.Serializable {\r
-    //--------------------------/\r
-    //- Class/Member Variables -/\r
+\r
+\r
+      //--------------------------/\r
+     //- Class/Member Variables -/\r
     //--------------------------/\r
 \r
     /**\r
@@ -58,233 +40,235 @@ public class JalviewModelSequence2 implements java.io.Serializable {
      */\r
     private java.util.Vector _items;\r
 \r
+\r
+      //----------------/\r
+     //- Constructors -/\r
     //----------------/\r
-    //- Constructors -/\r
-    //----------------/\r
+\r
     public JalviewModelSequence2() {\r
         super();\r
         _items = new Vector();\r
-    }\r
-     //-- jalview.binding.JalviewModelSequence2()\r
- //-----------/\r
+    } //-- jalview.binding.JalviewModelSequence2()\r
+\r
 \r
-    public void addJalviewModelSequence2Item(\r
-        jalview.binding.JalviewModelSequence2Item vJalviewModelSequence2Item)\r
-        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+      //-----------/\r
+     //- Methods -/\r
+    //-----------/\r
+\r
+    /**\r
+     * Method addJalviewModelSequence2Item\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
+     * @param vJalviewModelSequence2Item\r
+     */\r
+    public void addJalviewModelSequence2Item(jalview.binding.JalviewModelSequence2Item vJalviewModelSequence2Item)\r
+        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
+    {\r
         _items.addElement(vJalviewModelSequence2Item);\r
-    }\r
-     //-- void addJalviewModelSequence2Item(jalview.binding.JalviewModelSequence2Item)\r
+    } //-- void addJalviewModelSequence2Item(jalview.binding.JalviewModelSequence2Item) \r
 \r
     /**\r
      * Method addJalviewModelSequence2Item\r
-     *\r
-     *\r
-     *\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
      * @param index\r
      * @param vJalviewModelSequence2Item\r
      */\r
-    public void addJalviewModelSequence2Item(int index,\r
-        jalview.binding.JalviewModelSequence2Item vJalviewModelSequence2Item)\r
-        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+    public void addJalviewModelSequence2Item(int index, jalview.binding.JalviewModelSequence2Item vJalviewModelSequence2Item)\r
+        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
+    {\r
         _items.insertElementAt(vJalviewModelSequence2Item, index);\r
-    }\r
-     //-- void addJalviewModelSequence2Item(int, jalview.binding.JalviewModelSequence2Item)\r
+    } //-- void addJalviewModelSequence2Item(int, jalview.binding.JalviewModelSequence2Item) \r
 \r
     /**\r
      * Method enumerateJalviewModelSequence2Item\r
-     *\r
-     *\r
-     *\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
      * @return Enumeration\r
      */\r
-    public java.util.Enumeration enumerateJalviewModelSequence2Item() {\r
+    public java.util.Enumeration enumerateJalviewModelSequence2Item()\r
+    {\r
         return _items.elements();\r
-    }\r
-     //-- java.util.Enumeration enumerateJalviewModelSequence2Item()\r
+    } //-- java.util.Enumeration enumerateJalviewModelSequence2Item() \r
 \r
     /**\r
      * Method getJalviewModelSequence2Item\r
-     *\r
-     *\r
-     *\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
      * @param index\r
      * @return JalviewModelSequence2Item\r
      */\r
-    public jalview.binding.JalviewModelSequence2Item getJalviewModelSequence2Item(\r
-        int index) throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+    public jalview.binding.JalviewModelSequence2Item getJalviewModelSequence2Item(int index)\r
+        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
+    {\r
         //-- check bounds for index\r
         if ((index < 0) || (index > _items.size())) {\r
             throw new IndexOutOfBoundsException();\r
         }\r
-\r
+        \r
         return (jalview.binding.JalviewModelSequence2Item) _items.elementAt(index);\r
-    }\r
-     //-- jalview.binding.JalviewModelSequence2Item getJalviewModelSequence2Item(int)\r
+    } //-- jalview.binding.JalviewModelSequence2Item getJalviewModelSequence2Item(int) \r
 \r
     /**\r
      * Method getJalviewModelSequence2Item\r
-     *\r
-     *\r
-     *\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
      * @return JalviewModelSequence2Item\r
      */\r
-    public jalview.binding.JalviewModelSequence2Item[] getJalviewModelSequence2Item() {\r
+    public jalview.binding.JalviewModelSequence2Item[] getJalviewModelSequence2Item()\r
+    {\r
         int size = _items.size();\r
         jalview.binding.JalviewModelSequence2Item[] mArray = new jalview.binding.JalviewModelSequence2Item[size];\r
-\r
         for (int index = 0; index < size; index++) {\r
             mArray[index] = (jalview.binding.JalviewModelSequence2Item) _items.elementAt(index);\r
         }\r
-\r
         return mArray;\r
-    }\r
-     //-- jalview.binding.JalviewModelSequence2Item[] getJalviewModelSequence2Item()\r
+    } //-- jalview.binding.JalviewModelSequence2Item[] getJalviewModelSequence2Item() \r
 \r
     /**\r
      * Method getJalviewModelSequence2ItemCount\r
-     *\r
-     *\r
-     *\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
      * @return int\r
      */\r
-    public int getJalviewModelSequence2ItemCount() {\r
+    public int getJalviewModelSequence2ItemCount()\r
+    {\r
         return _items.size();\r
-    }\r
-     //-- int getJalviewModelSequence2ItemCount()\r
+    } //-- int getJalviewModelSequence2ItemCount() \r
 \r
     /**\r
      * Method isValid\r
-     *\r
-     *\r
-     *\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
      * @return boolean\r
      */\r
-    public boolean isValid() {\r
+    public boolean isValid()\r
+    {\r
         try {\r
             validate();\r
-        } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
+        }\r
+        catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
             return false;\r
         }\r
-\r
         return true;\r
-    }\r
-     //-- boolean isValid()\r
+    } //-- boolean isValid() \r
 \r
     /**\r
      * Method marshal\r
-     *\r
-     *\r
-     *\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
      * @param out\r
      */\r
     public void marshal(java.io.Writer out)\r
-        throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, \r
-            org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
+    {\r
+        \r
         Marshaller.marshal(this, out);\r
-    }\r
-     //-- void marshal(java.io.Writer)\r
+    } //-- void marshal(java.io.Writer) \r
 \r
     /**\r
      * Method marshal\r
-     *\r
-     *\r
-     *\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
      * @param handler\r
      */\r
     public void marshal(org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
-        throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, \r
-            org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+        throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
+    {\r
+        \r
         Marshaller.marshal(this, handler);\r
-    }\r
-     //-- void marshal(org.xml.sax.ContentHandler)\r
+    } //-- void marshal(org.xml.sax.ContentHandler) \r
 \r
     /**\r
      * Method removeAllJalviewModelSequence2Item\r
-     *\r
+     * \r
      */\r
-    public void removeAllJalviewModelSequence2Item() {\r
+    public void removeAllJalviewModelSequence2Item()\r
+    {\r
         _items.removeAllElements();\r
-    }\r
-     //-- void removeAllJalviewModelSequence2Item()\r
+    } //-- void removeAllJalviewModelSequence2Item() \r
 \r
     /**\r
      * Method removeJalviewModelSequence2Item\r
-     *\r
-     *\r
-     *\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
      * @param index\r
      * @return JalviewModelSequence2Item\r
      */\r
-    public jalview.binding.JalviewModelSequence2Item removeJalviewModelSequence2Item(\r
-        int index) {\r
+    public jalview.binding.JalviewModelSequence2Item removeJalviewModelSequence2Item(int index)\r
+    {\r
         java.lang.Object obj = _items.elementAt(index);\r
         _items.removeElementAt(index);\r
-\r
         return (jalview.binding.JalviewModelSequence2Item) obj;\r
-    }\r
-     //-- jalview.binding.JalviewModelSequence2Item removeJalviewModelSequence2Item(int)\r
+    } //-- jalview.binding.JalviewModelSequence2Item removeJalviewModelSequence2Item(int) \r
 \r
     /**\r
      * Method setJalviewModelSequence2Item\r
-     *\r
-     *\r
-     *\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
      * @param index\r
      * @param vJalviewModelSequence2Item\r
      */\r
-    public void setJalviewModelSequence2Item(int index,\r
-        jalview.binding.JalviewModelSequence2Item vJalviewModelSequence2Item)\r
-        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+    public void setJalviewModelSequence2Item(int index, jalview.binding.JalviewModelSequence2Item vJalviewModelSequence2Item)\r
+        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
+    {\r
         //-- check bounds for index\r
         if ((index < 0) || (index > _items.size())) {\r
             throw new IndexOutOfBoundsException();\r
         }\r
-\r
         _items.setElementAt(vJalviewModelSequence2Item, index);\r
-    }\r
-     //-- void setJalviewModelSequence2Item(int, jalview.binding.JalviewModelSequence2Item)\r
+    } //-- void setJalviewModelSequence2Item(int, jalview.binding.JalviewModelSequence2Item) \r
 \r
     /**\r
      * Method setJalviewModelSequence2Item\r
-     *\r
-     *\r
-     *\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
      * @param jalviewModelSequence2ItemArray\r
      */\r
-    public void setJalviewModelSequence2Item(\r
-        jalview.binding.JalviewModelSequence2Item[] jalviewModelSequence2ItemArray) {\r
+    public void setJalviewModelSequence2Item(jalview.binding.JalviewModelSequence2Item[] jalviewModelSequence2ItemArray)\r
+    {\r
         //-- copy array\r
         _items.removeAllElements();\r
-\r
         for (int i = 0; i < jalviewModelSequence2ItemArray.length; i++) {\r
             _items.addElement(jalviewModelSequence2ItemArray[i]);\r
         }\r
-    }\r
-     //-- void setJalviewModelSequence2Item(jalview.binding.JalviewModelSequence2Item)\r
+    } //-- void setJalviewModelSequence2Item(jalview.binding.JalviewModelSequence2Item) \r
 \r
     /**\r
      * Method unmarshal\r
-     *\r
-     *\r
-     *\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
      * @param reader\r
      * @return Object\r
      */\r
     public static java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader reader)\r
-        throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, \r
-            org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
-        return (jalview.binding.JalviewModelSequence2) Unmarshaller.unmarshal(jalview.binding.JalviewModelSequence2.class,\r
-            reader);\r
-    }\r
-     //-- java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader)\r
+        throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
+    {\r
+        return (jalview.binding.JalviewModelSequence2) Unmarshaller.unmarshal(jalview.binding.JalviewModelSequence2.class, reader);\r
+    } //-- java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader) \r
 \r
     /**\r
      * Method validate\r
-     *\r
+     * \r
      */\r
-    public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+    public void validate()\r
+        throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
+    {\r
         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
         validator.validate(this);\r
-    }\r
-     //-- void validate()\r
+    } //-- void validate() \r
+\r
 }\r