Saves trees
[jalview.git] / src / jalview / binding / JalviewModelSequence2Item.java
index 7998794..8678b09 100755 (executable)
@@ -1,49 +1,32 @@
 /*\r
- * This class was automatically generated with\r
+ * This class was automatically generated with \r
  * <a href="http://www.castor.org">Castor 0.9.6</a>, using an XML\r
  * Schema.\r
  * $Id$\r
  */\r
-/*\r
-* Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
-* Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
-*\r
-* This program is free software; you can redistribute it and/or\r
-* modify it under the terms of the GNU General Public License\r
-* as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
-* of the License, or (at your option) any later version.\r
-*\r
-* This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
-* but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
-* MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
-* GNU General Public License for more details.\r
-*\r
-* You should have received a copy of the GNU General Public License\r
-* along with this program; if not, write to the Free Software\r
-* Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
-*/\r
-package jalview.binding;\r
 \r
-import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
-import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;\r
+package jalview.binding;\r
 \r
+  //---------------------------------/\r
+ //- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
-//- Imported classes and packages -/\r
-//---------------------------------/\r
-import java.io.Serializable;\r
 \r
+import java.io.Serializable;\r
 import java.util.Enumeration;\r
 import java.util.Vector;\r
-\r
+import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
+import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;\r
 \r
 /**\r
  * Class JalviewModelSequence2Item.\r
- *\r
+ * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
 public class JalviewModelSequence2Item implements java.io.Serializable {\r
-    //--------------------------/\r
-    //- Class/Member Variables -/\r
+\r
+\r
+      //--------------------------/\r
+     //- Class/Member Variables -/\r
     //--------------------------/\r
 \r
     /**\r
@@ -51,160 +34,164 @@ public class JalviewModelSequence2Item implements java.io.Serializable {
      */\r
     private java.util.Vector _userColourSchemeList;\r
 \r
+\r
+      //----------------/\r
+     //- Constructors -/\r
     //----------------/\r
-    //- Constructors -/\r
-    //----------------/\r
+\r
     public JalviewModelSequence2Item() {\r
         super();\r
         _userColourSchemeList = new Vector();\r
-    }\r
-     //-- jalview.binding.JalviewModelSequence2Item()\r
- //-----------/\r
+    } //-- jalview.binding.JalviewModelSequence2Item()\r
+\r
+\r
+      //-----------/\r
+     //- Methods -/\r
+    //-----------/\r
 \r
-    public void addUserColourScheme(\r
-        jalview.binding.UserColourScheme vUserColourScheme)\r
-        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+    /**\r
+     * Method addUserColourScheme\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
+     * @param vUserColourScheme\r
+     */\r
+    public void addUserColourScheme(jalview.binding.UserColourScheme vUserColourScheme)\r
+        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
+    {\r
         _userColourSchemeList.addElement(vUserColourScheme);\r
-    }\r
-     //-- void addUserColourScheme(jalview.binding.UserColourScheme)\r
+    } //-- void addUserColourScheme(jalview.binding.UserColourScheme) \r
 \r
     /**\r
      * Method addUserColourScheme\r
-     *\r
-     *\r
-     *\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
      * @param index\r
      * @param vUserColourScheme\r
      */\r
-    public void addUserColourScheme(int index,\r
-        jalview.binding.UserColourScheme vUserColourScheme)\r
-        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+    public void addUserColourScheme(int index, jalview.binding.UserColourScheme vUserColourScheme)\r
+        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
+    {\r
         _userColourSchemeList.insertElementAt(vUserColourScheme, index);\r
-    }\r
-     //-- void addUserColourScheme(int, jalview.binding.UserColourScheme)\r
+    } //-- void addUserColourScheme(int, jalview.binding.UserColourScheme) \r
 \r
     /**\r
      * Method enumerateUserColourScheme\r
-     *\r
-     *\r
-     *\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
      * @return Enumeration\r
      */\r
-    public java.util.Enumeration enumerateUserColourScheme() {\r
+    public java.util.Enumeration enumerateUserColourScheme()\r
+    {\r
         return _userColourSchemeList.elements();\r
-    }\r
-     //-- java.util.Enumeration enumerateUserColourScheme()\r
+    } //-- java.util.Enumeration enumerateUserColourScheme() \r
 \r
     /**\r
      * Method getUserColourScheme\r
-     *\r
-     *\r
-     *\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
      * @param index\r
      * @return UserColourScheme\r
      */\r
     public jalview.binding.UserColourScheme getUserColourScheme(int index)\r
-        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
+    {\r
         //-- check bounds for index\r
         if ((index < 0) || (index > _userColourSchemeList.size())) {\r
             throw new IndexOutOfBoundsException();\r
         }\r
-\r
+        \r
         return (jalview.binding.UserColourScheme) _userColourSchemeList.elementAt(index);\r
-    }\r
-     //-- jalview.binding.UserColourScheme getUserColourScheme(int)\r
+    } //-- jalview.binding.UserColourScheme getUserColourScheme(int) \r
 \r
     /**\r
      * Method getUserColourScheme\r
-     *\r
-     *\r
-     *\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
      * @return UserColourScheme\r
      */\r
-    public jalview.binding.UserColourScheme[] getUserColourScheme() {\r
+    public jalview.binding.UserColourScheme[] getUserColourScheme()\r
+    {\r
         int size = _userColourSchemeList.size();\r
         jalview.binding.UserColourScheme[] mArray = new jalview.binding.UserColourScheme[size];\r
-\r
         for (int index = 0; index < size; index++) {\r
             mArray[index] = (jalview.binding.UserColourScheme) _userColourSchemeList.elementAt(index);\r
         }\r
-\r
         return mArray;\r
-    }\r
-     //-- jalview.binding.UserColourScheme[] getUserColourScheme()\r
+    } //-- jalview.binding.UserColourScheme[] getUserColourScheme() \r
 \r
     /**\r
      * Method getUserColourSchemeCount\r
-     *\r
-     *\r
-     *\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
      * @return int\r
      */\r
-    public int getUserColourSchemeCount() {\r
+    public int getUserColourSchemeCount()\r
+    {\r
         return _userColourSchemeList.size();\r
-    }\r
-     //-- int getUserColourSchemeCount()\r
+    } //-- int getUserColourSchemeCount() \r
 \r
     /**\r
      * Method removeAllUserColourScheme\r
-     *\r
+     * \r
      */\r
-    public void removeAllUserColourScheme() {\r
+    public void removeAllUserColourScheme()\r
+    {\r
         _userColourSchemeList.removeAllElements();\r
-    }\r
-     //-- void removeAllUserColourScheme()\r
+    } //-- void removeAllUserColourScheme() \r
 \r
     /**\r
      * Method removeUserColourScheme\r
-     *\r
-     *\r
-     *\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
      * @param index\r
      * @return UserColourScheme\r
      */\r
-    public jalview.binding.UserColourScheme removeUserColourScheme(int index) {\r
+    public jalview.binding.UserColourScheme removeUserColourScheme(int index)\r
+    {\r
         java.lang.Object obj = _userColourSchemeList.elementAt(index);\r
         _userColourSchemeList.removeElementAt(index);\r
-\r
         return (jalview.binding.UserColourScheme) obj;\r
-    }\r
-     //-- jalview.binding.UserColourScheme removeUserColourScheme(int)\r
+    } //-- jalview.binding.UserColourScheme removeUserColourScheme(int) \r
 \r
     /**\r
      * Method setUserColourScheme\r
-     *\r
-     *\r
-     *\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
      * @param index\r
      * @param vUserColourScheme\r
      */\r
-    public void setUserColourScheme(int index,\r
-        jalview.binding.UserColourScheme vUserColourScheme)\r
-        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
+    public void setUserColourScheme(int index, jalview.binding.UserColourScheme vUserColourScheme)\r
+        throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
+    {\r
         //-- check bounds for index\r
         if ((index < 0) || (index > _userColourSchemeList.size())) {\r
             throw new IndexOutOfBoundsException();\r
         }\r
-\r
         _userColourSchemeList.setElementAt(vUserColourScheme, index);\r
-    }\r
-     //-- void setUserColourScheme(int, jalview.binding.UserColourScheme)\r
+    } //-- void setUserColourScheme(int, jalview.binding.UserColourScheme) \r
 \r
     /**\r
      * Method setUserColourScheme\r
-     *\r
-     *\r
-     *\r
+     * \r
+     * \r
+     * \r
      * @param userColourSchemeArray\r
      */\r
-    public void setUserColourScheme(\r
-        jalview.binding.UserColourScheme[] userColourSchemeArray) {\r
+    public void setUserColourScheme(jalview.binding.UserColourScheme[] userColourSchemeArray)\r
+    {\r
         //-- copy array\r
         _userColourSchemeList.removeAllElements();\r
-\r
         for (int i = 0; i < userColourSchemeArray.length; i++) {\r
             _userColourSchemeList.addElement(userColourSchemeArray[i]);\r
         }\r
-    }\r
-     //-- void setUserColourScheme(jalview.binding.UserColourScheme)\r
+    } //-- void setUserColourScheme(jalview.binding.UserColourScheme) \r
+\r
 }\r