(JAL-969) refactored alignmentViewport base class to own package and pulled up most...

[jalview.git] / src / jalview / datamodel / AlignmentAnnotation.java
diff --git a/src/jalview/datamodel/AlignmentAnnotation.java b/src/jalview/datamodel/AlignmentAnnotation.java

index 9037008..25bba51 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/AlignmentAnnotation.java
+++ b/src/jalview/datamodel/AlignmentAnnotation.java
@@ -1,6 +1,6 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
+ * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   * 
   * This file is part of Jalview.
   * 
@@ -37,7 +37,7 @@ public class AlignmentAnnotation
    public boolean autoCalculated = false;
  
    public String annotationId;
-
+  
    public SequenceI sequenceRef;
  
    /** DOCUMENT ME!! */
@@ -53,6 +53,8 @@ public class AlignmentAnnotation
     * RNA secondary structure contact positions
     */
    public SequenceFeature[] _rnasecstr = null;
+  
+  public String rnaStructure;
  
    /**
     * Updates the _rnasecstr field Determines the positions that base pair and
@@ -64,6 +66,8 @@ public class AlignmentAnnotation
    {
      _rnasecstr = Rna.GetBasePairs(RNAannot);
      Rna.HelixMap(_rnasecstr);
+    
+    setRNAStruc(RNAannot);
  
      if (_rnasecstr != null && _rnasecstr.length > 0)
      {
@@ -73,7 +77,7 @@ public class AlignmentAnnotation
      }
      // System.out.println("featuregroup " + _rnasecstr[0].getFeatureGroup());
    }
-
+  
    public java.util.Hashtable sequenceMapping;
  
    /** DOCUMENT ME!! */
@@ -304,7 +308,15 @@ public class AlignmentAnnotation
      annotationId = this.hashCode() + "";
    }
  
-  /**
+  public void setRNAStruc(String string) {
+       rnaStructure=string;    
+}
+  
+  public String getRNAStruc(){
+         return rnaStructure;
+  }
+
+/**
     * Creates a new AlignmentAnnotation object.
     * 
     * @param label
@@ -872,6 +884,12 @@ public class AlignmentAnnotation
    {
      if (seqname && this.sequenceRef != null)
      {
+      int i=description.toLowerCase().indexOf("<html>");
+      if (i>-1)
+      {
+        // move the html tag to before the sequence reference.
+        return "<html>"+sequenceRef.getName()+" : "+description.substring(i+6);
+      }
        return sequenceRef.getName() + " : " + description;
      }
      return description;