JAL-2418 patch build - broken htsjdk import
[jalview.git] / src / jalview / datamodel / CigarArray.java
index a48a178..837a10b 100644 (file)
@@ -20,8 +20,6 @@
  */
 package jalview.datamodel;
 
-import htsjdk.samtools.Cigar;
-
 import java.util.List;
 
 public class CigarArray extends CigarBase
@@ -92,7 +90,7 @@ public class CigarArray extends CigarBase
   {
     this(constructSeqCigarArray(alignment, selectionGroup));
     constructFromAlignment(alignment,
-            hidden != null ? hidden.getListOfCols()
+            hidden != null ? hidden.getHiddenRegions()
                     : null, selectionGroup);
   }
 
@@ -220,7 +218,7 @@ public class CigarArray extends CigarBase
   }
 
   /**
-   * @see Cigar.getSequenceAndDeletions
+   * @see CigarBase.getSequenceAndDeletions
    * @param GapChar
    *          char
    * @return Object[][]