import java.util.ArrayList;
import java.util.Arrays;
+import java.util.BitSet;
import java.util.Collections;
import java.util.Enumeration;
import java.util.List;
}
@Override
+ public BitSet getInsertionsAsBits()
+ {
+ BitSet map = new BitSet();
+ int lastj = -1, j = 0;
+ int pos = start;
+ int seqlen = sequence.length;
+ while ((j < seqlen))
+ {
+ if (jalview.util.Comparison.isGap(sequence[j]))
+ {
+ if (lastj == -1)
+ {
+ lastj = j;
+ }
+ }
+ else
+ {
+ if (lastj != -1)
+ {
+ map.set(lastj, j);
+ lastj = -1;
+ }
+ }
+ j++;
+ }
+ if (lastj != -1)
+ {
+ map.set(lastj, j);
+ lastj = -1;
+ }
+ return map;
+ }
+
+ @Override
public void deleteChars(int i, int j)
{
int newstart = start, newend = end;