git://source.jalview.org / jalview.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
Don't parse input id, leave it as it is
[jalview.git] / src / jalview / datamodel / SequenceI.java
diff --git a/src/jalview/datamodel/SequenceI.java b/src/jalview/datamodel/SequenceI.java
index a056a36..82d38b4 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/SequenceI.java
+++ b/src/jalview/datamodel/SequenceI.java
@@ -1,58 +1,254 @@
+/*\r
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
+ * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
+ *\r
+ * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
+ * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
+ * of the License, or (at your option) any later version.\r
+ *\r
+ * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
+ * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
+ * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
+ * GNU General Public License for more details.\r
+ *\r
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
+ * along with this program; if not, write to the Free Software\r
+ * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
+ */\r
 package jalview.datamodel;\r
 \r
-import jalview.jbgui.*;\r
 import java.awt.*;\r
 \r
-import java.util.Vector;\r
-\r
-public interface SequenceI {\r
-  public void        setName(String name);\r
-  public String      getName();\r
-\r
-  public void        setStart(int start);\r
-  public int         getStart();\r
-\r
-  public String      getDisplayId();\r
-\r
-  public void        setEnd(int end);\r
-  public int         getEnd();\r
-\r
-  public int         getLength();\r
-\r
-  public void        setSequence(String sequence);\r
-  public String      getSequence();\r
-  public String      getSequence(int start,int end);\r
-  public char        getCharAt(int i);\r
-\r
-  public void        setDescription(String desc);\r
-  public String      getDescription();\r
-\r
-  public int         findIndex(int pos);\r
-  public int         findPosition(int i);\r
-\r
-  public void       deleteChars(int i, int j);\r
-  public void       deleteCharAt(int i);\r
-  public void       insertCharAt(int i, char c);\r
-  public void       insertCharAt(int i,char c,boolean chop);\r
-\r
-  public void        setColor(Color c);\r
-  public Color       getColor();\r
-\r
-  public Vector     getSequenceFeatures();\r
-  public void       setSequenceFeatures(Vector v);\r
-\r
-  public void setPDBId(String id);\r
-  public String getPDBId();\r
-\r
-  }\r
-\r
-\r
-\r
-\r
-\r
-\r
-\r
-\r
-\r
-\r
-\r
+import java.util.*;\r
+\r
+\r
+/**\r
+ * DOCUMENT ME!\r
+ *\r
+ * @author $author$\r
+ * @version $Revision$\r
+ */\r
+public interface SequenceI\r
+{\r
+    /**\r
+     * DOCUMENT ME!\r
+     *\r
+     * @param name DOCUMENT ME!\r
+     */\r
+    public void setName(String name);\r
+\r
+    /**\r
+     * DOCUMENT ME!\r
+     *\r
+     * @return DOCUMENT ME!\r
+     */\r
+    public String getName();\r
+\r
+\r
+    /**\r
+     * DOCUMENT ME!\r
+     *\r
+     * @param start DOCUMENT ME!\r
+     */\r
+    public void setStart(int start);\r
+\r
+    /**\r
+     * DOCUMENT ME!\r
+     *\r
+     * @return DOCUMENT ME!\r
+     */\r
+    public int getStart();\r
+\r
+    /**\r
+     * DOCUMENT ME!\r
+     *\r
+     * @return DOCUMENT ME!\r
+     */\r
+    public String getDisplayId(boolean jvsuffix);\r
+\r
+    /**\r
+     * DOCUMENT ME!\r
+     *\r
+     * @param end DOCUMENT ME!\r
+     */\r
+    public void setEnd(int end);\r
+\r
+    /**\r
+     * DOCUMENT ME!\r
+     *\r
+     * @return DOCUMENT ME!\r
+     */\r
+    public int getEnd();\r
+\r
+    /**\r
+     * DOCUMENT ME!\r
+     *\r
+     * @return DOCUMENT ME!\r
+     */\r
+    public int getLength();\r
+\r
+    /**\r
+     * DOCUMENT ME!\r
+     *\r
+     * @param sequence DOCUMENT ME!\r
+     */\r
+    public void setSequence(String sequence);\r
+\r
+    /**\r
+     * DOCUMENT ME!\r
+     *\r
+     * @return DOCUMENT ME!\r
+     */\r
+    public String getSequence();\r
+\r
+    /**\r
+     * DOCUMENT ME!\r
+     *\r
+     * @param start DOCUMENT ME!\r
+     * @param end DOCUMENT ME!\r
+     *\r
+     * @return DOCUMENT ME!\r
+     */\r
+    public String getSequence(int start, int end);\r
+\r
+    /**\r
+     * DOCUMENT ME!\r
+     *\r
+     * @param i DOCUMENT ME!\r
+     *\r
+     * @return DOCUMENT ME!\r
+     */\r
+    public char getCharAt(int i);\r
+\r
+    /**\r
+     * DOCUMENT ME!\r
+     *\r
+     * @param desc DOCUMENT ME!\r
+     */\r
+    public void setDescription(String desc);\r
+\r
+    /**\r
+     * DOCUMENT ME!\r
+     *\r
+     * @return DOCUMENT ME!\r
+     */\r
+    public String getDescription();\r
+\r
+    /**\r
+     * DOCUMENT ME!\r
+     *\r
+     * @param pos DOCUMENT ME!\r
+     *\r
+     * @return DOCUMENT ME!\r
+     */\r
+    public int findIndex(int pos);\r
+\r
+    /**\r
+     * DOCUMENT ME!\r
+     *\r
+     * @param i DOCUMENT ME!\r
+     *\r
+     * @return DOCUMENT ME!\r
+     */\r
+    public int findPosition(int i);\r
+\r
+    /**\r
+     * DOCUMENT ME!\r
+     *\r
+     * @return DOCUMENT ME!\r
+     */\r
+    public int[] gapMap();\r
+\r
+    /**\r
+     * DOCUMENT ME!\r
+     *\r
+     * @param i DOCUMENT ME!\r
+     * @param j DOCUMENT ME!\r
+     */\r
+    public void deleteChars(int i, int j);\r
+\r
+    /**\r
+     * DOCUMENT ME!\r
+     *\r
+     * @param i DOCUMENT ME!\r
+     */\r
+    public void deleteCharAt(int i);\r
+\r
+    /**\r
+     * DOCUMENT ME!\r
+     *\r
+     * @param i DOCUMENT ME!\r
+     * @param c DOCUMENT ME!\r
+     */\r
+    public void insertCharAt(int i, char c);\r
+\r
+    /**\r
+     * DOCUMENT ME!\r
+     *\r
+     * @param i DOCUMENT ME!\r
+     * @param c DOCUMENT ME!\r
+     * @param chop DOCUMENT ME!\r
+     */\r
+    public void insertCharAt(int i, char c, boolean chop);\r
+\r
+    /**\r
+     * DOCUMENT ME!\r
+     *\r
+     * @param c DOCUMENT ME!\r
+     */\r
+    public void setColor(Color c);\r
+\r
+    /**\r
+     * DOCUMENT ME!\r
+     *\r
+     * @return DOCUMENT ME!\r
+     */\r
+    public Color getColor();\r
+\r
+    /**\r
+     * DOCUMENT ME!\r
+     *\r
+     * @return DOCUMENT ME!\r
+     */\r
+    public Vector getSequenceFeatures();\r
+\r
+    /**\r
+     * DOCUMENT ME!\r
+     *\r
+     * @param v DOCUMENT ME!\r
+     */\r
+    public void setSequenceFeatures(Vector v);\r
+\r
+    /**\r
+     * DOCUMENT ME!\r
+     *\r
+     * @param id DOCUMENT ME!\r
+     */\r
+    public void setPDBId(Vector ids);\r
+\r
+    /**\r
+     * DOCUMENT ME!\r
+     *\r
+     * @return DOCUMENT ME!\r
+     */\r
+    public Vector getPDBId();\r
+\r
+    public void addPDBId(PDBEntry entry);\r
+\r
+    public String getVamsasId();\r
+\r
+    public void setVamsasId(String id);\r
+\r
+    public void setDBRef(Vector dbs);\r
+\r
+    public Vector getDBRef();\r
+\r
+    public void addDBRef(DBRefEntry entry);\r
+\r
+    public void addSequenceFeature(SequenceFeature sf);\r
+\r
+    public void setDatasetSequence(SequenceI seq);\r
+\r
+    public SequenceI getDatasetSequence();\r
+}\r