Merge branch 'features/JAL-2388OverviewWindow' into develop
[jalview.git] / src / jalview / gui / AlignFrame.java
index a69cd59..4073e3e 100644 (file)
@@ -34,7 +34,6 @@ import jalview.api.AlignmentViewPanel;
 import jalview.api.FeatureSettingsControllerI;
 import jalview.api.SplitContainerI;
 import jalview.api.ViewStyleI;
-import jalview.api.analysis.ScoreModelI;
 import jalview.api.analysis.SimilarityParamsI;
 import jalview.bin.Cache;
 import jalview.bin.Jalview;
@@ -54,6 +53,7 @@ import jalview.datamodel.AlignmentI;
 import jalview.datamodel.AlignmentOrder;
 import jalview.datamodel.AlignmentView;
 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
+import jalview.datamodel.HiddenColumns;
 import jalview.datamodel.HiddenSequences;
 import jalview.datamodel.PDBEntry;
 import jalview.datamodel.SeqCigar;
@@ -234,7 +234,7 @@ public class AlignFrame extends GAlignFrame implements DropTargetListener,
    * @param height
    *          height of frame.
    */
-  public AlignFrame(AlignmentI al, ColumnSelection hiddenColumns,
+  public AlignFrame(AlignmentI al, HiddenColumns hiddenColumns,
           int width, int height)
   {
     this(al, hiddenColumns, width, height, null);
@@ -251,7 +251,7 @@ public class AlignFrame extends GAlignFrame implements DropTargetListener,
    * @param sequenceSetId
    *          (may be null)
    */
-  public AlignFrame(AlignmentI al, ColumnSelection hiddenColumns,
+  public AlignFrame(AlignmentI al, HiddenColumns hiddenColumns,
           int width, int height, String sequenceSetId)
   {
     this(al, hiddenColumns, width, height, sequenceSetId, null);
@@ -270,7 +270,7 @@ public class AlignFrame extends GAlignFrame implements DropTargetListener,
    * @param viewId
    *          (may be null)
    */
-  public AlignFrame(AlignmentI al, ColumnSelection hiddenColumns,
+  public AlignFrame(AlignmentI al, HiddenColumns hiddenColumns,
           int width, int height, String sequenceSetId, String viewId)
   {
     setSize(width, height);
@@ -289,7 +289,7 @@ public class AlignFrame extends GAlignFrame implements DropTargetListener,
   }
 
   public AlignFrame(AlignmentI al, SequenceI[] hiddenSeqs,
-          ColumnSelection hiddenColumns, int width, int height)
+          HiddenColumns hiddenColumns, int width, int height)
   {
     setSize(width, height);
 
@@ -372,7 +372,7 @@ public class AlignFrame extends GAlignFrame implements DropTargetListener,
       @Override
       public void actionPerformed(ActionEvent e)
       {
-        new CalculationChooser(AlignFrame.this);
+        openTreePcaDialog();
       }
     });
     buildColourMenu();
@@ -1193,8 +1193,8 @@ public class AlignFrame extends GAlignFrame implements DropTargetListener,
               exportData.getAlignment(), // class cast exceptions will
               // occur in the distant future
               exportData.getOmitHidden(), exportData.getStartEndPostions(),
-              f.getCacheSuffixDefault(format),
-              viewport.getColumnSelection());
+              f.getCacheSuffixDefault(format), viewport.getAlignment()
+                      .getHiddenColumns());
 
       if (output == null)
       {
@@ -1272,8 +1272,9 @@ public class AlignFrame extends GAlignFrame implements DropTargetListener,
       cap.setText(new FormatAdapter(alignPanel, exportData.getSettings())
               .formatSequences(format, exportData.getAlignment(),
                       exportData.getOmitHidden(),
-                      exportData.getStartEndPostions(),
-                      viewport.getColumnSelection()));
+ exportData
+                              .getStartEndPostions(), viewport
+                              .getAlignment().getHiddenColumns()));
       Desktop.addInternalFrame(cap, MessageManager.formatMessage(
               "label.alignment_output_command",
               new Object[] { e.getActionCommand() }), 600, 500);
@@ -1322,8 +1323,9 @@ public class AlignFrame extends GAlignFrame implements DropTargetListener,
       alignmentToExport = viewport.getAlignment();
     }
     alignmentStartEnd = alignmentToExport
-            .getVisibleStartAndEndIndex(viewport.getColumnSelection()
-                    .getHiddenColumns());
+            .getVisibleStartAndEndIndex(viewport.getAlignment()
+                    .getHiddenColumns()
+                    .getHiddenRegions());
     AlignmentExportData ed = new AlignmentExportData(alignmentToExport,
             omitHidden, alignmentStartEnd, settings);
     return ed;
@@ -1887,7 +1889,8 @@ public class AlignFrame extends GAlignFrame implements DropTargetListener,
       hiddenColumns = new ArrayList<int[]>();
       int hiddenOffset = viewport.getSelectionGroup().getStartRes(), hiddenCutoff = viewport
               .getSelectionGroup().getEndRes();
-      for (int[] region : viewport.getColumnSelection().getHiddenColumns())
+      for (int[] region : viewport.getAlignment().getHiddenColumns()
+              .getHiddenRegions())
       {
         if (region[0] >= hiddenOffset && region[1] <= hiddenCutoff)
         {
@@ -3546,35 +3549,6 @@ public class AlignFrame extends GAlignFrame implements DropTargetListener,
     }
   }
 
-  /**
-   * DOCUMENT ME!
-   * 
-   * @param e
-   *          DOCUMENT ME!
-   */
-  @Override
-  public void PCAMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
-  {
-    if (((viewport.getSelectionGroup() != null)
-            && (viewport.getSelectionGroup().getSize() < 4) && (viewport
-            .getSelectionGroup().getSize() > 0))
-            || (viewport.getAlignment().getHeight() < 4))
-    {
-      JvOptionPane
-              .showInternalMessageDialog(
-                      this,
-                      MessageManager
-                              .getString("label.principal_component_analysis_must_take_least_four_input_sequences"),
-                      MessageManager
-                              .getString("label.sequence_selection_insufficient"),
-                      JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
-
-      return;
-    }
-
-    new PCAPanel(alignPanel);
-  }
-
   @Override
   public void autoCalculate_actionPerformed(ActionEvent e)
   {
@@ -3603,32 +3577,20 @@ public class AlignFrame extends GAlignFrame implements DropTargetListener,
    * 
    * @param type
    *          tree type (NJ or AV)
-   * @param sm
-   *          distance or similarity score model used to compute the tree
+   * @param modelName
+   *          name of score model used to compute the tree
    * @param options
    *          parameters for the distance or similarity calculation
    */
-  void newTreePanel(String type, ScoreModelI sm, SimilarityParamsI options)
+  void newTreePanel(String type, String modelName, SimilarityParamsI options)
   {
     String frameTitle = "";
     TreePanel tp;
 
+    boolean onSelection = false;
     if (viewport.getSelectionGroup() != null
             && viewport.getSelectionGroup().getSize() > 0)
     {
-      if (viewport.getSelectionGroup().getSize() < 3)
-      {
-        JvOptionPane
-                .showMessageDialog(
-                        Desktop.desktop,
-                        MessageManager
-                                .getString("label.you_need_more_two_sequences_selected_build_tree"),
-                        MessageManager
-                                .getString("label.not_enough_sequences"),
-                        JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
-        return;
-      }
-
       SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();
 
       /* Decide if the selection is a column region */
@@ -3648,36 +3610,19 @@ public class AlignFrame extends GAlignFrame implements DropTargetListener,
           return;
         }
       }
-
-      tp = new TreePanel(alignPanel, type, sm, options);
-      frameTitle = tp.getPanelTitle() + " on region";
+      onSelection = true;
     }
     else
     {
-      // are the visible sequences aligned?
-      if (!viewport.getAlignment().isAligned(false))
-      {
-        JvOptionPane
-                .showMessageDialog(
-                        Desktop.desktop,
-                        MessageManager
-                                .getString("label.sequences_must_be_aligned_before_creating_tree"),
-                        MessageManager
-                                .getString("label.sequences_not_aligned"),
-                        JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
-
-        return;
-      }
-
       if (viewport.getAlignment().getHeight() < 2)
       {
         return;
       }
-
-      tp = new TreePanel(alignPanel, type, sm, options);
-      frameTitle = tp.getPanelTitle();
     }
 
+    tp = new TreePanel(alignPanel, type, modelName, options);
+    frameTitle = tp.getPanelTitle() + (onSelection ? " on region" : "");
+
     frameTitle += " from ";
 
     if (viewport.viewName != null)
@@ -4714,9 +4659,9 @@ public class AlignFrame extends GAlignFrame implements DropTargetListener,
                     viewport.getAlignment(), 0, false);
             SequenceI repseq = viewport.getAlignment().getSequenceAt(0);
             viewport.getAlignment().setSeqrep(repseq);
-            ColumnSelection cs = new ColumnSelection();
+            HiddenColumns cs = new HiddenColumns();
             cs.hideInsertionsFor(repseq);
-            viewport.setColumnSelection(cs);
+            viewport.getAlignment().setHiddenColumns(cs);
             isAnnotation = true;
           }
           // else if (IdentifyFile.FeaturesFile.equals(format))
@@ -5641,6 +5586,18 @@ public class AlignFrame extends GAlignFrame implements DropTargetListener,
     ColourSchemeI colourScheme = viewport.getGlobalColourScheme();
     ColourMenuHelper.setColourSelected(colourMenu, colourScheme);
   }
+
+  /**
+   * Open a dialog (if not already open) that allows the user to select and
+   * calculate PCA or Tree analysis
+   */
+  protected void openTreePcaDialog()
+  {
+    if (alignPanel.getCalculationDialog() == null)
+    {
+      new CalculationChooser(AlignFrame.this);
+    }
+  }
 }
 
 class PrintThread extends Thread