Merge branch 'alpha/JAL-3362_Jalview_212_alpha' into alpha/merge_212_JalviewJS_2112
[jalview.git] / src / jalview / gui / AlignViewport.java
index fcae40d..6024cf9 100644 (file)
@@ -39,6 +39,7 @@ import jalview.datamodel.SearchResults;
 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
 import jalview.datamodel.SequenceI;
+import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherSetI;
 import jalview.renderer.ResidueShader;
 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
 import jalview.schemes.ColourSchemeProperty;
@@ -79,9 +80,9 @@ public class AlignViewport extends AlignmentViewport
 
   boolean antiAlias = false;
 
-  private Rectangle explodedGeometry;
+  private Rectangle explodedGeometry = null;
 
-  private String viewName;
+  private String viewName = null;
 
   /*
    * Flag set true on the view that should 'gather' multiple views of the same
@@ -208,7 +209,7 @@ public class AlignViewport extends AlignmentViewport
    */
   private void applyViewProperties()
   {
-    antiAlias = Cache.getDefault("ANTI_ALIAS", false);
+    antiAlias = Cache.getDefault("ANTI_ALIAS", true);
 
     viewStyle.setShowJVSuffix(Cache.getDefault("SHOW_JVSUFFIX", true));
     setShowAnnotation(Cache.getDefault("SHOW_ANNOTATIONS", true));
@@ -256,14 +257,13 @@ public class AlignViewport extends AlignmentViewport
 
     setFont(new Font(fontName, style, Integer.parseInt(fontSize)), true);
 
-    alignment
-            .setGapCharacter(Cache.getDefault("GAP_SYMBOL", "-").charAt(0));
+               alignment.setGapCharacter(Cache.getDefault("GAP_SYMBOL", "-").charAt(0));
 
     // We must set conservation and consensus before setting colour,
     // as Blosum and Clustal require this to be done
-    if (hconsensus == null && !isDataset)
+               if (hconsensus == null && !isDataset)
     {
-      if (!alignment.isNucleotide())
+                       if (!alignment.isNucleotide())
       {
         showConservation = Cache.getDefault("SHOW_CONSERVATION", true);
         showQuality = Cache.getDefault("SHOW_QUALITY", true);
@@ -275,13 +275,19 @@ public class AlignViewport extends AlignmentViewport
       showSequenceLogo = Cache.getDefault("SHOW_CONSENSUS_LOGO", false);
       normaliseSequenceLogo = Cache.getDefault("NORMALISE_CONSENSUS_LOGO",
               false);
+      // for now, use consensus options for Information till it gets its own
+      setShowHMMSequenceLogo(showSequenceLogo);
+      setNormaliseHMMSequenceLogo(normaliseSequenceLogo);
+      setShowInformationHistogram(showConsensusHistogram);
       showGroupConsensus = Cache.getDefault("SHOW_GROUP_CONSENSUS", false);
       showConsensus = Cache.getDefault("SHOW_IDENTITY", true);
 
       showOccupancy = Cache.getDefault(Preferences.SHOW_OCCUPANCY, true);
     }
     initAutoAnnotation();
-    String colourProperty = alignment.isNucleotide()
+    // initInformation();
+
+               String colourProperty = alignment.isNucleotide()
             ? Preferences.DEFAULT_COLOUR_NUC
             : Preferences.DEFAULT_COLOUR_PROT;
     String schemeName = Cache.getProperty(colourProperty);
@@ -304,11 +310,11 @@ public class AlignViewport extends AlignmentViewport
 
     if (residueShading != null)
     {
-      residueShading.setConsensus(hconsensus);
+                       residueShading.setConsensus(hconsensus);
     }
     setColourAppliesToAllGroups(true);
   }
-
+  
   boolean validCharWidth;
 
   /**
@@ -393,7 +399,7 @@ public class AlignViewport extends AlignmentViewport
     /*
      * replace mappings on our alignment
      */
-    if (alignment != null && align != null)
+               if (alignment != null && align != null)
     {
       alignment.setCodonFrames(align.getCodonFrames());
     }
@@ -446,7 +452,7 @@ public class AlignViewport extends AlignmentViewport
   }
 
   /**
-   * returns the visible column regions of the alignment
+   * Returns an iterator over the visible column regions of the alignment
    * 
    * @param selectedRegionOnly
    *          true to just return the contigs intersecting with the selected
@@ -466,8 +472,9 @@ public class AlignViewport extends AlignmentViewport
     {
       end = alignment.getWidth();
     }
-    return (alignment.getHiddenColumns().getVisContigsIterator(start, end,
-            false));
+
+    return (alignment.getHiddenColumns().getVisContigsIterator(start,
+            end, false));
   }
 
   /**
@@ -517,7 +524,7 @@ public class AlignViewport extends AlignmentViewport
   }
 
   public boolean followSelection = true;
-
+  
   /**
    * @return true if view selection should always follow the selections
    *         broadcast by other selection sources
@@ -582,18 +589,20 @@ public class AlignViewport extends AlignmentViewport
     return StructureSelectionManager
             .getStructureSelectionManager(Desktop.instance);
   }
-
+  
   @Override
   public boolean isNormaliseSequenceLogo()
   {
     return normaliseSequenceLogo;
   }
 
-  public void setNormaliseSequenceLogo(boolean state)
+  @Override
+public void setNormaliseSequenceLogo(boolean state)
   {
     normaliseSequenceLogo = state;
   }
 
+
   /**
    * 
    * @return true if alignment characters should be displayed
@@ -603,7 +612,7 @@ public class AlignViewport extends AlignmentViewport
   {
     return validCharWidth;
   }
-
+  
   private Hashtable<String, AutoCalcSetting> calcIdParams = new Hashtable<>();
 
   public AutoCalcSetting getCalcIdSettingsFor(String calcId)
@@ -710,16 +719,20 @@ public class AlignViewport extends AlignmentViewport
     {
       if (AlignmentUtils.isMappable(toAdd, getAlignment()))
       {
-        if (openLinkedAlignment(toAdd, title))
-        {
-          return;
-        }
+        openLinkedAlignment(toAdd, title);
+        return;
       }
     }
+    addDataToAlignment(toAdd);
+  }
 
-    /*
-     * No mappings, or offer declined - add sequences to this alignment
-     */
+  /**
+   * adds sequences to this alignment
+   * 
+   * @param toAdd
+   */
+  void addDataToAlignment(AlignmentI toAdd)
+  {
     // TODO: JAL-407 regardless of above - identical sequences (based on ID and
     // provenance) should share the same dataset sequence
 
@@ -741,7 +754,7 @@ public class AlignViewport extends AlignmentViewport
       }
     }
 
-    ranges.setEndSeq(getAlignment().getHeight());
+    ranges.setEndSeq(getAlignment().getHeight() - 1); // BH 2019.04.18
     firePropertyChange("alignment", null, getAlignment().getSequences());
   }
 
@@ -754,30 +767,58 @@ public class AlignViewport extends AlignmentViewport
    * @param al
    * @param title
    */
-  protected boolean openLinkedAlignment(AlignmentI al, String title)
+  protected void openLinkedAlignment(AlignmentI al, String title)
   {
     String[] options = new String[] { MessageManager.getString("action.no"),
         MessageManager.getString("label.split_window"),
         MessageManager.getString("label.new_window"), };
     final String question = JvSwingUtils.wrapTooltip(true,
             MessageManager.getString("label.open_split_window?"));
-    int response = JvOptionPane.showOptionDialog(Desktop.desktop, question,
+    final AlignViewport us = this;
+    
+    /*
+     * options No, Split Window, New Window correspond to
+     * dialog responses 0, 1, 2 (even though JOptionPane shows them
+     * in reverse order)
+     */
+    JvOptionPane dialog = JvOptionPane.newOptionDialog(Desktop.desktop)
+            .setResponseHandler(0, new Runnable()
+            {
+              @Override
+              public void run()
+              {
+                  addDataToAlignment(al);
+              }
+            }).setResponseHandler(1, new Runnable()
+            {
+              @Override
+              public void run()
+              {
+                us.openLinkedAlignmentAs(al, title, true);
+              }
+            }).setResponseHandler(2, new Runnable()
+            {
+              @Override
+              public void run()
+              {
+                us.openLinkedAlignmentAs(al, title, false);
+              }
+            });
+       dialog.showDialog(question,
             MessageManager.getString("label.open_split_window"),
             JvOptionPane.DEFAULT_OPTION, JvOptionPane.PLAIN_MESSAGE, null,
             options, options[0]);
+  }
 
-    if (response != 1 && response != 2)
+  protected void openLinkedAlignmentAs(AlignmentI al, String title,
+          boolean newWindowOrSplitPane)
     {
-      return false;
-    }
-    final boolean openSplitPane = (response == 1);
-    final boolean openInNewWindow = (response == 2);
-
     /*
      * Identify protein and dna alignments. Make a copy of this one if opening
      * in a new split pane.
      */
-    AlignmentI thisAlignment = openSplitPane ? new Alignment(getAlignment())
+    AlignmentI thisAlignment = newWindowOrSplitPane
+            ? new Alignment(getAlignment())
             : getAlignment();
     AlignmentI protein = al.isNucleotide() ? thisAlignment : al;
     final AlignmentI cdna = al.isNucleotide() ? al : thisAlignment;
@@ -809,7 +850,7 @@ public class AlignViewport extends AlignmentViewport
     // alignFrame.setFileName(file, format);
     // }
 
-    if (openInNewWindow)
+    if (!newWindowOrSplitPane)
     {
       Desktop.addInternalFrame(newAlignFrame, title,
               AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
@@ -823,13 +864,11 @@ public class AlignViewport extends AlignmentViewport
     {
     }
 
-    if (openSplitPane)
+    if (newWindowOrSplitPane)
     {
       al.alignAs(thisAlignment);
       protein = openSplitFrame(newAlignFrame, thisAlignment);
     }
-
-    return true;
   }
 
   /**
@@ -1044,6 +1083,9 @@ public class AlignViewport extends AlignmentViewport
     {
       FeatureColourI preferredColour = featureSettings
               .getFeatureColour(type);
+      FeatureMatcherSetI preferredFilters = featureSettings
+              .getFeatureFilters(type);
+
       FeatureColourI origColour = fr.getFeatureStyle(type);
       if (!mergeOnly || (!origRenderOrder.contains(type)
               || origColour == null
@@ -1058,6 +1100,11 @@ public class AlignViewport extends AlignmentViewport
         {
           fr.setColour(type, preferredColour);
         }
+        if (preferredFilters != null
+                && (!mergeOnly || fr.getFeatureFilter(type) != null))
+        {
+          fr.setFeatureFilter(type, preferredFilters);
+        }
         if (featureSettings.isFeatureDisplayed(type))
         {
           displayed.setVisible(type);