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JAL-3446 from applet; JAL-3374
[jalview.git] / src / jalview / gui / AnnotationPanel.java
diff --git a/src/jalview/gui/AnnotationPanel.java b/src/jalview/gui/AnnotationPanel.java
index d8d27d0..01be3b5 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/AnnotationPanel.java
+++ b/src/jalview/gui/AnnotationPanel.java
@@ -20,22 +20,6 @@
  */
 package jalview.gui;
 
-import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
-import jalview.datamodel.AlignmentI;
-import jalview.datamodel.Annotation;
-import jalview.datamodel.ColumnSelection;
-import jalview.datamodel.HiddenColumns;
-import jalview.datamodel.SequenceI;
-import jalview.gui.JalviewColourChooser.ColourChooserListener;
-import jalview.renderer.AnnotationRenderer;
-import jalview.renderer.AwtRenderPanelI;
-import jalview.schemes.ResidueProperties;
-import jalview.util.Comparison;
-import jalview.util.MessageManager;
-import jalview.util.Platform;
-import jalview.viewmodel.ViewportListenerI;
-import jalview.viewmodel.ViewportRanges;
-
 import java.awt.AlphaComposite;
 import java.awt.Color;
 import java.awt.Dimension;
@@ -66,6 +50,22 @@ import javax.swing.JPopupMenu;
 import javax.swing.Scrollable;
 import javax.swing.ToolTipManager;
 
+import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
+import jalview.datamodel.AlignmentI;
+import jalview.datamodel.Annotation;
+import jalview.datamodel.ColumnSelection;
+import jalview.datamodel.HiddenColumns;
+import jalview.datamodel.SequenceI;
+import jalview.gui.JalviewColourChooser.ColourChooserListener;
+import jalview.renderer.AnnotationRenderer;
+import jalview.renderer.AwtRenderPanelI;
+import jalview.schemes.ResidueProperties;
+import jalview.util.Comparison;
+import jalview.util.MessageManager;
+import jalview.util.Platform;
+import jalview.viewmodel.ViewportListenerI;
+import jalview.viewmodel.ViewportRanges;
+
 /**
  * AnnotationPanel displays visible portion of annotation rows below unwrapped
  * alignment
@@ -150,9 +150,7 @@ public class AnnotationPanel extends JPanel implements AwtRenderPanelI,
    */
   public AnnotationPanel(AlignmentPanel ap)
   {
-//         setBackground(Color.white);  // BH 2019
-
-           ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);
+    ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);
     ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);
     ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);
     this.ap = ap;
@@ -788,7 +786,9 @@ public class AnnotationPanel extends JPanel implements AwtRenderPanelI,
     if (row > -1 && ann.annotations != null
             && column < ann.annotations.length)
     {
-      setToolTipText(buildToolTip(ann, column, aa));
+      String toolTip = buildToolTip(ann, column, aa);
+      setToolTipText(toolTip == null ? null
+              : JvSwingUtils.wrapTooltip(true, toolTip));
       String msg = getStatusMessage(av.getAlignment(), column, ann);
       ap.alignFrame.setStatus(msg);
     }
@@ -835,7 +835,9 @@ public class AnnotationPanel extends JPanel implements AwtRenderPanelI,
   }
 
   /**
-   * Answers a tooltip for the annotation at the current mouse position
+   * Answers a tooltip for the annotation at the current mouse position, not
+   * wrapped in &lt;html&gt; tags (apply if wanted). Answers null if there is no
+   * tooltip to show.
    * 
    * @param ann
    * @param column
@@ -848,45 +850,33 @@ public class AnnotationPanel extends JPanel implements AwtRenderPanelI,
     if (ann.graphGroup > -1)
     {
       StringBuilder tip = new StringBuilder(32);
-      tip.append("<html>");
+      boolean first = true;
       for (int i = 0; i < anns.length; i++)
       {
         if (anns[i].graphGroup == ann.graphGroup
                 && anns[i].annotations[column] != null)
         {
+          if (!first)
+          {
+            tip.append("<br>");
+          }
+          first = false;
           tip.append(anns[i].label);
           String description = anns[i].annotations[column].description;
           if (description != null && description.length() > 0)
           {
             tip.append(" ").append(description);
           }
-          tip.append("<br>");
         }
       }
-      if (tip.length() != 6)
-      {
-        tip.setLength(tip.length() - 4);
-        tooltip = tip.toString() + "</html>";
-      }
+      tooltip = first ? null : tip.toString();
     }
     else if (column < ann.annotations.length
             && ann.annotations[column] != null)
     {
-      String description = ann.annotations[column].description;
-      if (description != null && description.length() > 0)
-      {
-        tooltip = JvSwingUtils.wrapTooltip(true, description);
-      }
-      else
-      {
-        tooltip = null; // no tooltip if null or empty description
-      }
-    }
-    else
-    {
-      // clear the tooltip.
-      tooltip = null;
+      tooltip = ann.annotations[column].description;
     }
+
     return tooltip;
   }
 
@@ -1019,23 +1009,28 @@ public class AnnotationPanel extends JPanel implements AwtRenderPanelI,
     g.setColor(Color.white);
     g.fillRect(0, 0, visibleRect.width, visibleRect.height);
 
+    ViewportRanges ranges = av.getRanges();
+    
+    
+    
     if (image != null)
     {
        // BH 2018 optimizing generation of new Rectangle().
       if (fastPaint || (visibleRect.width != (clipBounds = g.getClipBounds(clipBounds)).width)
             || (visibleRect.height != clipBounds.height))
       {
-
-         
          g.drawImage(image, 0, 0, this);
         fastPaint = false;
         return;
       }
     }
-    imgWidth = (av.getRanges().getEndRes() - av.getRanges().getStartRes()
+    
+    imgWidth = (ranges.getEndRes() - ranges.getStartRes()
             + 1) * av.getCharWidth();
+    
     if (imgWidth < 1)
     {
+      fastPaint = false;
       return;
     }
     Graphics2D gg;
@@ -1078,8 +1073,8 @@ public class AnnotationPanel extends JPanel implements AwtRenderPanelI,
         gg = (Graphics2D) image.getGraphics();
 
     }
-    
-    drawComponent(gg, av.getRanges().getStartRes(),
+   
+    drawComponent(gg, ranges.getStartRes(),
             av.getRanges().getEndRes() + 1);
     gg.dispose();
     imageFresh = false;
@@ -1087,11 +1082,6 @@ public class AnnotationPanel extends JPanel implements AwtRenderPanelI,
   }
 
   /**
-   * set true to enable redraw timing debug output on stderr
-   */
-  private final boolean debugRedraw = false;
-
-  /**
    * non-Thread safe repaint
    * 
    * @param horizontal
@@ -1111,6 +1101,11 @@ public class AnnotationPanel extends JPanel implements AwtRenderPanelI,
     int sr = av.getRanges().getStartRes();
     int er = av.getRanges().getEndRes() + 1;
     int transX = 0;
+    
+    if (er == sr + 1) {
+      fastPaint = false;
+      return;
+    }
 
     Graphics2D gg = (Graphics2D) image.getGraphics();