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[jalview.git] / src / jalview / gui / AnnotationPanel.java
index df29464..93647a8 100755 (executable)
@@ -1,18 +1,18 @@
 /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
- * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
- *
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
+ * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
+ * 
  * This file is part of Jalview.
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  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
- * modify it under the terms of the GNU General Public License
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
- *
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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+ * 
  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  */
 package jalview.gui;
@@ -27,13 +27,15 @@ import jalview.renderer.AnnotationRenderer;
 import jalview.renderer.AwtRenderPanelI;
 
 /**
- * AnnotationPanel displays visible portion of annotation rows below unwrapped alignment 
+ * AnnotationPanel displays visible portion of annotation rows below unwrapped
+ * alignment
+ * 
  * @author $author$
  * @version $Revision$
  */
 public class AnnotationPanel extends JPanel implements AwtRenderPanelI,
-        MouseListener, MouseMotionListener, ActionListener,
-        AdjustmentListener
+        MouseListener, MouseWheelListener, MouseMotionListener,
+        ActionListener, AdjustmentListener, Scrollable
 {
   final String HELIX = "Helix";
 
@@ -95,9 +97,11 @@ public class AnnotationPanel extends JPanel implements AwtRenderPanelI,
 
   public final AnnotationRenderer renderer;
 
+  private MouseWheelListener[] _mwl;
+
   /**
    * Creates a new AnnotationPanel object.
-   *
+   * 
    * @param ap
    *          DOCUMENT ME!
    */
@@ -116,6 +120,11 @@ public class AnnotationPanel extends JPanel implements AwtRenderPanelI,
     addMouseMotionListener(this);
     ap.annotationScroller.getVerticalScrollBar()
             .addAdjustmentListener(this);
+    // save any wheel listeners on the scroller, so we can propagate scroll
+    // events to them.
+    _mwl = ap.annotationScroller.getMouseWheelListeners();
+    // and then set our own listener to consume all mousewheel events
+    ap.annotationScroller.addMouseWheelListener(this);
     renderer = new AnnotationRenderer();
   }
 
@@ -125,15 +134,82 @@ public class AnnotationPanel extends JPanel implements AwtRenderPanelI,
     renderer = new AnnotationRenderer();
   }
 
-  /**
-   * DOCUMENT ME!
-   *
-   * @param evt
-   *          DOCUMENT ME!
+  @Override
+  public void mouseWheelMoved(MouseWheelEvent e)
+  {
+    if (e.isShiftDown())
+    {
+      e.consume();
+      if (e.getWheelRotation() > 0)
+      {
+        ap.scrollRight(true);
+      }
+      else
+      {
+        ap.scrollRight(false);
+      }
+    }
+    else
+    {
+      // TODO: find the correct way to let the event bubble up to
+      // ap.annotationScroller
+      for (MouseWheelListener mwl : _mwl)
+      {
+        if (mwl != null)
+        {
+          mwl.mouseWheelMoved(e);
+        }
+        if (e.isConsumed())
+        {
+          break;
+        }
+      }
+    }
+  }
+
+  @Override
+  public Dimension getPreferredScrollableViewportSize()
+  {
+    return getPreferredSize();
+  }
+
+  @Override
+  public int getScrollableBlockIncrement(Rectangle visibleRect,
+          int orientation, int direction)
+  {
+    return 30;
+  }
+
+  @Override
+  public boolean getScrollableTracksViewportHeight()
+  {
+    return false;
+  }
+
+  @Override
+  public boolean getScrollableTracksViewportWidth()
+  {
+    return true;
+  }
+
+  @Override
+  public int getScrollableUnitIncrement(Rectangle visibleRect,
+          int orientation, int direction)
+  {
+    return 30;
+  }
+
+  /*
+   * (non-Javadoc)
+   * 
+   * @see
+   * java.awt.event.AdjustmentListener#adjustmentValueChanged(java.awt.event
+   * .AdjustmentEvent)
    */
   @Override
   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)
   {
+    // update annotation label display
     ap.alabels.setScrollOffset(-evt.getValue());
   }
 
@@ -141,7 +217,7 @@ public class AnnotationPanel extends JPanel implements AwtRenderPanelI,
    * Calculates the height of the annotation displayed in the annotation panel.
    * Callers should normally call the ap.adjustAnnotationHeight method to ensure
    * all annotation associated components are updated correctly.
-   *
+   * 
    */
   public int adjustPanelHeight()
   {
@@ -158,7 +234,7 @@ public class AnnotationPanel extends JPanel implements AwtRenderPanelI,
 
   /**
    * DOCUMENT ME!
-   *
+   * 
    * @param evt
    *          DOCUMENT ME!
    */
@@ -314,7 +390,7 @@ public class AnnotationPanel extends JPanel implements AwtRenderPanelI,
   {
     String collatedInput = "";
     String last = "";
-    ColumnSelection viscols=av.getColumnSelection();
+    ColumnSelection viscols = av.getColumnSelection();
     // TODO: refactor and save av.getColumnSelection for efficiency
     for (int i = 0; i < columnSelection.size(); i++)
     {
@@ -357,7 +433,7 @@ public class AnnotationPanel extends JPanel implements AwtRenderPanelI,
 
   /**
    * DOCUMENT ME!
-   *
+   * 
    * @param evt
    *          DOCUMENT ME!
    */
@@ -450,7 +526,7 @@ public class AnnotationPanel extends JPanel implements AwtRenderPanelI,
 
   /**
    * DOCUMENT ME!
-   *
+   * 
    * @param evt
    *          DOCUMENT ME!
    */
@@ -465,7 +541,7 @@ public class AnnotationPanel extends JPanel implements AwtRenderPanelI,
 
   /**
    * DOCUMENT ME!
-   *
+   * 
    * @param evt
    *          DOCUMENT ME!
    */
@@ -477,7 +553,7 @@ public class AnnotationPanel extends JPanel implements AwtRenderPanelI,
 
   /**
    * DOCUMENT ME!
-   *
+   * 
    * @param evt
    *          DOCUMENT ME!
    */
@@ -489,7 +565,7 @@ public class AnnotationPanel extends JPanel implements AwtRenderPanelI,
 
   /**
    * DOCUMENT ME!
-   *
+   * 
    * @param evt
    *          DOCUMENT ME!
    */
@@ -516,7 +592,7 @@ public class AnnotationPanel extends JPanel implements AwtRenderPanelI,
 
   /**
    * DOCUMENT ME!
-   *
+   * 
    * @param evt
    *          DOCUMENT ME!
    */
@@ -616,7 +692,7 @@ public class AnnotationPanel extends JPanel implements AwtRenderPanelI,
 
   /**
    * DOCUMENT ME!
-   *
+   * 
    * @param evt
    *          DOCUMENT ME!
    */
@@ -656,10 +732,12 @@ public class AnnotationPanel extends JPanel implements AwtRenderPanelI,
     }
 
   }
-  private volatile boolean imageFresh=false;
+
+  private volatile boolean imageFresh = false;
+
   /**
    * DOCUMENT ME!
-   *
+   * 
    * @param g
    *          DOCUMENT ME!
    */
@@ -682,11 +760,27 @@ public class AnnotationPanel extends JPanel implements AwtRenderPanelI,
     imgWidth = (av.endRes - av.startRes + 1) * av.charWidth;
     if (imgWidth < 1)
       return;
-    if (image == null || imgWidth != image.getWidth()
+    if (image == null || imgWidth != image.getWidth(this)
             || image.getHeight(this) != getHeight())
     {
-      image = new BufferedImage(imgWidth, ap.annotationPanel.getHeight(),
-              BufferedImage.TYPE_INT_RGB);
+      try
+      {
+        image = new BufferedImage(imgWidth, ap.annotationPanel.getHeight(),
+                BufferedImage.TYPE_INT_RGB);
+      } catch (OutOfMemoryError oom)
+      {
+        try
+        {
+          System.gc();
+        } catch (Exception x)
+        {
+        }
+        ;
+        new OOMWarning(
+                "Couldn't allocate memory to redraw screen. Please restart Jalview",
+                oom);
+        return;
+      }
       gg = (Graphics2D) image.getGraphics();
 
       if (av.antiAlias)
@@ -699,17 +793,17 @@ public class AnnotationPanel extends JPanel implements AwtRenderPanelI,
       fm = gg.getFontMetrics();
       gg.setColor(Color.white);
       gg.fillRect(0, 0, imgWidth, image.getHeight());
-      imageFresh=true;
+      imageFresh = true;
     }
 
     drawComponent(gg, av.startRes, av.endRes + 1);
-    imageFresh=false;
+    imageFresh = false;
     g.drawImage(image, 0, 0, this);
   }
 
   /**
    * non-Thread safe repaint
-   *
+   * 
    * @param horizontal
    *          repaint with horizontal shift in alignment
    */
@@ -750,10 +844,12 @@ public class AnnotationPanel extends JPanel implements AwtRenderPanelI,
     repaint();
 
   }
-  private volatile boolean lastImageGood=false;
+
+  private volatile boolean lastImageGood = false;
+
   /**
    * DOCUMENT ME!
-   *
+   * 
    * @param g
    *          DOCUMENT ME!
    * @param startRes
@@ -763,21 +859,23 @@ public class AnnotationPanel extends JPanel implements AwtRenderPanelI,
    */
   public void drawComponent(Graphics g, int startRes, int endRes)
   {
-    BufferedImage oldFaded=fadedImage;
+    BufferedImage oldFaded = fadedImage;
     if (av.isCalcInProgress())
     {
       if (image == null)
       {
-        lastImageGood=false;
+        lastImageGood = false;
         return;
       }
       // We'll keep a record of the old image,
       // and draw a faded image until the calculation
       // has completed
-      if (lastImageGood && (fadedImage == null || fadedImage.getWidth() != imgWidth
-              || fadedImage.getHeight() != image.getHeight()))
+      if (lastImageGood
+              && (fadedImage == null || fadedImage.getWidth() != imgWidth || fadedImage
+                      .getHeight() != image.getHeight()))
       {
-//        System.err.println("redraw faded image ("+(fadedImage==null ? "null image" : "") + " lastGood="+lastImageGood+")");
+        // System.err.println("redraw faded image ("+(fadedImage==null ?
+        // "null image" : "") + " lastGood="+lastImageGood+")");
         fadedImage = new BufferedImage(imgWidth, image.getHeight(),
                 BufferedImage.TYPE_INT_RGB);
 
@@ -791,19 +889,20 @@ public class AnnotationPanel extends JPanel implements AwtRenderPanelI,
         fadedG.drawImage(image, 0, 0, this);
 
       }
-      // make sure we don't overwrite the last good faded image until all calculations have finished
-      lastImageGood=false;
+      // make sure we don't overwrite the last good faded image until all
+      // calculations have finished
+      lastImageGood = false;
 
     }
     else
     {
-      if (fadedImage!=null)
+      if (fadedImage != null)
       {
-        oldFaded=fadedImage;
+        oldFaded = fadedImage;
       }
       fadedImage = null;
     }
-
+    
     g.setColor(Color.white);
     g.fillRect(0, 0, (endRes - startRes) * av.charWidth, getHeight());
 
@@ -826,10 +925,11 @@ public class AnnotationPanel extends JPanel implements AwtRenderPanelI,
 
       return;
     }
-    lastImageGood = renderer.drawComponent(this, av, g, activeRow, startRes, endRes);
-    if (!lastImageGood && fadedImage==null)
+    lastImageGood = renderer.drawComponent(this, av, g, activeRow,
+            startRes, endRes);
+    if (!lastImageGood && fadedImage == null)
     {
-      fadedImage=oldFaded;
+      fadedImage = oldFaded;
     }
   }