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JAL-1130 trial view of new logo on splashscreen.
[jalview.git] / src / jalview / gui / Desktop.java
diff --git a/src/jalview/gui/Desktop.java b/src/jalview/gui/Desktop.java
index b6cbea3..6018b28 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/Desktop.java
+++ b/src/jalview/gui/Desktop.java
@@ -1,6 +1,6 @@
 /*
  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
- * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+ * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
  * 
  * This file is part of Jalview.
  * 
@@ -1060,30 +1060,77 @@ public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop implements
    */
   public void aboutMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
   {
-    StringBuffer message = new StringBuffer("Jalview version "
-            + jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION") + "; last updated: "
-            + jalview.bin.Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown"));
+    StringBuffer message = getAboutMessage(false);
+    JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
+
+    message.toString(), "About Jalview", JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);
+  }
 
-    if (!jalview.bin.Cache.getProperty("LATEST_VERSION").equals(
-            jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")))
+  public StringBuffer getAboutMessage(boolean shortv)
+  {
+    StringBuffer message = new StringBuffer();
+    message.append("<html>");
+    if (shortv)
     {
-      message.append("\n\n!! Jalview version "
-              + jalview.bin.Cache.getProperty("LATEST_VERSION")
-              + " is available for download from "+jalview.bin.Cache.getDefault("www.jalview.org","http://www.jalview.org")+" !!\n");
+      message.append("<h1><strong>Version: "
+              + jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")
+              + "</strong></h1><br>");
+      message.append("<strong>Last Updated: <em>"
+              + jalview.bin.Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown")
+              + "</em></strong>");
 
     }
-    // TODO: update this text for each release or centrally store it for lite
-    // and application
-    message.append("\nAuthors:  Jim Procter, Andrew Waterhouse, Michele Clamp, James Cuff, Steve Searle,\n    David Martin & Geoff Barton."
-            + "\nDevelopment managed by The Barton Group, University of Dundee, Scotland, UK.\n"
-            + "\nFor help, see the FAQ at www.jalview.org and/or join the jalview-discuss@jalview.org mailing list\n"
-            + "\nIf  you use Jalview, please cite:"
-            + "\nWaterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M. and Barton, G. J. (2009)"
-            + "\nJalview Version 2 - a multiple sequence alignment editor and analysis workbench"
-            + "\nBioinformatics doi: 10.1093/bioinformatics/btp033");
-    JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
+    else
+    {
 
-    message.toString(), "About Jalview", JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);
+      message.append("<strong>Version "
+              + jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")
+              + "; last updated: "
+              + jalview.bin.Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown"));
+    }
+
+    if (jalview.bin.Cache.getDefault("LATEST_VERSION", "Checking").equals(
+            "Checking"))
+    {
+      message.append("<br>...Checking latest version...</br>");
+    }
+    else if (!jalview.bin.Cache.getDefault("LATEST_VERSION", "Checking")
+            .equals(jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")))
+    {
+      boolean red = false;
+      if (jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION").toLowerCase()
+              .indexOf("automated build") == -1)
+      {
+        red = true;
+        // Displayed when code version and jnlp version do not match and code
+        // version is not a development build
+        message.append("<div style=\"color: #FF0000;font-style: bold;\">");
+      }
+
+      message.append("<br>!! Version "
+              + jalview.bin.Cache.getDefault("LATEST_VERSION",
+                      "..Checking..")
+              + " is available for download from "
+              + jalview.bin.Cache.getDefault("www.jalview.org",
+                      "http://www.jalview.org") + " !!");
+      if (red)
+      {
+        message.append("</div>");
+      }
+    }
+    message.append("<br>Authors:  "
+            + jalview.bin.Cache
+                    .getDefault(
+                            "AUTHORNAMES",
+                            "Jim Procter, Andrew Waterhouse, Jan Engelhardt, Lauren Lui, Michele Clamp, James Cuff, Steve Searle, David Martin & Geoff Barton")
+            + "<br>Development managed by The Barton Group, University of Dundee, Scotland, UK.<br>"
+            + "<br>For help, see the FAQ at <a href=\"http://www.jalview.org\">www.jalview.org</a> and/or join the jalview-discuss@jalview.org mailing list"
+            + "<br>If  you use Jalview, please cite:"
+            + "<br>Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M. and Barton, G. J. (2009)"
+            + "<br>Jalview Version 2 - a multiple sequence alignment editor and analysis workbench"
+            + "<br>Bioinformatics doi: 10.1093/bioinformatics/btp033"
+            + "</html>");
+    return message;
   }
 
   /**
@@ -1592,7 +1639,7 @@ public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop implements
     source.viewport.gatherViewsHere = true;
     source.viewport.explodedPosition = source.getBounds();
     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
-    String viewId = source.viewport.sequenceSetID;
+    String viewId = source.viewport.getSequenceSetId();
 
     for (int t = 0; t < frames.length; t++)
     {
@@ -2281,6 +2328,20 @@ public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop implements
   }
 
   /**
+   * 
+   * @return true if any progress bars are still active
+   */
+  @Override
+  public boolean operationInProgress()
+  {
+    if (progressBars != null && progressBars.size() > 0)
+    {
+      return true;
+    }
+    return false;
+  }
+
+  /**
    * This will return the first AlignFrame viewing AlignViewport av. It will
    * break if there are more than one AlignFrames viewing a particular av. This
    *