JAL-3796 minimal steps for notarization and the entitlements.txt file needed for...
[jalview.git] / src / jalview / gui / Desktop.java
index 21092e6..abe1fad 100644 (file)
@@ -25,6 +25,7 @@ import java.awt.Color;
 import java.awt.Dimension;
 import java.awt.FontMetrics;
 import java.awt.Graphics;
+import java.awt.Graphics2D;
 import java.awt.GridLayout;
 import java.awt.Point;
 import java.awt.Rectangle;
@@ -47,6 +48,7 @@ import java.awt.event.MouseAdapter;
 import java.awt.event.MouseEvent;
 import java.awt.event.WindowAdapter;
 import java.awt.event.WindowEvent;
+import java.awt.geom.AffineTransform;
 import java.beans.PropertyChangeEvent;
 import java.beans.PropertyChangeListener;
 import java.io.File;
@@ -114,6 +116,7 @@ import jalview.project.Jalview2XML;
 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
 import jalview.urls.IdOrgSettings;
 import jalview.util.BrowserLauncher;
+import jalview.util.ChannelProperties;
 import jalview.util.ImageMaker.TYPE;
 import jalview.util.MessageManager;
 import jalview.util.Platform;
@@ -134,12 +137,35 @@ public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
         implements DropTargetListener, ClipboardOwner, IProgressIndicator,
         jalview.api.StructureSelectionManagerProvider
 {
-  private static final String CITATION = "<br><br>Development managed by The Barton Group, University of Dundee, Scotland, UK.<br>"
-          + "<br><br>For help, see the FAQ at <a href=\"http://www.jalview.org/faq\">www.jalview.org/faq</a> and/or join the jalview-discuss@jalview.org mailing list"
-          + "<br><br>If  you use Jalview, please cite:"
-          + "<br>Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M. and Barton, G. J. (2009)"
-          + "<br>Jalview Version 2 - a multiple sequence alignment editor and analysis workbench"
-          + "<br>Bioinformatics doi: 10.1093/bioinformatics/btp033";
+  private static final String CITATION;
+  static
+  {
+    URL bg_logo_url = ChannelProperties.getImageURL(
+            "bg_logo." + String.valueOf(SplashScreen.logoSize));
+    URL uod_logo_url = ChannelProperties.getImageURL(
+            "uod_banner." + String.valueOf(SplashScreen.logoSize));
+    boolean logo = (bg_logo_url != null || uod_logo_url != null);
+    StringBuilder sb = new StringBuilder();
+    sb.append(
+            "<br><br>Development managed by The Barton Group, University of Dundee, Scotland, UK.");
+    if (logo)
+    {
+      sb.append("<br>");
+    }
+    sb.append(bg_logo_url == null ? ""
+            : "<img alt=\"Barton Group logo\" src=\""
+                    + bg_logo_url.toString() + "\">");
+    sb.append(uod_logo_url == null ? ""
+            : "&nbsp;<img alt=\"University of Dundee shield\" src=\""
+                    + uod_logo_url.toString() + "\">");
+    sb.append(
+            "<br><br>For help, see the FAQ at <a href=\"https://www.jalview.org/faq\">www.jalview.org/faq</a> and/or join the jalview-discuss@jalview.org mailing list");
+    sb.append("<br><br>If  you use Jalview, please cite:"
+            + "<br>Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M. and Barton, G. J. (2009)"
+            + "<br>Jalview Version 2 - a multiple sequence alignment editor and analysis workbench"
+            + "<br>Bioinformatics doi: 10.1093/bioinformatics/btp033");
+    CITATION = sb.toString();
+  }
 
   private static final String DEFAULT_AUTHORS = "The Jalview Authors (See AUTHORS file for current list)";
 
@@ -159,6 +185,8 @@ public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
 
   private JalviewChangeSupport changeSupport = new JalviewChangeSupport();
 
+  public static boolean nosplash = false;
+
   /**
    * news reader - null if it was never started.
    */
@@ -364,7 +392,8 @@ public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
     instance = this;
 
     doConfigureStructurePrefs();
-    setTitle("Jalview " + Cache.getProperty("VERSION"));
+    setTitle(ChannelProperties.getProperty("app_name") + " "
+            + Cache.getProperty("VERSION"));
     /*
     if (!Platform.isAMac())
     {
@@ -384,6 +413,7 @@ public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
       System.out.println("Error setting APQHandlers: " + t.toString());
       // t.printStackTrace();
     }
+    setIconImages(ChannelProperties.getIconList());
 
     addWindowListener(new WindowAdapter()
     {
@@ -403,6 +433,8 @@ public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
     showMemusage.setSelected(selmemusage);
     desktop.setBackground(Color.white);
 
+    this.setIconImages(ChannelProperties.getIconList());
+
     getContentPane().setLayout(new BorderLayout());
     // alternate config - have scrollbars - see notes in JAL-153
     // JScrollPane sp = new JScrollPane();
@@ -460,15 +492,17 @@ public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
       checkURLLinks();
 
       // Spawn a thread that shows the splashscreen
-
-      SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
+      if (!nosplash)
       {
-        @Override
-        public void run()
+        SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
         {
-          new SplashScreen(true);
-        }
-      });
+          @Override
+          public void run()
+          {
+            new SplashScreen(true);
+          }
+        });
+      }
 
       // Thread off a new instance of the file chooser - this reduces the time
       // it
@@ -533,7 +567,6 @@ public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
       }
     });
     desktop.addMouseListener(ma);
-
   }
 
   /**
@@ -952,7 +985,7 @@ public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
     } catch (java.lang.ClassCastException cex)
     {
       Cache.log.warn(
-              "Squashed a possible GUI implementation error. If you can recreate this, please look at http://issues.jalview.org/browse/JAL-869",
+              "Squashed a possible GUI implementation error. If you can recreate this, please look at https://issues.jalview.org/browse/JAL-869",
               cex);
     }
   }
@@ -1159,12 +1192,12 @@ public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
     panel.add(label);
 
     /*
-     * the URL to fetch is
+     * the URL to fetch is input in
      * Java: an editable combobox with history
      * JS: (pending JAL-3038) a plain text field
      */
     JComponent history;
-    String urlBase = "http://www.";
+    String urlBase = "https://www.";
     if (Platform.isJS())
     {
       history = new JTextField(urlBase, 35);
@@ -1202,8 +1235,8 @@ public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
         @SuppressWarnings("unchecked")
         String url = (history instanceof JTextField
                 ? ((JTextField) history).getText()
-                : ((JComboBox<String>) history).getSelectedItem()
-                        .toString());
+                : ((JComboBox<String>) history).getEditor().getItem()
+                        .toString().trim());
 
         if (url.toLowerCase().endsWith(".jar"))
         {
@@ -1358,7 +1391,8 @@ public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
   public String getAboutMessage()
   {
     StringBuilder message = new StringBuilder(1024);
-    message.append("<h1><strong>Version: ")
+    message.append("<div style=\"font-family: sans-serif;\">")
+            .append("<h1><strong>Version: ")
             .append(Cache.getProperty("VERSION")).append("</strong></h1>")
             .append("<strong>Built: <em>")
             .append(Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown"))
@@ -1387,7 +1421,7 @@ public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
               .append(Cache.getDefault("LATEST_VERSION", "..Checking.."))
               .append(" is available for download from ")
               .append(Cache.getDefault("www.jalview.org",
-                      "http://www.jalview.org"))
+                      "https://www.jalview.org"))
               .append(" !!");
       if (red)
       {
@@ -1398,6 +1432,8 @@ public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
     message.append(Cache.getDefault("AUTHORFNAMES", DEFAULT_AUTHORS));
     message.append(CITATION);
 
+    message.append("</div>");
+
     return message.toString();
   }
 
@@ -1411,7 +1447,7 @@ public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
     {
       if (Platform.isJS())
       {
-        BrowserLauncher.openURL("http://www.jalview.org/help.html");
+        BrowserLauncher.openURL("https://www.jalview.org/help.html");
       }
       else
       /**
@@ -2278,6 +2314,9 @@ public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
                   10, getHeight() - fm.getHeight());
         }
       }
+
+      // output debug scale message. Important for jalview.bin.HiDPISettingTest2
+      Desktop.debugScaleMessage(Desktop.getDesktop().getGraphics());
     }
   }
 
@@ -3367,4 +3406,37 @@ public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
     }
     return result;
   }
+
+  public static final String debugScaleMessage = "Desktop graphics transform scale=";
+
+  private static boolean debugScaleMessageDone = false;
+
+  public static void debugScaleMessage(Graphics g)
+  {
+    if (debugScaleMessageDone)
+    {
+      return;
+    }
+    // output used by tests to check HiDPI scaling settings in action
+    try
+    {
+      Graphics2D gg = (Graphics2D) g;
+      if (gg != null)
+      {
+        AffineTransform t = gg.getTransform();
+        double scaleX = t.getScaleX();
+        double scaleY = t.getScaleY();
+        Cache.debug(debugScaleMessage + scaleX + " (X)");
+        Cache.debug(debugScaleMessage + scaleY + " (Y)");
+        debugScaleMessageDone = true;
+      }
+      else
+      {
+        Cache.debug("Desktop graphics null");
+      }
+    } catch (Exception e)
+    {
+      Cache.debug(Cache.getStackTraceString(e));
+    }
+  }
 }