JAL-1517 source formatting
[jalview.git] / src / jalview / gui / FeatureSettings.java
index 4e9db60..3dae4e5 100644 (file)
@@ -1,19 +1,21 @@
 /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  */
 package jalview.gui;
@@ -21,7 +23,6 @@ package jalview.gui;
 import java.io.*;
 import java.util.*;
 import java.util.List;
-
 import java.awt.*;
 import java.awt.event.*;
 import java.beans.PropertyChangeEvent;
@@ -100,12 +101,19 @@ public class FeatureSettings extends JPanel
       public void mousePressed(MouseEvent evt)
       {
         selectedRow = table.rowAtPoint(evt.getPoint());
-        if (javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))
+        if (evt.isPopupTrigger())
         {
           popupSort(selectedRow, (String) table.getValueAt(selectedRow, 0),
                   table.getValueAt(selectedRow, 1), fr.minmax, evt.getX(),
                   evt.getY());
         }
+        else if (evt.getClickCount() == 2)
+        {
+          fr.ap.alignFrame.avc.markColumnsContainingFeatures(
+                  evt.isAltDown(), evt.isShiftDown() || evt.isMetaDown(),
+                  evt.isMetaDown(),
+                  (String) table.getValueAt(selectedRow, 0));
+        }
       }
     });
 
@@ -133,7 +141,10 @@ public class FeatureSettings extends JPanel
         }
       }
     });
-
+    table.setToolTipText("<html>"
+            + JvSwingUtils
+                    .wrapTooltip("Click/drag feature types up or down to change render order.<br/>Double click to select columns containing feature in alignment/current selection<br/>Pressing Alt will select columns outside features rather than inside<br/>Pressing Shift to modify current selection (rather than clear current selection)<br/>Press CTRL or Command/Meta to toggle columns in/outside features<br/>")
+            + "</html>");
     scrollPane.setViewportView(table);
 
     dassourceBrowser = new DasSourceBrowser(this);
@@ -167,11 +178,15 @@ public class FeatureSettings extends JPanel
     frame.setContentPane(this);
     if (new jalview.util.Platform().isAMac())
     {
-      Desktop.addInternalFrame(frame, "Sequence Feature Settings", 475, 480);
+      Desktop.addInternalFrame(frame,
+              MessageManager.getString("label.sequence_feature_settings"),
+              475, 480);
     }
     else
     {
-      Desktop.addInternalFrame(frame, "Sequence Feature Settings", 400, 450);
+      Desktop.addInternalFrame(frame,
+              MessageManager.getString("label.sequence_feature_settings"),
+              400, 450);
     }
 
     frame.addInternalFrameListener(new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()
@@ -189,8 +204,11 @@ public class FeatureSettings extends JPanel
   protected void popupSort(final int selectedRow, final String type,
           final Object typeCol, final Hashtable minmax, int x, int y)
   {
-    JPopupMenu men = new JPopupMenu("Settings for " + type);
-    JMenuItem scr = new JMenuItem("Sort by Score");
+    JPopupMenu men = new JPopupMenu(MessageManager.formatMessage(
+            "label.settings_for_param", new String[]
+            { type }));
+    JMenuItem scr = new JMenuItem(
+            MessageManager.getString("label.sort_by_score"));
     men.add(scr);
     final FeatureSettings me = this;
     scr.addActionListener(new ActionListener()
@@ -203,7 +221,8 @@ public class FeatureSettings extends JPanel
       }
 
     });
-    JMenuItem dens = new JMenuItem("Sort by Density");
+    JMenuItem dens = new JMenuItem(
+            MessageManager.getString("label.sort_by_density"));
     dens.addActionListener(new ActionListener()
     {
 
@@ -292,6 +311,32 @@ public class FeatureSettings extends JPanel
         });
       }
     }
+    JMenuItem selCols = new JMenuItem(
+            MessageManager.getString("label.select_columns_containing"));
+    selCols.addActionListener(new ActionListener()
+    {
+
+      @Override
+      public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
+      {
+        fr.ap.alignFrame.avc.markColumnsContainingFeatures(false, false,
+                false, type);
+      }
+    });
+    JMenuItem clearCols = new JMenuItem(
+            MessageManager.getString("label.select_columns_not_containing"));
+    clearCols.addActionListener(new ActionListener()
+    {
+
+      @Override
+      public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
+      {
+        fr.ap.alignFrame.avc.markColumnsContainingFeatures(true, false,
+                false, type);
+      }
+    });
+    men.add(selCols);
+    men.add(clearCols);
     men.show(table, x, y);
   }
 
@@ -604,7 +649,7 @@ public class FeatureSettings extends JPanel
             { "Sequence Feature Colours" }, "Sequence Feature Colours");
     chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());
     chooser.setDialogTitle("Load Feature Colours");
-    chooser.setToolTipText("Load");
+    chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.load"));
 
     int value = chooser.showOpenDialog(this);
 
@@ -702,7 +747,7 @@ public class FeatureSettings extends JPanel
             { "Sequence Feature Colours" }, "Sequence Feature Colours");
     chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());
     chooser.setDialogTitle("Save Feature Colour Scheme");
-    chooser.setToolTipText("Save");
+    chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));
 
     int value = chooser.showSaveDialog(this);
 
@@ -925,7 +970,8 @@ public class FeatureSettings extends JPanel
       }
     });
     sortByScore.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
-    sortByScore.setText(MessageManager.getString("label.seq_sort_by_score"));
+    sortByScore
+            .setText(MessageManager.getString("label.seq_sort_by_score"));
     sortByScore.addActionListener(new ActionListener()
     {
       public void actionPerformed(ActionEvent e)
@@ -934,7 +980,8 @@ public class FeatureSettings extends JPanel
       }
     });
     sortByDens.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
-    sortByDens.setText("Seq Sort by density");
+    sortByDens.setText(MessageManager
+            .getString("label.sequence_sort_by_density"));
     sortByDens.addActionListener(new ActionListener()
     {
       public void actionPerformed(ActionEvent e)
@@ -1131,13 +1178,13 @@ public class FeatureSettings extends JPanel
   private String[] getDisplayedFeatureGroups()
   {
     String[] gps = null;
+    ArrayList<String> _gps = new ArrayList<String>();
     if (fr != null)
     {
 
       if (fr.featureGroups != null)
       {
         Iterator en = fr.featureGroups.keySet().iterator();
-        gps = new String[fr.featureColours.size()];
         int g = 0;
         boolean valid = false;
         while (en.hasNext())
@@ -1147,17 +1194,18 @@ public class FeatureSettings extends JPanel
           if (on != null && on.booleanValue())
           {
             valid = true;
-            gps[g++] = gp;
+            _gps.add(gp);
           }
         }
-        while (g < gps.length)
-        {
-          gps[g++] = null;
-        }
         if (!valid)
         {
           return null;
         }
+        else
+        {
+          gps = new String[_gps.size()];
+          _gps.toArray(gps);
+        }
       }
     }
     return gps;
@@ -1312,10 +1360,15 @@ public class FeatureSettings extends JPanel
   public void noDasSourceActive()
   {
     complete();
-    JOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.desktop,
-            MessageManager.getString("label.no_das_sources_selected_warn"),
-            MessageManager.getString("label.no_das_sources_selected_title"), JOptionPane.DEFAULT_OPTION,
-            JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);
+    JOptionPane
+            .showInternalConfirmDialog(
+                    Desktop.desktop,
+                    MessageManager
+                            .getString("label.no_das_sources_selected_warn"),
+                    MessageManager
+                            .getString("label.no_das_sources_selected_title"),
+                    JOptionPane.DEFAULT_OPTION,
+                    JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);
   }
 
   // ///////////////////////////////////////////////////////////////////////