for (int i = starty; i < alheight; i++)
{
SequenceI s = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
- if (av.hasHiddenRows())
+ if (av.isDisplayReferenceSeq() || av.hasHiddenRows())
{
setHiddenFont(s);
}
continue;
}
- if (av.hasHiddenRows())
+ if (av.isDisplayReferenceSeq() || av.hasHiddenRows())
{
setHiddenFont(sequence);
}