recalc group conserve
[jalview.git] / src / jalview / gui / IdPanel.java
index 4509ab3..00fe35f 100755 (executable)
@@ -1,26 +1,45 @@
+/*\r
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
+ * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
+ *\r
+ * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
+ * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
+ * of the License, or (at your option) any later version.\r
+ *\r
+ * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
+ * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
+ * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
+ * GNU General Public License for more details.\r
+ *\r
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
+ * along with this program; if not, write to the Free Software\r
+ * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
+ */\r
 package jalview.gui;\r
 \r
 import java.awt.*;\r
 import java.awt.event.*;\r
-\r
-import jalview.datamodel.*;\r
-\r
 import javax.swing.*;\r
 \r
-public class IdPanel extends JPanel implements MouseListener, MouseMotionListener {\r
+import jalview.datamodel.*;\r
 \r
-  protected IdCanvas       idCanvas;\r
-  protected AlignViewport  av;\r
+public class IdPanel\r
+    extends JPanel implements MouseListener,\r
+    MouseMotionListener\r
+{\r
+  protected IdCanvas idCanvas;\r
+  protected AlignViewport av;\r
   protected AlignmentPanel alignPanel;\r
-\r
-  protected int            offy;\r
-  public    int            width;\r
-  public    int            lastid;\r
-\r
+  ScrollThread scrollThread = null;\r
+  int offy;\r
+  int width;\r
+  int lastid = -1;\r
+  boolean mouseDragging = false;\r
 \r
   public IdPanel(AlignViewport av, AlignmentPanel parent)\r
   {\r
-    this.av         = av;\r
+    this.av = av;\r
     alignPanel = parent;\r
     idCanvas = new IdCanvas(av);\r
     setLayout(new BorderLayout());\r
@@ -29,105 +48,286 @@ public class IdPanel extends JPanel implements MouseListener, MouseMotionListene
     addMouseMotionListener(this);\r
   }\r
 \r
-  public void mouseMoved(MouseEvent e) {}\r
-\r
-  public void selectSeqs(int start, int end) {\r
-     if (end < start) {\r
-       int tmp = start;\r
-       start = end;\r
-       end   = tmp;\r
-     }\r
-\r
-     for (int i = start; i <= end; i++)\r
-     {\r
-       SequenceI pickedSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
-\r
-       if (av.getSelection().contains(pickedSeq))\r
-         av.getSelection().removeElement(pickedSeq);\r
-        else\r
-         av.getSelection().addElement(pickedSeq);\r
-\r
-     }\r
-\r
-     repaint();\r
+  public void mouseMoved(MouseEvent e)\r
+  {\r
+  }\r
 \r
-   }\r
+  public void mouseDragged(MouseEvent e)\r
+  {\r
+    mouseDragging = true;\r
 \r
-  public void mouseDragged(MouseEvent e) {\r
     int y = e.getY();\r
-    int seq = av.getIndex(y);\r
 \r
+    if (av.getWrapAlignment())\r
+    {\r
+      y -= (2 * av.charHeight);\r
+    }\r
 \r
+    int seq = av.getIndex(y);\r
 \r
+    if (seq < 0)\r
+    {\r
+      return;\r
+    }\r
 \r
     if (seq < lastid)\r
+    {\r
       selectSeqs(lastid - 1, seq);\r
+    }\r
     else if (seq > lastid)\r
+    {\r
       selectSeqs(lastid + 1, seq);\r
+    }\r
 \r
     lastid = seq;\r
-\r
-    return;\r
+    alignPanel.repaint();\r
   }\r
 \r
   public void mouseClicked(MouseEvent e)\r
   {\r
     if (e.getClickCount() == 2)\r
     {\r
-       int seq = av.getIndex(e.getY());\r
-       String id = av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getName();\r
+      int y = e.getY();\r
 \r
-       try{\r
-         jalview.util.BrowserLauncher.openURL(\r
-             "http://srs.ebi.ac.uk/srs7bin/cgi-bin/wgetz?-e+[swall-id:" + id +\r
-             "]+-vn+2");\r
-       }catch(Exception ex){ex.printStackTrace();}\r
+      if (av.getWrapAlignment())\r
+      {\r
+        y -= (2 * av.charHeight);\r
+      }\r
+\r
+      int seq = av.getIndex(y);\r
+      String id = av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getName();\r
+\r
+      try\r
+      {\r
+        jalview.util.BrowserLauncher.openURL(\r
+            "http://srs.ebi.ac.uk/srs7bin/cgi-bin/wgetz?-e+[swall-id:" +\r
+            id + "]+-vn+2");\r
+      }\r
+      catch (Exception ex)\r
+      {\r
+        // TODO: JBPNote : state dependent error message for real browserLaunch problems rather than unix misconfiguration.\r
+        System.err.println(ex.getMessage() +\r
+                           "\nUnixers: Try adding this jalview.browser property line \n" +\r
+                           "in your jalview.properties file (/usr/local/bin/firefox is an exanmple browser path):\n" +\r
+                           "jalview.browser=/usr/local/bin/firefox\n");\r
+\r
+        //ex.printStackTrace();\r
+      }\r
+    }\r
+  }\r
+\r
+  public void mouseEntered(MouseEvent e)\r
+  {\r
+    if (scrollThread != null)\r
+    {\r
+      scrollThread.running = false;\r
+    }\r
+  }\r
+\r
+  public void mouseExited(MouseEvent e)\r
+  {\r
+    if (av.getWrapAlignment())\r
+    {\r
+      return;\r
+    }\r
+\r
+    if (mouseDragging && (e.getY() < 0) && (av.getStartSeq() > 0))\r
+    {\r
+      scrollThread = new ScrollThread(true);\r
     }\r
 \r
+    if (mouseDragging && (e.getY() >= getHeight()) &&\r
+        (av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq()))\r
+    {\r
+      scrollThread = new ScrollThread(false);\r
+    }\r
   }\r
-  public void mouseEntered(MouseEvent e) { }\r
-  public void mouseExited (MouseEvent e) { }\r
 \r
-  public void mousePressed(MouseEvent e) {\r
+  public void mousePressed(MouseEvent e)\r
+  {\r
     if (e.getClickCount() == 2)\r
+    {\r
       return;\r
+    }\r
 \r
     int y = e.getY();\r
+\r
+    if (av.getWrapAlignment())\r
+    {\r
+      y -= (2 * av.charHeight);\r
+    }\r
+\r
     int seq = av.getIndex(y);\r
 \r
+    if (seq == -1)\r
+    {\r
+      return;\r
+    }\r
 \r
-      if( javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(e))\r
-      {\r
-        String id = av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getName();\r
-        String s = (String)JOptionPane.showInternalInputDialog(\r
-                    this,\r
-                    "Edit sequence name",\r
-                    "Edit sequence name",\r
-                    JOptionPane.PLAIN_MESSAGE,\r
-                    null,\r
-                    null,\r
-                    id);\r
-\r
-        if(s!=null)\r
-        {\r
-          av.getAlignment().getSequenceAt(seq).setName(s);\r
-          alignPanel.RefreshPanels();\r
-        }\r
+    if (javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(e))\r
+    {\r
+      jalview.gui.PopupMenu pop = new jalview.gui.PopupMenu(alignPanel,\r
+          (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq));\r
+      pop.show(this, e.getX(), y);\r
 \r
-      }\r
-      else\r
-      {\r
-        if (seq != -1)\r
-          selectSeqs(seq,seq);\r
+      return;\r
+    }\r
 \r
-        lastid = seq;\r
+    if (!e.isControlDown() && !e.isShiftDown() &&\r
+        (av.alignment.findGroup(av.alignment.getSequenceAt(seq)) != null))\r
+    {\r
+      SequenceGroup selection = new SequenceGroup();\r
+      SequenceGroup sg = av.alignment.findGroup(av.alignment.getSequenceAt(\r
+          seq));\r
+      selection.setStartRes(0);\r
+      selection.setEndRes(av.alignment.getWidth() - 1);\r
+\r
+      for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
+      {\r
+        selection.addSequence(sg.getSequenceAt(i), true);\r
       }\r
-    return;\r
+\r
+      av.setSelectionGroup(selection);\r
+\r
+      return;\r
+    }\r
+\r
+    if ( (av.getSelectionGroup() == null) ||\r
+        (!e.isControlDown() && (av.getSelectionGroup() != null)))\r
+    {\r
+      av.setSelectionGroup(new SequenceGroup());\r
+    }\r
+\r
+    av.getSelectionGroup().setStartRes(0);\r
+    av.getSelectionGroup().setEndRes(av.alignment.getWidth() - 1);\r
+\r
+    if (e.isShiftDown() && (lastid != -1))\r
+    {\r
+      selectSeqs(lastid, seq);\r
+    }\r
+    else\r
+    {\r
+      selectSeq(seq);\r
+    }\r
+\r
+    alignPanel.repaint();\r
+  }\r
+\r
+  void selectSeq(int seq)\r
+  {\r
+    lastid = seq;\r
+\r
+    SequenceI pickedSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
+    av.getSelectionGroup().addOrRemove(pickedSeq, true);\r
+  }\r
+\r
+  void selectSeqs(int start, int end)\r
+  {\r
+    lastid = start;\r
+\r
+    if (end < start)\r
+    {\r
+      int tmp = start;\r
+      start = end;\r
+      end = tmp;\r
+      lastid = end;\r
+    }\r
+\r
+    for (int i = start; i <= end; i++)\r
+    {\r
+      av.getSelectionGroup().addSequence(av.getAlignment().getSequenceAt(i), true);\r
+    }\r
   }\r
 \r
   public void mouseReleased(MouseEvent e)\r
   {\r
-    lastid = -1;\r
+    if (scrollThread != null)\r
+    {\r
+      scrollThread.running = false;\r
+    }\r
+\r
+    mouseDragging = false;\r
     PaintRefresher.Refresh(this);\r
   }\r
+\r
+  public void highlightSearchResults(java.util.Vector found)\r
+  {\r
+    idCanvas.setHighlighted(found);\r
+\r
+    if (found == null)\r
+    {\r
+      return;\r
+    }\r
+\r
+    int index = av.alignment.findIndex( (SequenceI) found.get(0));\r
+\r
+    // do we need to scroll the panel?\r
+    if ( (av.getStartSeq() > index) || (av.getEndSeq() < index))\r
+    {\r
+      alignPanel.setScrollValues(av.getStartRes(), index);\r
+    }\r
+  }\r
+\r
+  // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
+  class ScrollThread\r
+      extends Thread\r
+  {\r
+    boolean running = false;\r
+    boolean up = true;\r
+\r
+    public ScrollThread(boolean up)\r
+    {\r
+      this.up = up;\r
+      start();\r
+    }\r
+\r
+    public void stopScrolling()\r
+    {\r
+      running = false;\r
+    }\r
+\r
+    public void run()\r
+    {\r
+      running = true;\r
+\r
+      while (running)\r
+      {\r
+        if (alignPanel.scrollUp(up))\r
+        {\r
+          // scroll was ok, so add new sequence to selection\r
+          int seq = av.getStartSeq();\r
+\r
+          if (!up)\r
+          {\r
+            seq = av.getEndSeq();\r
+          }\r
+\r
+          if (seq < lastid)\r
+          {\r
+            selectSeqs(lastid - 1, seq);\r
+          }\r
+          else if (seq > lastid)\r
+          {\r
+            selectSeqs(lastid + 1, seq);\r
+          }\r
+\r
+          lastid = seq;\r
+        }\r
+        else\r
+        {\r
+          running = false;\r
+        }\r
+\r
+        alignPanel.repaint();\r
+\r
+        try\r
+        {\r
+          Thread.sleep(100);\r
+        }\r
+        catch (Exception ex)\r
+        {\r
+        }\r
+      }\r
+    }\r
+  }\r
 }\r