}
lastid = seq;
- alignPanel.paintAlignment(true);
+ alignPanel.paintAlignment(false);
}
/**
{
if (e.isShiftDown())
{
- alignPanel.scrollRight(true);
+ av.getRanges().scrollRight(true);
}
- else
+ else if (!av.getWrapAlignment())
{
- alignPanel.scrollUp(false);
+ av.getRanges().scrollUp(false);
}
}
else
{
if (e.isShiftDown())
{
- alignPanel.scrollRight(false);
+ av.getRanges().scrollRight(false);
}
- else
+ else if (!av.getWrapAlignment())
{
- alignPanel.scrollUp(true);
+ av.getRanges().scrollUp(true);
}
}
}
return;
}
- if (mouseDragging && (e.getY() < 0) && (av.getStartSeq() > 0))
+ if (mouseDragging && (e.getY() < 0)
+ && (av.getRanges().getStartSeq() > 0))
{
scrollThread = new ScrollThread(true);
}
if (mouseDragging && (e.getY() >= getHeight())
- && (av.getAlignment().getHeight() > av.getEndSeq()))
+ && (av.getAlignment().getHeight() > av.getRanges().getEndSeq()))
{
scrollThread = new ScrollThread(false);
}
av.isSelectionGroupChanged(true);
- alignPanel.paintAlignment(true);
+ alignPanel.paintAlignment(false);
}
/**
int index = av.getAlignment().findIndex(list.get(0));
// do we need to scroll the panel?
- if ((av.getStartSeq() > index) || (av.getEndSeq() < index))
+ if ((av.getRanges().getStartSeq() > index)
+ || (av.getRanges().getEndSeq() < index))
{
- alignPanel.setScrollValues(av.getStartRes(), index);
+ av.getRanges().setStartSeq(index);
}
}
while (running)
{
- if (alignPanel.scrollUp(up))
+ if (av.getRanges().scrollUp(up))
{
// scroll was ok, so add new sequence to selection
- int seq = av.getStartSeq();
+ int seq = av.getRanges().getStartSeq();
if (!up)
{
- seq = av.getEndSeq();
+ seq = av.getRanges().getEndSeq();
}
if (seq < lastid)