git://source.jalview.org / jalview.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
JAL-1499 MEGA format, JAL-1421 List<String> url links
[jalview.git] / src / jalview / gui / IdPanel.java
diff --git a/src/jalview/gui/IdPanel.java b/src/jalview/gui/IdPanel.java
index d50f06c..c86240f 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/IdPanel.java
+++ b/src/jalview/gui/IdPanel.java
@@ -1,6 +1,6 @@
 /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2b1)
- * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
  * 
  * This file is part of Jalview.
  * 
@@ -27,6 +27,7 @@ import jalview.datamodel.SequenceI;
 import jalview.io.SequenceAnnotationReport;
 import jalview.util.MessageManager;
 import jalview.util.UrlLink;
+import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
 
 import java.awt.BorderLayout;
 import java.awt.event.MouseEvent;
@@ -34,8 +35,8 @@ import java.awt.event.MouseListener;
 import java.awt.event.MouseMotionListener;
 import java.awt.event.MouseWheelEvent;
 import java.awt.event.MouseWheelListener;
+import java.util.ArrayList;
 import java.util.List;
-import java.util.Vector;
 
 import javax.swing.JOptionPane;
 import javax.swing.JPanel;
@@ -54,7 +55,7 @@ public class IdPanel extends JPanel implements MouseListener,
 {
   private IdCanvas idCanvas;
 
-  protected AlignViewport av;
+  protected AlignmentViewport av;
 
   protected AlignmentPanel alignPanel;
 
@@ -108,10 +109,9 @@ public class IdPanel extends JPanel implements MouseListener,
     {
       SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
       StringBuffer tip = new StringBuffer(64);
-      seqAnnotReport
-              .createSequenceAnnotationReport(tip, sequence,
-                      av.isShowDbRefs(), av.isShowNpFeats(),
-                      sp.seqCanvas.fr.getMinMax());
+      seqAnnotReport.createSequenceAnnotationReport(tip, sequence,
+              av.isShowDBRefs(), av.isShowNPFeats(),
+              sp.seqCanvas.fr.getMinMax());
       setToolTipText("<html>" + sequence.getDisplayId(true) + " "
               + tip.toString() + "</html>");
     }
@@ -196,7 +196,7 @@ public class IdPanel extends JPanel implements MouseListener,
       return;
     }
 
-    Vector links = Preferences.sequenceURLLinks;
+    List<String> links = Preferences.getSequenceURLLinks();
     if (links == null || links.size() < 1)
     {
       return;
@@ -210,7 +210,7 @@ public class IdPanel extends JPanel implements MouseListener,
     {
       // DEFAULT LINK IS FIRST IN THE LINK LIST
       // BUT IF ITS A REGEX AND DOES NOT MATCH THE NEXT ONE WILL BE TRIED
-      url = links.elementAt(i++).toString();
+      url = links.get(i++).toString();
       jalview.util.UrlLink urlLink = null;
       try
       {
@@ -244,21 +244,14 @@ public class IdPanel extends JPanel implements MouseListener,
       jalview.util.BrowserLauncher.openURL(url);
     } catch (Exception ex)
     {
-      JOptionPane
-              .showInternalMessageDialog(
-                      Desktop.desktop,
-                      MessageManager.getString("label.web_browser_not_found_unix"),
-                      MessageManager.getString("label.web_browser_not_found"), JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
+      JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
+              MessageManager.getString("label.web_browser_not_found_unix"),
+              MessageManager.getString("label.web_browser_not_found"),
+              JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
       ex.printStackTrace();
     }
   }
 
-  /**
-   * DOCUMENT ME!
-   * 
-   * @param e
-   *          DOCUMENT ME!
-   */
   @Override
   public void mouseEntered(MouseEvent e)
   {
@@ -268,12 +261,6 @@ public class IdPanel extends JPanel implements MouseListener,
     }
   }
 
-  /**
-   * DOCUMENT ME!
-   * 
-   * @param e
-   *          DOCUMENT ME!
-   */
   @Override
   public void mouseExited(MouseEvent e)
   {
@@ -322,9 +309,9 @@ public class IdPanel extends JPanel implements MouseListener,
       Sequence sq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
       // build a new links menu based on the current links + any non-positional
       // features
-      Vector nlinks = new Vector(Preferences.sequenceURLLinks);
-      SequenceFeature sf[] = sq == null ? null : sq.getDatasetSequence()
-              .getSequenceFeatures();
+      List<String> nlinks = new ArrayList<String>(
+              Preferences.getSequenceURLLinks());
+      SequenceFeature sf[] = sq == null ? null : sq.getSequenceFeatures();
       for (int sl = 0; sf != null && sl < sf.length; sl++)
       {
         if (sf[sl].begin == sf[sl].end && sf[sl].begin == 0)
@@ -333,14 +320,14 @@ public class IdPanel extends JPanel implements MouseListener,
           {
             for (int l = 0, lSize = sf[sl].links.size(); l < lSize; l++)
             {
-              nlinks.addElement(sf[sl].links.elementAt(l));
+              nlinks.add(sf[sl].links.elementAt(l));
             }
           }
         }
       }
 
-      jalview.gui.PopupMenu pop = new jalview.gui.PopupMenu(alignPanel, sq,
-              nlinks, new Vector(Preferences.getGroupURLLinks()));
+      PopupMenu pop = new PopupMenu(alignPanel, sq, nlinks,
+              Preferences.getGroupURLLinks());
       pop.show(this, e.getX(), e.getY());
 
       return;
@@ -363,6 +350,9 @@ public class IdPanel extends JPanel implements MouseListener,
     {
       selectSeq(seq);
     }
+    // TODO is this addition ok here?
+    av.isSelectionGroupChanged(true);
+
     alignPanel.paintAlignment(true);
   }