git://source.jalview.org / jalview.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
JAL-1421 typed map / lists, explicit imports, method refactoring
[jalview.git] / src / jalview / gui / IdPanel.java
diff --git a/src/jalview/gui/IdPanel.java b/src/jalview/gui/IdPanel.java
index 6b1109a..eb5faa1 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/IdPanel.java
+++ b/src/jalview/gui/IdPanel.java
@@ -1,6 +1,6 @@
 /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
- * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
  * 
  * This file is part of Jalview.
  * 
@@ -27,6 +27,7 @@ import jalview.datamodel.SequenceI;
 import jalview.io.SequenceAnnotationReport;
 import jalview.util.MessageManager;
 import jalview.util.UrlLink;
+import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
 
 import java.awt.BorderLayout;
 import java.awt.event.MouseEvent;
@@ -52,9 +53,9 @@ import javax.swing.ToolTipManager;
 public class IdPanel extends JPanel implements MouseListener,
         MouseMotionListener, MouseWheelListener
 {
-  protected IdCanvas idCanvas;
+  private IdCanvas idCanvas;
 
-  protected AlignViewport av;
+  protected AlignmentViewport av;
 
   protected AlignmentPanel alignPanel;
 
@@ -81,11 +82,11 @@ public class IdPanel extends JPanel implements MouseListener,
   {
     this.av = av;
     alignPanel = parent;
-    idCanvas = new IdCanvas(av);
+    setIdCanvas(new IdCanvas(av));
     linkImageURL = getClass().getResource("/images/link.gif").toString();
     seqAnnotReport = new SequenceAnnotationReport(linkImageURL);
     setLayout(new BorderLayout());
-    add(idCanvas, BorderLayout.CENTER);
+    add(getIdCanvas(), BorderLayout.CENTER);
     addMouseListener(this);
     addMouseMotionListener(this);
     addMouseWheelListener(this);
@@ -102,18 +103,17 @@ public class IdPanel extends JPanel implements MouseListener,
   @Override
   public void mouseMoved(MouseEvent e)
   {
-    SeqPanel sp = alignPanel.seqPanel;
+    SeqPanel sp = alignPanel.getSeqPanel();
     int seq = Math.max(0, sp.findSeq(e));
     if (seq > -1 && seq < av.getAlignment().getHeight())
     {
       SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
       StringBuffer tip = new StringBuffer(64);
-      seqAnnotReport
-              .createSequenceAnnotationReport(tip, sequence,
-                      av.isShowDbRefs(), av.isShowNpFeats(),
-                      sp.seqCanvas.fr.minmax);
-      setToolTipText("<html>" + sequence.getDisplayId(true) + " "
-              + tip.toString() + "</html>");
+      seqAnnotReport.createSequenceAnnotationReport(tip, sequence,
+              av.isShowDBRefs(), av.isShowNPFeats(),
+              sp.seqCanvas.fr.getMinMax());
+      setToolTipText(JvSwingUtils.wrapTooltip(true,
+              sequence.getDisplayId(true) + " " + tip.toString()));
     }
   }
 
@@ -128,7 +128,7 @@ public class IdPanel extends JPanel implements MouseListener,
   {
     mouseDragging = true;
 
-    int seq = Math.max(0, alignPanel.seqPanel.findSeq(e));
+    int seq = Math.max(0, alignPanel.getSeqPanel().findSeq(e));
 
     if (seq < lastid)
     {
@@ -202,7 +202,7 @@ public class IdPanel extends JPanel implements MouseListener,
       return;
     }
 
-    int seq = alignPanel.seqPanel.findSeq(e);
+    int seq = alignPanel.getSeqPanel().findSeq(e);
     String url = null;
     int i = 0;
     String id = av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getName();
@@ -244,11 +244,10 @@ public class IdPanel extends JPanel implements MouseListener,
       jalview.util.BrowserLauncher.openURL(url);
     } catch (Exception ex)
     {
-      JOptionPane
-              .showInternalMessageDialog(
-                      Desktop.desktop,
-                      MessageManager.getString("label.web_browser_not_found_unix"),
-                      MessageManager.getString("label.web_browser_not_found"), JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
+      JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
+              MessageManager.getString("label.web_browser_not_found_unix"),
+              MessageManager.getString("label.web_browser_not_found"),
+              JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
       ex.printStackTrace();
     }
   }
@@ -315,32 +314,35 @@ public class IdPanel extends JPanel implements MouseListener,
       return;
     }
 
-    int seq = alignPanel.seqPanel.findSeq(e);
+    int seq = alignPanel.getSeqPanel().findSeq(e);
 
     if (SwingUtilities.isRightMouseButton(e))
     {
       Sequence sq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
       // build a new links menu based on the current links + any non-positional
       // features
-      Vector nlinks = new Vector(Preferences.sequenceURLLinks);
-      SequenceFeature sf[] = sq == null ? null : sq.getDatasetSequence()
-              .getSequenceFeatures();
-      for (int sl = 0; sf != null && sl < sf.length; sl++)
+      Vector<String> nlinks = new Vector<String>(
+              Preferences.sequenceURLLinks);
+      SequenceFeature sfs[] = sq == null ? null : sq.getSequenceFeatures();
+      if (sfs != null)
       {
-        if (sf[sl].begin == sf[sl].end && sf[sl].begin == 0)
+        for (SequenceFeature sf : sfs)
         {
-          if (sf[sl].links != null && sf[sl].links.size() > 0)
+          if (sf.begin == sf.end && sf.begin == 0)
           {
-            for (int l = 0, lSize = sf[sl].links.size(); l < lSize; l++)
+            if (sf.links != null && sf.links.size() > 0)
             {
-              nlinks.addElement(sf[sl].links.elementAt(l));
+              for (int l = 0, lSize = sf.links.size(); l < lSize; l++)
+              {
+                nlinks.addElement(sf.links.elementAt(l));
+              }
             }
           }
         }
       }
 
-      jalview.gui.PopupMenu pop = new jalview.gui.PopupMenu(alignPanel, sq,
-              nlinks, new Vector(Preferences.getGroupURLLinks()));
+      PopupMenu pop = new PopupMenu(alignPanel, sq, nlinks,
+              Preferences.getGroupURLLinks());
       pop.show(this, e.getX(), e.getY());
 
       return;
@@ -363,6 +365,9 @@ public class IdPanel extends JPanel implements MouseListener,
     {
       selectSeq(seq);
     }
+    // TODO is this addition ok here?
+    av.isSelectionGroupChanged(true);
+
     alignPanel.paintAlignment(true);
   }
 
@@ -443,7 +448,7 @@ public class IdPanel extends JPanel implements MouseListener,
    */
   public void highlightSearchResults(List<SequenceI> list)
   {
-    idCanvas.setHighlighted(list);
+    getIdCanvas().setHighlighted(list);
 
     if (list == null)
     {
@@ -459,6 +464,16 @@ public class IdPanel extends JPanel implements MouseListener,
     }
   }
 
+  public IdCanvas getIdCanvas()
+  {
+    return idCanvas;
+  }
+
+  public void setIdCanvas(IdCanvas idCanvas)
+  {
+    this.idCanvas = idCanvas;
+  }
+
   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment
   class ScrollThread extends Thread
   {