git://source.jalview.org / jalview.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
JAL-1807 explicit imports (jalview.ws.*)
[jalview.git] / src / jalview / gui / IdPanel.java
diff --git a/src/jalview/gui/IdPanel.java b/src/jalview/gui/IdPanel.java
index 6aad6c5..fe05c4d 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/IdPanel.java
+++ b/src/jalview/gui/IdPanel.java
@@ -20,13 +20,16 @@
  */
 package jalview.gui;
 
+import jalview.bin.Cache;
 import jalview.datamodel.Sequence;
 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
 import jalview.datamodel.SequenceI;
 import jalview.io.SequenceAnnotationReport;
+import jalview.util.BrowserLauncher;
 import jalview.util.MessageManager;
 import jalview.util.UrlLink;
+import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
 
 import java.awt.BorderLayout;
 import java.awt.event.MouseEvent;
@@ -54,7 +57,7 @@ public class IdPanel extends JPanel implements MouseListener,
 {
   private IdCanvas idCanvas;
 
-  protected AlignViewport av;
+  protected AlignmentViewport av;
 
   protected AlignmentPanel alignPanel;
 
@@ -110,7 +113,7 @@ public class IdPanel extends JPanel implements MouseListener,
       StringBuffer tip = new StringBuffer(64);
       seqAnnotReport
               .createSequenceAnnotationReport(tip, sequence,
-                      av.isShowDbRefs(), av.isShowNpFeats(),
+              av.isShowDBRefs(), av.isShowNPFeats(),
                       sp.seqCanvas.fr.getMinMax());
       setToolTipText("<html>" + sequence.getDisplayId(true) + " "
               + tip.toString() + "</html>");
@@ -211,13 +214,13 @@ public class IdPanel extends JPanel implements MouseListener,
       // DEFAULT LINK IS FIRST IN THE LINK LIST
       // BUT IF ITS A REGEX AND DOES NOT MATCH THE NEXT ONE WILL BE TRIED
       url = links.elementAt(i++).toString();
-      jalview.util.UrlLink urlLink = null;
+      UrlLink urlLink = null;
       try
       {
         urlLink = new UrlLink(url);
       } catch (Exception foo)
       {
-        jalview.bin.Cache.log.error("Exception for URLLink '" + url + "'",
+        Cache.log.error("Exception for URLLink '" + url + "'",
                 foo);
         url = null;
         continue;
@@ -225,7 +228,7 @@ public class IdPanel extends JPanel implements MouseListener,
       ;
       if (!urlLink.isValid())
       {
-        jalview.bin.Cache.log.error(urlLink.getInvalidMessage());
+        Cache.log.error(urlLink.getInvalidMessage());
         url = null;
         continue;
       }
@@ -241,7 +244,7 @@ public class IdPanel extends JPanel implements MouseListener,
     }
     try
     {
-      jalview.util.BrowserLauncher.openURL(url);
+      BrowserLauncher.openURL(url);
     } catch (Exception ex)
     {
       JOptionPane
@@ -323,8 +326,7 @@ public class IdPanel extends JPanel implements MouseListener,
       // build a new links menu based on the current links + any non-positional
       // features
       Vector nlinks = new Vector(Preferences.sequenceURLLinks);
-      SequenceFeature sf[] = sq == null ? null : sq.getDatasetSequence()
-              .getSequenceFeatures();
+      SequenceFeature sf[] = sq == null ? null : sq.getSequenceFeatures();
       for (int sl = 0; sf != null && sl < sf.length; sl++)
       {
         if (sf[sl].begin == sf[sl].end && sf[sl].begin == 0)
@@ -339,7 +341,7 @@ public class IdPanel extends JPanel implements MouseListener,
         }
       }
 
-      jalview.gui.PopupMenu pop = new jalview.gui.PopupMenu(alignPanel, sq,
+      PopupMenu pop = new PopupMenu(alignPanel, sq,
               nlinks, new Vector(Preferences.getGroupURLLinks()));
       pop.show(this, e.getX(), e.getY());
 
@@ -363,6 +365,9 @@ public class IdPanel extends JPanel implements MouseListener,
     {
       selectSeq(seq);
     }
+    // TODO is this addition ok here?
+    av.isSelectionGroupChanged(true);
+
     alignPanel.paintAlignment(true);
   }