Use ACCESSION_ID for database accession id, and SEQUENCE_ID for sequence
[jalview.git] / src / jalview / gui / Preferences.java
index b36a73d..be0ac05 100755 (executable)
@@ -21,8 +21,8 @@
 package jalview.gui;
 
 import static jalview.util.UrlConstants.EMBLEBI_STRING;
-import static jalview.util.UrlConstants.OLD_EMBLEBI_STRING;
 import static jalview.util.UrlConstants.SEQUENCE_ID;
+import static jalview.util.UrlConstants.SEQUENCE_NAME;
 import static jalview.util.UrlConstants.SRS_STRING;
 
 import jalview.analysis.AnnotationSorter.SequenceAnnotationOrder;
@@ -127,6 +127,10 @@ public class Preferences extends GPreferences
         String url = st.nextToken();
         // check for '|' within a regex
         int rxstart = url.indexOf("$" + SEQUENCE_ID + "$");
+        if (rxstart == -1)
+        {
+          rxstart = url.indexOf("$" + SEQUENCE_NAME + "$");
+        }
         while (rxstart == -1 && url.indexOf("/=$") == -1)
         {
           url = url + "|" + st.nextToken();
@@ -144,12 +148,6 @@ public class Preferences extends GPreferences
       {
         sequenceURLLinks.setElementAt(EMBLEBI_STRING, srsPos);
       }
-      // upgrade old EMBL-EBI link
-      int emblPos = sequenceURLLinks.indexOf(OLD_EMBLEBI_STRING);
-      if (emblPos > -1)
-      {
-        sequenceURLLinks.setElementAt(EMBLEBI_STRING, emblPos);
-      }
     }
 
     /**