res = av.getAlignment().getHiddenColumns().adjustForHiddenColumns(res);
- if (av.getAlignment().getHiddenColumns().getListOfCols() != null)
+ if (av.getAlignment().getHiddenColumns().getHiddenRegions() != null)
{
for (int[] region : av.getAlignment().getHiddenColumns()
- .getListOfCols())
+ .getHiddenRegions())
{
if (res + 1 == region[0] || res - 1 == region[1])
{
gg.setColor(Color.blue);
int res;
- if (av.getShowHiddenMarkers() && hidden.getListOfCols() != null)
+ if (av.getShowHiddenMarkers() && hidden.getHiddenRegions() != null)
{
- for (int i = 0; i < hidden.getListOfCols()
+ for (int i = 0; i < hidden.getHiddenRegions()
.size(); i++)
{
res = hidden.findHiddenRegionPosition(i)