int x = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();
final int res;
- if (av.hasHiddenColumns)
+ if (av.hasHiddenColumns())
{
x = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(x);
}
- if (x >= av.alignment.getWidth())
+ if (x >= av.getAlignment().getWidth())
{
- res = av.alignment.getWidth() - 1;
+ res = av.getAlignment().getWidth() - 1;
}
else
{
{
av.hideColumns(res, res);
if (av.getSelectionGroup() != null
- && av.getSelectionGroup().getSize() == av.alignment
+ && av.getSelectionGroup().getSize() == av.getAlignment()
.getHeight())
{
av.setSelectionGroup(null);
av.getColumnSelection().addElement(res);
SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
// try to be as quick as possible
- SequenceI[] iVec = av.alignment.getSequencesArray();
+ SequenceI[] iVec = av.getAlignment().getSequencesArray();
for (int i = 0; i < iVec.length; i++)
{
sg.addSequence(iVec[i], false);
int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();
- if (av.hasHiddenColumns)
+ if (av.hasHiddenColumns())
{
res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);
}
- if (res >= av.alignment.getWidth())
+ if (res >= av.getAlignment().getWidth())
{
- res = av.alignment.getWidth() - 1;
+ res = av.getAlignment().getWidth() - 1;
}
if (!stretchingGroup)
res = 0;
}
- if (av.hasHiddenColumns)
+ if (av.hasHiddenColumns())
{
res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);
}
- if (res >= av.alignment.getWidth())
+ if (res >= av.getAlignment().getWidth())
{
- res = av.alignment.getWidth() - 1;
+ res = av.getAlignment().getWidth() - 1;
}
if (res < min)
public void mouseMoved(MouseEvent evt)
{
- if (!av.hasHiddenColumns)
+ if (!av.hasHiddenColumns())
{
return;
}
for (int i = 0; i < cs.size(); i++)
{
int sel = cs.columnAt(i);
- if (av.hasHiddenColumns)
+ if (av.hasHiddenColumns())
{
if (cs.isVisible(sel))
{
}
}
- if (av.hasHiddenColumns)
+ if (av.hasHiddenColumns())
{
gg.setColor(Color.blue);
int res;