package jalview.gui;
import jalview.datamodel.AlignmentI;
+import jalview.datamodel.HiddenColumns;
import jalview.datamodel.SearchResultsI;
import jalview.datamodel.SequenceGroup;
import jalview.datamodel.SequenceI;
if (av.hasHiddenColumns())
{
- startx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(startx);
- endx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(endx);
+ startx = av.getAlignment().getHiddenColumns()
+ .adjustForHiddenColumns(startx);
+ endx = av.getAlignment().getHiddenColumns()
+ .adjustForHiddenColumns(endx);
}
int maxwidth = av.getAlignment().getWidth();
if (av.hasHiddenColumns())
{
- maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;
+ maxwidth = av.getAlignment().getHiddenColumns()
+ .findColumnPosition(maxwidth) - 1;
}
// WEST SCALE
if (av.hasHiddenColumns())
{
- endx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(endx);
+ endx = av.getAlignment().getHiddenColumns()
+ .adjustForHiddenColumns(endx);
}
SequenceI seq;
if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left
{
- er++;
transX = (er - sr - horizontal) * charWidth;
sr = er - horizontal;
}
else if (horizontal < 0)
{
- er = sr - horizontal - 1;
+ er = sr - horizontal;
}
else if (vertical > 0) // scroll down
{
av.setWrappedWidth(cWidth);
- av.getRanges().setEndRes(av.getRanges().getStartRes() + cWidth);
+ av.getRanges().setEndRes(av.getRanges().getStartRes() + cWidth - 1);
int endx;
int ypos = hgap;
if (av.hasHiddenColumns())
{
- maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;
+ maxwidth = av.getAlignment().getHiddenColumns()
+ .findColumnPosition(maxwidth) - 1;
}
while ((ypos <= canvasHeight) && (startRes < maxwidth))
{
g.setColor(Color.blue);
int res;
- for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns()
- .size(); i++)
+ HiddenColumns hidden = av.getAlignment().getHiddenColumns();
+ for (int i = 0; i < hidden.getHiddenRegions().size(); i++)
{
- res = av.getColumnSelection().findHiddenRegionPosition(i)
- - startRes;
+ res = hidden.findHiddenRegionPosition(i) - startRes;
if (res < 0 || res > endx - startRes)
{
}
else
{
- List<int[]> regions = av.getColumnSelection().getHiddenColumns();
+ List<int[]> regions = av.getAlignment().getHiddenColumns()
+ .getHiddenRegions();
int screenY = 0;
int blockStart = startRes;
@Override
public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
{
- if (av.getWrapAlignment())
- {
-
- }
- else
+ if (!av.getWrapAlignment())
{
if (evt.getPropertyName().equals("startres")
|| evt.getPropertyName().equals("endres"))
}
fastPaint(scrollX, 0);
}
- else if (evt.getPropertyName() == "startseq"
- || evt.getPropertyName() == "endseq")
+ else if (evt.getPropertyName().equals("startseq")
+ || evt.getPropertyName().equals("endseq"))
{
fastPaint(0, (int) evt.getNewValue() - (int) evt.getOldValue());
}