Merge branch 'develop' into spike/JAL-4047/JAL-4048_columns_in_sequenceID
[jalview.git] / src / jalview / gui / SeqCanvas.java
index d1046f8..537af58 100755 (executable)
  */
 package jalview.gui;
 
-import jalview.datamodel.AlignmentI;
-import jalview.datamodel.HiddenColumns;
-import jalview.datamodel.SearchResultsI;
-import jalview.datamodel.SequenceGroup;
-import jalview.datamodel.SequenceI;
-import jalview.datamodel.VisibleContigsIterator;
-import jalview.renderer.ScaleRenderer;
-import jalview.renderer.ScaleRenderer.ScaleMark;
-import jalview.util.Comparison;
-import jalview.viewmodel.ViewportListenerI;
-import jalview.viewmodel.ViewportRanges;
-
 import java.awt.BasicStroke;
 import java.awt.BorderLayout;
 import java.awt.Color;
@@ -47,6 +35,19 @@ import java.util.List;
 
 import javax.swing.JPanel;
 
+import jalview.api.SequenceRenderer;
+import jalview.datamodel.AlignmentI;
+import jalview.datamodel.HiddenColumns;
+import jalview.datamodel.SearchResultsI;
+import jalview.datamodel.SequenceGroup;
+import jalview.datamodel.SequenceI;
+import jalview.datamodel.VisibleContigsIterator;
+import jalview.renderer.ScaleRenderer;
+import jalview.renderer.ScaleRenderer.ScaleMark;
+import jalview.util.Comparison;
+import jalview.viewmodel.ViewportListenerI;
+import jalview.viewmodel.ViewportRanges;
+
 /**
  * The Swing component on which the alignment sequences, and annotations (if
  * shown), are drawn. This includes scales above, left and right (if shown) in
@@ -56,8 +57,9 @@ import javax.swing.JPanel;
 @SuppressWarnings("serial")
 public class SeqCanvas extends JPanel implements ViewportListenerI
 {
-  /*
-   * pixels gap between sequences and annotations when in wrapped mode
+  /**
+   * vertical gap in pixels between sequences and annotations when in wrapped
+   * mode
    */
   static final int SEQS_ANNOTATION_GAP = 3;
 
@@ -75,7 +77,7 @@ public class SeqCanvas extends JPanel implements ViewportListenerI
 
   private final SequenceRenderer seqRdr;
 
-  private boolean fastPaint = false;
+  boolean fastPaint = false;
 
   private boolean fastpainting = false;
 
@@ -95,7 +97,7 @@ public class SeqCanvas extends JPanel implements ViewportListenerI
   private int wrappedVisibleWidths; // number of wrapped widths displayed
 
   // Don't do this! Graphics handles are supposed to be transient
-  //private Graphics2D gg;
+  // private Graphics2D gg;
 
   /**
    * Creates a new SeqCanvas object.
@@ -106,7 +108,7 @@ public class SeqCanvas extends JPanel implements ViewportListenerI
   {
     this.av = ap.av;
     fr = new FeatureRenderer(ap);
-    seqRdr = new SequenceRenderer(av);
+    seqRdr = new jalview.gui.SequenceRenderer(av);
     setLayout(new BorderLayout());
     PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());
     setBackground(Color.white);
@@ -116,7 +118,7 @@ public class SeqCanvas extends JPanel implements ViewportListenerI
 
   public SequenceRenderer getSequenceRenderer()
   {
-    return seqRdr; 
+    return seqRdr;
   }
 
   public FeatureRenderer getFeatureRenderer()
@@ -202,7 +204,7 @@ public class SeqCanvas extends JPanel implements ViewportListenerI
     int yPos = ypos + charHeight;
     int startX = startx;
     int endX = endx;
-    
+
     if (av.hasHiddenColumns())
     {
       HiddenColumns hiddenColumns = av.getAlignment().getHiddenColumns();
@@ -238,7 +240,6 @@ public class SeqCanvas extends JPanel implements ViewportListenerI
         }
       }
 
-      
       /*
        * white fill the space for the scale
        */
@@ -287,8 +288,7 @@ public class SeqCanvas extends JPanel implements ViewportListenerI
    */
   public void fastPaint(int horizontal, int vertical)
   {
-    // System.err.println("<<SeqCanvas fastPaint " + fastpainting + " "
-    // + horizontal + " " + vertical);
+
     // effectively:
     // if (horizontal != 0 && vertical != 0)
     // throw new InvalidArgumentException();
@@ -344,8 +344,7 @@ public class SeqCanvas extends JPanel implements ViewportListenerI
         }
       }
 
-
-      // System.err.println(">>> FastPaint to " + transX + " " + transY + " "
+      // jalview.bin.Console.errPrintln(">>> FastPaint to " + transX + " " + transY + " "
       // + horizontal + " " + vertical + " " + startRes + " " + endRes
       // + " " + startSeq + " " + endSeq);
 
@@ -357,14 +356,14 @@ public class SeqCanvas extends JPanel implements ViewportListenerI
       /** @j2sNative xxi = this.img */
 
       gg.translate(transX, transY);
-      drawPanel(gg, startRes, endRes, startSeq, endSeq, 0);
+      drawPanel(seqRdr, gg, startRes, endRes, startSeq, endSeq, 0);
       gg.translate(-transX, -transY);
       gg.dispose();
 
       // Call repaint on alignment panel so that repaints from other alignment
       // panel components can be aggregated. Otherwise performance of the
       // overview window and others may be adversely affected.
-      // System.out.println("SeqCanvas fastPaint() repaint() request...");
+      // jalview.bin.Console.outPrintln("SeqCanvas fastPaint() repaint() request...");
       av.getAlignPanel().repaint();
     } finally
     {
@@ -375,6 +374,7 @@ public class SeqCanvas extends JPanel implements ViewportListenerI
   @Override
   public void paintComponent(Graphics g)
   {
+
     int charHeight = av.getCharHeight();
     int charWidth = av.getCharWidth();
 
@@ -384,7 +384,8 @@ public class SeqCanvas extends JPanel implements ViewportListenerI
     width -= (width % charWidth);
     height -= (height % charHeight);
 
-    // BH 2019 can't possibly fastPaint if width and height are 0
+    // BH 2019 can't possibly fastPaint if either width or height is 0
+
     if (width == 0 || height == 0)
     {
       return;
@@ -396,10 +397,28 @@ public class SeqCanvas extends JPanel implements ViewportListenerI
     int endRes = ranges.getEndRes();
     int endSeq = ranges.getEndSeq();
 
-    // System.err.println(">>SeqCanvas paintComponent " + fastPaint + "\n"
-    // + getVisibleRect() + "\n" + g.getClipBounds());
-    // System.err.println(">>>>>>>>>>>>>>>>SeqCanvas paintComponent "
-    // + startRes + " " + endRes + " " + startSeq + " " + endSeq);
+    // [JAL-3226] problem that JavaScript (or Java) may consolidate multiple
+    // repaint() requests in unpredictable ways. In this case, the issue was
+    // that in response to a CTRL-C/CTRL-V paste request, in Java a fast
+    // repaint request preceded two full requests, thus resulting
+    // in a full request for paint. In constrast, in JavaScript, the three
+    // requests were bundled together into one, so the fastPaint flag was
+    // still present for the second and third request.
+    //
+    // This resulted in incomplete painting.
+    //
+    // The solution was to set seqCanvas.fastPaint and idCanvas.fastPaint false
+    // in PaintRefresher when the target to be painted is one of those two
+    // components.
+    //
+    // BH 2019.04.22
+    //
+    // An initial idea; can be removed once we determine this issue is closed:
+    // if (av.isFastPaintDisabled())
+    // {
+    // fastPaint = false;
+    // }
+
     Rectangle vis, clip;
     if (img != null
             && (fastPaint
@@ -408,26 +427,21 @@ public class SeqCanvas extends JPanel implements ViewportListenerI
                     || vis.height != clip.height))
     {
       g.drawImage(img, 0, 0, this);
-      // System.err.println(">>>>>>>>>>>>>>>>SeqCanvas paintComponent FAST");
       drawSelectionGroup((Graphics2D) g, startRes, endRes, startSeq,
               endSeq);
       fastPaint = false;
-      //System.out.println("SeqCanvas fast paint");
     }
     else
     {
-
-      System.out.println("SeqCanvas full paint");
-      /*
-       * img is a cached version of the last view we drew.
-       * If we have no img or the size has changed, make a new one
-       */
+      // img is a cached version of the last view we drew.
+      // If we have no img or the size has changed, make a new one.
+      //
       if (img == null || width != img.getWidth()
               || height != img.getHeight())
       {
         img = new BufferedImage(width, height, BufferedImage.TYPE_INT_RGB);
       }
-      
+
       Graphics2D gg = (Graphics2D) img.getGraphics();
       gg.setFont(av.getFont());
 
@@ -442,11 +456,11 @@ public class SeqCanvas extends JPanel implements ViewportListenerI
 
       if (av.getWrapAlignment())
       {
-        drawWrappedPanel(gg, width, height, ranges.getStartRes());
+        drawWrappedPanel(seqRdr, gg, getWidth(), getHeight(), ranges.getStartRes());
       }
       else
       {
-        drawPanel(gg, startRes, endRes, startSeq, endSeq, 0);
+        drawPanel(seqRdr,gg, startRes, endRes, startSeq, endSeq, 0);
       }
 
       drawSelectionGroup(gg, startRes, endRes, startSeq, endSeq);
@@ -460,7 +474,7 @@ public class SeqCanvas extends JPanel implements ViewportListenerI
       drawCursor(g, startRes, endRes, startSeq, endSeq);
     }
   }
-  
+
   /**
    * Draw an alignment panel for printing
    * 
@@ -478,10 +492,10 @@ public class SeqCanvas extends JPanel implements ViewportListenerI
   public void drawPanelForPrinting(Graphics g1, int startRes, int endRes,
           int startSeq, int endSeq)
   {
-    drawPanel(g1, startRes, endRes, startSeq, endSeq, 0);
+    SequenceRenderer localSeqR = new jalview.gui.SequenceRenderer(av);
+    drawPanel(localSeqR,g1, startRes, endRes, startSeq, endSeq, 0);
 
-    drawSelectionGroup((Graphics2D) g1, startRes, endRes,
-            startSeq, endSeq);
+    drawSelectionGroup((Graphics2D) g1, startRes, endRes, startSeq, endSeq);
   }
 
   /**
@@ -499,13 +513,14 @@ public class SeqCanvas extends JPanel implements ViewportListenerI
   public void drawWrappedPanelForPrinting(Graphics g, int canvasWidth,
           int canvasHeight, int startRes)
   {
-    drawWrappedPanel(g, canvasWidth, canvasHeight, startRes);
+    SequenceRenderer localSeqR = new jalview.gui.SequenceRenderer(av);
+    drawWrappedPanel(localSeqR, g, canvasWidth, canvasHeight, startRes);
 
     SequenceGroup group = av.getSelectionGroup();
     if (group != null)
     {
       drawWrappedSelection((Graphics2D) g, group, canvasWidth, canvasHeight,
-                startRes);
+              startRes);
     }
   }
 
@@ -525,7 +540,7 @@ public class SeqCanvas extends JPanel implements ViewportListenerI
     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 
     int labelWidth = 0;
-    
+
     if (av.getScaleRightWrapped() || av.getScaleLeftWrapped())
     {
       labelWidth = getLabelWidth(fm);
@@ -538,6 +553,20 @@ public class SeqCanvas extends JPanel implements ViewportListenerI
     return (canvasWidth - labelWidthEast - labelWidthWest) / charWidth;
   }
 
+  public int getMinimumWrappedCanvasWidth()
+  {
+    int charWidth = av.getCharWidth();
+    FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
+    int labelWidth = 0;
+    if (av.getScaleRightWrapped() || av.getScaleLeftWrapped())
+    {
+      labelWidth = getLabelWidth(fm);
+    }
+    labelWidthEast = av.getScaleRightWrapped() ? labelWidth : 0;
+    labelWidthWest = av.getScaleLeftWrapped() ? labelWidth : 0;
+    return labelWidthEast + labelWidthWest + charWidth;
+  }
+
   /**
    * Returns a pixel width sufficient to show the largest sequence coordinate
    * (end position) in the alignment, calculated as the FontMetrics width of
@@ -582,7 +611,7 @@ public class SeqCanvas extends JPanel implements ViewportListenerI
    * @param startColumn
    *          the first column (0...) of the alignment to draw
    */
-  public void drawWrappedPanel(Graphics g, int canvasWidth,
+  public void drawWrappedPanel(SequenceRenderer seqRdr, Graphics g, int canvasWidth,
           int canvasHeight, final int startColumn)
   {
     int wrappedWidthInResidues = calculateWrappedGeometry(canvasWidth,
@@ -609,9 +638,9 @@ public class SeqCanvas extends JPanel implements ViewportListenerI
     int currentWidth = 0;
     while ((currentWidth < wrappedVisibleWidths) && (start < maxWidth))
     {
-      int endColumn = Math
-              .min(maxWidth, start + wrappedWidthInResidues - 1);
-      drawWrappedWidth(g, ypos, start, endColumn, canvasHeight);
+      int endColumn = Math.min(maxWidth,
+              start + wrappedWidthInResidues - 1);
+      drawWrappedWidth(seqRdr, g, ypos, start, endColumn, canvasHeight);
       ypos += wrappedRepeatHeightPx;
       start += wrappedWidthInResidues;
       currentWidth++;
@@ -650,8 +679,7 @@ public class SeqCanvas extends JPanel implements ViewportListenerI
      * - start with space above plus sequences
      */
     wrappedRepeatHeightPx = wrappedSpaceAboveAlignment;
-    wrappedRepeatHeightPx += av.getAlignment().getHeight()
-            * charHeight;
+    wrappedRepeatHeightPx += av.getAlignment().getHeight() * charHeight;
 
     /*
      * add annotations panel height if shown
@@ -679,7 +707,7 @@ public class SeqCanvas extends JPanel implements ViewportListenerI
      * compute width in residues; this also sets East and West label widths
      */
     int wrappedWidthInResidues = getWrappedCanvasWidth(canvasWidth);
-
+    av.setWrappedWidth(wrappedWidthInResidues); // update model accordingly
     /*
      *  limit visibleWidths to not exceed width of alignment
      */
@@ -705,7 +733,7 @@ public class SeqCanvas extends JPanel implements ViewportListenerI
    * @param endColumn
    * @param canvasHeight
    */
-  protected void drawWrappedWidth(Graphics g, final int ypos,
+  protected void drawWrappedWidth(SequenceRenderer seqRdr, Graphics g, final int ypos,
           final int startColumn, final int endColumn,
           final int canvasHeight)
   {
@@ -722,7 +750,7 @@ public class SeqCanvas extends JPanel implements ViewportListenerI
     int charWidth = av.getCharWidth();
     int xOffset = labelWidthWest
             + ((startColumn - ranges.getStartRes()) % viewportWidth)
-            * charWidth;
+                    * charWidth;
 
     g.translate(xOffset, 0);
 
@@ -734,7 +762,7 @@ public class SeqCanvas extends JPanel implements ViewportListenerI
     g.fillRect(0, ypos, (endx - startColumn + 1) * charWidth,
             wrappedRepeatHeightPx);
 
-    drawPanel(g, startColumn, endx, 0, av.getAlignment().getHeight() - 1,
+    drawPanel(seqRdr, g, startColumn, endx, 0, av.getAlignment().getHeight() - 1,
             ypos);
 
     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.getCharHeight();
@@ -789,7 +817,7 @@ public class SeqCanvas extends JPanel implements ViewportListenerI
       if (av.getScaleRightWrapped())
       {
         int x = labelWidthWest + viewportWidth * charWidth;
-        
+
         g.translate(x, 0);
         drawVerticalScale(g, startCol, endColumn, ypos, false);
         g.translate(-x, 0);
@@ -801,8 +829,9 @@ public class SeqCanvas extends JPanel implements ViewportListenerI
        */
       g.translate(labelWidthWest, 0);
       g.setColor(Color.white);
-      g.fillRect(0, ypos - wrappedSpaceAboveAlignment, viewportWidth
-              * charWidth + labelWidthWest, wrappedSpaceAboveAlignment);
+      g.fillRect(0, ypos - wrappedSpaceAboveAlignment,
+              viewportWidth * charWidth + labelWidthWest,
+              wrappedSpaceAboveAlignment);
       g.setColor(Color.black);
       g.translate(-labelWidthWest, 0);
 
@@ -873,38 +902,26 @@ public class SeqCanvas extends JPanel implements ViewportListenerI
    * Draw a selection group over a wrapped alignment
    */
   private void drawWrappedSelection(Graphics2D g, SequenceGroup group,
-          int canvasWidth,
-          int canvasHeight, int startRes)
+          int canvasWidth, int canvasHeight, int startRes)
   {
-    int charHeight = av.getCharHeight();
-    int charWidth = av.getCharWidth();
-      
-    // height gap above each panel
-    int hgap = charHeight;
-    if (av.getScaleAboveWrapped())
-    {
-      hgap += charHeight;
-    }
-
-    int cWidth = (canvasWidth - labelWidthEast - labelWidthWest)
-            / charWidth;
-    int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * charHeight;
-
-    int startx = startRes;
-    int endx;
-    int ypos = hgap; // vertical offset
-    int maxwidth = av.getAlignment().getVisibleWidth();
-
     // chop the wrapped alignment extent up into panel-sized blocks and treat
     // each block as if it were a block from an unwrapped alignment
     g.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_BUTT,
             BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[]
             { 5f, 3f }, 0f));
     g.setColor(Color.RED);
+
+    int charWidth = av.getCharWidth();
+    int cWidth = (canvasWidth - labelWidthEast - labelWidthWest)
+            / charWidth;
+    int startx = startRes;
+    int maxwidth = av.getAlignment().getVisibleWidth();
+    int ypos = wrappedSpaceAboveAlignment;
+
     while ((ypos <= canvasHeight) && (startx < maxwidth))
     {
       // set end value to be start + width, or maxwidth, whichever is smaller
-      endx = startx + cWidth - 1;
+      int endx = startx + cWidth - 1;
 
       if (endx > maxwidth)
       {
@@ -912,22 +929,23 @@ public class SeqCanvas extends JPanel implements ViewportListenerI
       }
 
       g.translate(labelWidthWest, 0);
-
       drawUnwrappedSelection(g, group, startx, endx, 0,
-              av.getAlignment().getHeight() - 1,
-              ypos);
-
+              av.getAlignment().getHeight() - 1, ypos);
       g.translate(-labelWidthWest, 0);
 
-      // update vertical offset
-      ypos += cHeight + getAnnotationHeight() + hgap;
+      ypos += wrappedRepeatHeightPx;
 
-      // update horizontal offset
       startx += cWidth;
     }
     g.setStroke(new BasicStroke());
   }
 
+  /**
+   * Answers zero if annotations are not shown, otherwise recalculates and
+   * answers the total height of all annotation rows in pixels
+   * 
+   * @return
+   */
   int getAnnotationHeight()
   {
     if (!av.isShowAnnotation())
@@ -948,6 +966,7 @@ public class SeqCanvas extends JPanel implements ViewportListenerI
    * are hidden column markers in the visible region, then each sub-region
    * between the markers is drawn separately, followed by the hidden column
    * marker.
+   * @param localSeqR - sequence renderer implementation - when null, uses the one used for rendering interactive GUI
    * 
    * @param g1
    *          the graphics context, positioned at the first residue to be drawn
@@ -962,15 +981,19 @@ public class SeqCanvas extends JPanel implements ViewportListenerI
    * @param yOffset
    *          vertical offset at which to draw (for wrapped alignments)
    */
-  public void drawPanel(Graphics g1, final int startRes, final int endRes,
+  public void drawPanel(SequenceRenderer localSeqR, Graphics g1, final int startRes, final int endRes,
           final int startSeq, final int endSeq, final int yOffset)
   {
     int charHeight = av.getCharHeight();
     int charWidth = av.getCharWidth();
 
+    if (localSeqR==null)
+    {
+      localSeqR = seqRdr;
+    }
     if (!av.hasHiddenColumns())
     {
-      draw(g1, startRes, endRes, startSeq, endSeq, yOffset);
+      draw(localSeqR, g1, startRes, endRes, startSeq, endSeq, yOffset);
     }
     else
     {
@@ -994,7 +1017,7 @@ public class SeqCanvas extends JPanel implements ViewportListenerI
          */
         g1.translate(screenY * charWidth, 0);
 
-        draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, yOffset);
+        draw(localSeqR, g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, yOffset);
 
         /*
          * draw the downline of the hidden column marker (ScalePanel draws the
@@ -1019,6 +1042,7 @@ public class SeqCanvas extends JPanel implements ViewportListenerI
 
   /**
    * Draws a region of the visible alignment
+   * @param seqRdr 
    * 
    * @param g1
    * @param startRes
@@ -1032,7 +1056,7 @@ public class SeqCanvas extends JPanel implements ViewportListenerI
    * @param yOffset
    *          vertical offset at which to draw (for wrapped alignments)
    */
-  private void draw(Graphics g, int startRes, int endRes, int startSeq,
+  private void draw(SequenceRenderer seqRdr, Graphics g, int startRes, int endRes, int startSeq,
           int endSeq, int offset)
   {
     int charHeight = av.getCharHeight();
@@ -1185,8 +1209,7 @@ public class SeqCanvas extends JPanel implements ViewportListenerI
    *         the cursor drawn on it, if any
    */
   private void drawCursor(Graphics g, int startRes, int endRes,
-          int startSeq,
-          int endSeq)
+          int startSeq, int endSeq)
   {
     // convert the cursorY into a position on the visible alignment
     int cursor_ypos = cursorY;
@@ -1257,7 +1280,6 @@ public class SeqCanvas extends JPanel implements ViewportListenerI
     }
   }
 
-
   /**
    * Draw a selection group over an unwrapped alignment
    * 
@@ -1280,7 +1302,7 @@ public class SeqCanvas extends JPanel implements ViewportListenerI
           int startRes, int endRes, int startSeq, int endSeq, int offset)
   {
     int charWidth = av.getCharWidth();
-          
+
     if (!av.hasHiddenColumns())
     {
       drawPartialGroupOutline(g, group, startRes, endRes, startSeq, endSeq,
@@ -1303,8 +1325,8 @@ public class SeqCanvas extends JPanel implements ViewportListenerI
         blockStart = region[0];
 
         g.translate(screenY * charWidth, 0);
-        drawPartialGroupOutline(g, group,
-                blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);
+        drawPartialGroupOutline(g, group, blockStart, blockEnd, startSeq,
+                endSeq, offset);
 
         g.translate(-screenY * charWidth, 0);
         screenY += blockEnd - blockStart + 1;
@@ -1376,8 +1398,8 @@ public class SeqCanvas extends JPanel implements ViewportListenerI
         }
         else if (inGroup)
         {
-          drawVerticals(g, sx, xwidth, visWidth, oldY, sy);
-          drawHorizontals(g, sx, xwidth, visWidth, top, bottom);
+          drawVerticals(g, sx, xwidth, visWidth, oldY, bottom);
+          drawHorizontals(g, sx, xwidth, visWidth, top, bottom+1);
 
           // reset top and bottom
           top = -1;
@@ -1388,8 +1410,8 @@ public class SeqCanvas extends JPanel implements ViewportListenerI
       if (inGroup)
       {
         sy = verticalOffset + ((i - startSeq) * charHeight);
-        drawVerticals(g, sx, xwidth, visWidth, oldY, sy);
-        drawHorizontals(g, sx, xwidth, visWidth, top, bottom);
+        drawVerticals(g, sx, xwidth, visWidth, oldY, bottom);
+        drawHorizontals(g, sx, xwidth, visWidth, top, bottom+1);
       }
     }
   }
@@ -1473,7 +1495,7 @@ public class SeqCanvas extends JPanel implements ViewportListenerI
       g.drawLine(sx + xwidth, oldY, sx + xwidth, sy);
     }
   }
-  
+
   /**
    * Highlights search results in the visible region by rendering as white text
    * on a black background. Any previous highlighting is removed. Answers true
@@ -1489,7 +1511,7 @@ public class SeqCanvas extends JPanel implements ViewportListenerI
     return highlightSearchResults(results, false);
 
   }
-  
+
   /**
    * Highlights search results in the visible region by rendering as white text
    * on a black background. Any previous highlighting is removed. Answers true
@@ -1647,13 +1669,14 @@ public class SeqCanvas extends JPanel implements ViewportListenerI
       {
         firstCol = alignment.getHiddenColumns()
                 .absoluteToVisibleColumn(firstCol);
-        lastCol = alignment.getHiddenColumns().absoluteToVisibleColumn(lastCol);
+        lastCol = alignment.getHiddenColumns()
+                .absoluteToVisibleColumn(lastCol);
       }
       int transX = (firstCol - ranges.getStartRes()) * av.getCharWidth();
       int transY = (firstSeq - ranges.getStartSeq()) * av.getCharHeight();
       Graphics gg = img.getGraphics();
       gg.translate(transX, transY);
-      drawPanel(gg, firstCol, lastCol, firstSeq, lastSeq, 0);
+      drawPanel(seqRdr, gg, firstCol, lastCol, firstSeq, lastSeq, 0);
       gg.translate(-transX, -transY);
       gg.dispose();
     }
@@ -1665,7 +1688,7 @@ public class SeqCanvas extends JPanel implements ViewportListenerI
   public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
   {
     String eventName = evt.getPropertyName();
-    // System.err.println(">>SeqCanvas propertyChange " + eventName);
+    // jalview.bin.Console.errPrintln(">>SeqCanvas propertyChange " + eventName);
     if (eventName.equals(SequenceGroup.SEQ_GROUP_CHANGED))
     {
       fastPaint = true;
@@ -1675,7 +1698,7 @@ public class SeqCanvas extends JPanel implements ViewportListenerI
     else if (eventName.equals(ViewportRanges.MOVE_VIEWPORT))
     {
       fastPaint = false;
-      // System.err.println("!!!! fastPaint false from MOVE_VIEWPORT");
+      // jalview.bin.Console.errPrintln("!!!! fastPaint false from MOVE_VIEWPORT");
       repaint();
       return;
     }
@@ -1787,9 +1810,9 @@ public class SeqCanvas extends JPanel implements ViewportListenerI
 
     try
     {
-      
+
       Graphics gg = img.getGraphics();
-      
+
       calculateWrappedGeometry(getWidth(), getHeight());
 
       /*
@@ -1805,8 +1828,8 @@ public class SeqCanvas extends JPanel implements ViewportListenerI
       if (scrollX < 0)
       {
         int startRes = ranges.getStartRes();
-        drawWrappedWidth(gg, wrappedSpaceAboveAlignment, startRes, startRes
-                - scrollX - 1, getHeight());
+        drawWrappedWidth(seqRdr,gg, wrappedSpaceAboveAlignment, startRes,
+                startRes - scrollX - 1, getHeight());
       }
       else
       {
@@ -1819,7 +1842,7 @@ public class SeqCanvas extends JPanel implements ViewportListenerI
       drawWrappedDecorators(gg, ranges.getStartRes());
 
       gg.dispose();
-      
+
       repaint();
     } finally
     {
@@ -1844,7 +1867,7 @@ public class SeqCanvas extends JPanel implements ViewportListenerI
     }
 
     Graphics gg = img.getGraphics();
-    
+
     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
     int viewportWidth = ranges.getViewportWidth();
     int charWidth = av.getCharWidth();
@@ -1855,7 +1878,8 @@ public class SeqCanvas extends JPanel implements ViewportListenerI
      */
     int visibleWidths = wrappedVisibleWidths;
     int canvasHeight = getHeight();
-    boolean lastWidthPartHeight = (wrappedVisibleWidths * wrappedRepeatHeightPx) > canvasHeight;
+    boolean lastWidthPartHeight = (wrappedVisibleWidths
+            * wrappedRepeatHeightPx) > canvasHeight;
 
     if (lastWidthPartHeight)
     {
@@ -1871,16 +1895,15 @@ public class SeqCanvas extends JPanel implements ViewportListenerI
       /*
        * white fill first to erase annotations
        */
-      
-      
+
       gg.translate(xOffset, 0);
       gg.setColor(Color.white);
-      gg.fillRect(labelWidthWest, ypos,
-              (endRes - startRes + 1) * charWidth, wrappedRepeatHeightPx);
+      gg.fillRect(labelWidthWest, ypos, (endRes - startRes + 1) * charWidth,
+              wrappedRepeatHeightPx);
       gg.translate(-xOffset, 0);
 
-      drawWrappedWidth(gg, ypos, startRes, endRes, canvasHeight);
-      
+      drawWrappedWidth(seqRdr, gg, ypos, startRes, endRes, canvasHeight);
+
     }
 
     /*
@@ -1912,7 +1935,7 @@ public class SeqCanvas extends JPanel implements ViewportListenerI
 
     if (startRes < ranges.getVisibleAlignmentWidth())
     {
-      drawWrappedWidth(gg, ypos, startRes, endRes, canvasHeight);
+      drawWrappedWidth(seqRdr, gg, ypos, startRes, endRes, canvasHeight);
     }
 
     /*
@@ -1925,7 +1948,7 @@ public class SeqCanvas extends JPanel implements ViewportListenerI
       gg.fillRect(0, canvasHeight - heightBelow, getWidth(), heightBelow);
     }
     gg.dispose();
- }
+  }
 
   /**
    * Shifts the visible alignment by the specified number of columns - left if
@@ -2013,8 +2036,8 @@ public class SeqCanvas extends JPanel implements ViewportListenerI
         if (y + wrappedRepeatHeightPx < canvasHeight - wrappedRepeatHeightPx
                 && (xpos + viewportWidth <= xMax))
         {
-          gg.copyArea(labelWidthWest, y + wrappedRepeatHeightPx, -positions
-                  * charWidth, heightToCopy, widthToCopy,
+          gg.copyArea(labelWidthWest, y + wrappedRepeatHeightPx,
+                  -positions * charWidth, heightToCopy, widthToCopy,
                   -wrappedRepeatHeightPx);
         }
         y += wrappedRepeatHeightPx;
@@ -2024,7 +2047,6 @@ public class SeqCanvas extends JPanel implements ViewportListenerI
     gg.dispose();
   }
 
-  
   /**
    * Redraws any positions in the search results in the visible region of a
    * wrapped alignment. Any highlights are drawn depending on the search results
@@ -2058,8 +2080,8 @@ public class SeqCanvas extends JPanel implements ViewportListenerI
     }
 
     int firstVisibleColumn = ranges.getStartRes();
-    int lastVisibleColumn = ranges.getStartRes() + repeats
-            * ranges.getViewportWidth() - 1;
+    int lastVisibleColumn = ranges.getStartRes()
+            + repeats * ranges.getViewportWidth() - 1;
 
     AlignmentI alignment = av.getAlignment();
     if (av.hasHiddenColumns())
@@ -2072,7 +2094,6 @@ public class SeqCanvas extends JPanel implements ViewportListenerI
 
     int gapHeight = charHeight * (av.getScaleAboveWrapped() ? 2 : 1);
 
-    
     Graphics gg = img.getGraphics();
 
     for (int seqNo = ranges.getStartSeq(); seqNo <= ranges
@@ -2116,8 +2137,8 @@ public class SeqCanvas extends JPanel implements ViewportListenerI
                * transX: offset from left edge of canvas to residue position
                */
               int transX = labelWidthWest
-                      + ((displayColumn - ranges.getStartRes()) % wrappedWidth)
-                      * av.getCharWidth();
+                      + ((displayColumn - ranges.getStartRes())
+                              % wrappedWidth) * av.getCharWidth();
 
               /*
                * transY: offset from top edge of canvas to residue position
@@ -2135,7 +2156,7 @@ public class SeqCanvas extends JPanel implements ViewportListenerI
               {
                 matchFound = true;
                 gg.translate(transX, transY);
-                drawPanel(gg, displayColumn, displayColumn, seqNo, seqNo,
+                drawPanel(seqRdr,gg, displayColumn, displayColumn, seqNo, seqNo,
                         yOffset);
                 gg.translate(-transX, -transY);
               }
@@ -2144,7 +2165,7 @@ public class SeqCanvas extends JPanel implements ViewportListenerI
         }
       }
     }
-  
+
     gg.dispose();
 
     return matchFound;
@@ -2160,18 +2181,4 @@ public class SeqCanvas extends JPanel implements ViewportListenerI
     return labelWidthWest;
   }
 
-  /**
-   * Ensure that a full paint is done next, for whatever reason. This was
-   * necessary for JavaScript; apparently in Java the timing is just right on
-   * multiple threads (EventQueue-0, Consensus, Conservation) that we can get
-   * away with one fast paint before the others, but this ensures that in the
-   * end we get a full paint. Problem arose in relation to copy/paste, where the
-   * paste was not finalized with a full paint.
-   * 
-   * @author hansonr 2019.04.17
-   */
-  public void clearFastPaint()
-  {
-    fastPaint = false;
-  }
 }