git://source.jalview.org / jalview.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
update author list in license for (JAL-826)
[jalview.git] / src / jalview / gui / SeqPanel.java
diff --git a/src/jalview/gui/SeqPanel.java b/src/jalview/gui/SeqPanel.java
old mode 100755 (executable)
new mode 100644 (file)
index fdcfaca..1903294
--- a/src/jalview/gui/SeqPanel.java
+++ b/src/jalview/gui/SeqPanel.java
@@ -1,6 +1,6 @@
 /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
+ * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
  * 
  * This file is part of Jalview.
  * 
@@ -33,7 +33,7 @@ import jalview.structure.*;
  * DOCUMENT ME!
  * 
  * @author $author$
- * @version $Revision$
+ * @version $Revision: 1.130 $
  */
 public class SeqPanel extends JPanel implements MouseListener,
         MouseMotionListener, MouseWheelListener, SequenceListener,
@@ -123,7 +123,7 @@ public class SeqPanel extends JPanel implements MouseListener,
       addMouseMotionListener(this);
       addMouseListener(this);
       addMouseWheelListener(this);
-      ssm = StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager();
+      ssm = StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager(Desktop.instance);
       ssm.addStructureViewerListener(this);
       ssm.addSelectionListener(this);
     }
@@ -168,6 +168,11 @@ public class SeqPanel extends JPanel implements MouseListener,
     }
     else
     {
+      if (x>seqCanvas.getWidth()+seqCanvas.getWidth())
+      {
+        // make sure we calculate relative to visible alignment, rather than right-hand gutter
+        x = seqCanvas.getX()+seqCanvas.getWidth();
+      }
       res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();
     }
 
@@ -465,7 +470,7 @@ public class SeqPanel extends JPanel implements MouseListener,
     groupEditing = group;
     startseq = seqCanvas.cursorY;
     lastres = seqCanvas.cursorX;
-    editSequence(true, seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1());
+    editSequence(true, false, seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1());
     endEditing();
   }
 
@@ -474,9 +479,17 @@ public class SeqPanel extends JPanel implements MouseListener,
     groupEditing = group;
     startseq = seqCanvas.cursorY;
     lastres = seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1();
-    editSequence(false, seqCanvas.cursorX);
+    editSequence(false, false, seqCanvas.cursorX);
     endEditing();
   }
+  
+  void insertNucAtCursor(boolean group,String nuc){
+         groupEditing = group;
+           startseq = seqCanvas.cursorY;
+           lastres = seqCanvas.cursorX;
+           editSequence(false, true, seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1());
+           endEditing();
+  }
 
   void numberPressed(char value)
   {
@@ -610,8 +623,10 @@ public class SeqPanel extends JPanel implements MouseListener,
   {
     if (av.followHighlight)
     {
-      ap.scrollToPosition(results, false);
+      if (ap.scrollToPosition(results, false))
+      {
       seqCanvas.revalidate();
+      }
     }
     seqCanvas.highlightSearchResults(results);
   }
@@ -804,17 +819,20 @@ public class SeqPanel extends JPanel implements MouseListener,
                             .getType()))
             {
               tmpString = features[i].getDescription();
-              int startTag = tmpString.toUpperCase().indexOf("<HTML>");
+              String tmp2up=tmpString.toUpperCase();
+              int startTag = tmp2up.indexOf("<HTML>");
               if (startTag > -1)
               {
                 tmpString = tmpString.substring(startTag + 6);
+                tmp2up = tmp2up.substring(startTag+6);
               }
-              int endTag = tmpString.toUpperCase().indexOf("</BODY>");
+              int endTag = tmp2up.indexOf("</BODY>");
               if (endTag > -1)
               {
                 tmpString = tmpString.substring(0, endTag);
+                tmp2up = tmp2up.substring(0, endTag);
               }
-              endTag = tmpString.toUpperCase().indexOf("</HTML>");
+              endTag = tmp2up.indexOf("</HTML>");
               if (endTag > -1)
               {
                 tmpString = tmpString.substring(0, endTag);
@@ -1003,11 +1021,11 @@ public class SeqPanel extends JPanel implements MouseListener,
     if ((res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))
     {
       // dragLeft, delete gap
-      editSequence(false, res);
+      editSequence(false, false,res);
     }
     else
     {
-      editSequence(true, res);
+      editSequence(true, false,res);
     }
 
     mouseDragging = true;
@@ -1017,7 +1035,8 @@ public class SeqPanel extends JPanel implements MouseListener,
     }
   }
 
-  synchronized void editSequence(boolean insertGap, int startres)
+  //TODO: Make it more clever than many booleans
+  synchronized void editSequence(boolean insertGap, boolean editSeq, int startres)
   {
     int fixedLeft = -1;
     int fixedRight = -1;
@@ -1302,10 +1321,11 @@ public class SeqPanel extends JPanel implements MouseListener,
         {
           editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP, new SequenceI[]
           { seq }, lastres, startres - lastres, av.alignment, true);
-        }
+         }
       }
       else
       {
+       if(!editSeq){
         // dragging to the left
         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
         {
@@ -1339,6 +1359,21 @@ public class SeqPanel extends JPanel implements MouseListener,
             { seq }, startres, max, av.alignment, true);
           }
         }
+       }else{//insertGap==false AND editSeq==TRUE;
+               if (fixedColumns && fixedRight != -1)
+            {
+              for (int j = lastres; j < startres; j++)
+              {
+                insertChar(j, new SequenceI[]
+                { seq }, fixedRight);
+              }
+              }
+            else
+            {
+              editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_NUC, new SequenceI[]
+              { seq }, lastres, startres - lastres, av.alignment, true);
+             }
+       }
       }
     }
 
@@ -1875,6 +1910,7 @@ public class SeqPanel extends JPanel implements MouseListener,
     // shared between viewports.
     if (av == source
             || !av.followSelection
+            || (av.isSelectionGroupChanged(false) || av.isColSelChanged(false))
             || (source instanceof AlignViewport && ((AlignViewport) source)
                     .getSequenceSetId().equals(av.getSequenceSetId())))
     {
@@ -1885,10 +1921,10 @@ public class SeqPanel extends JPanel implements MouseListener,
     // rules are: colsel is copied if there is a real intersection between
     // sequence selection
     boolean repaint = false, copycolsel = true;
-    if (av.selectionGroup == null || !av.isSelectionGroupChanged())
+    // if (!av.isSelectionGroupChanged(false))
     {
       SequenceGroup sgroup = null;
-      if (seqsel != null)
+      if (seqsel != null && seqsel.getSize()>0)
       {
         if (av.alignment == null)
         {
@@ -1900,7 +1936,7 @@ public class SeqPanel extends JPanel implements MouseListener,
         sgroup = seqsel.intersect(av.alignment,
                 (av.hasHiddenRows) ? av.hiddenRepSequences : null);
         if ((sgroup == null || sgroup.getSize() == 0)
-                && (colsel == null || colsel.size() == 0))
+                || (colsel == null || colsel.size() == 0))
         {
           // don't copy columns if the region didn't intersect.
           copycolsel = false;
@@ -1914,9 +1950,10 @@ public class SeqPanel extends JPanel implements MouseListener,
       {
         av.setSelectionGroup(null);
       }
-      repaint = av.isSelectionGroupChanged();
+      av.isSelectionGroupChanged(true);
+      repaint = true;
     }
-    if (copycolsel && (av.colSel == null || !av.isColSelChanged()))
+    if (copycolsel)
     {
       // the current selection is unset or from a previous message
       // so import the new colsel.
@@ -1925,6 +1962,7 @@ public class SeqPanel extends JPanel implements MouseListener,
         if (av.colSel != null)
         {
           av.colSel.clear();
+          repaint=true;
         }
       }
       else
@@ -1939,7 +1977,8 @@ public class SeqPanel extends JPanel implements MouseListener,
           av.colSel.setElementsFrom(colsel);
         }
       }
-      repaint |= av.isColSelChanged();
+      av.isColSelChanged(true);
+      repaint = true;
     }
     if (copycolsel && av.hasHiddenColumns
             && (av.colSel == null || av.colSel.getHiddenColumns() == null))