Merge branch 'develop' into features/JAL-1793VCF; lambda Function for
[jalview.git] / src / jalview / gui / SeqPanel.java
index e8cc68b..282c810 100644 (file)
@@ -59,7 +59,6 @@ import java.awt.event.MouseListener;
 import java.awt.event.MouseMotionListener;
 import java.awt.event.MouseWheelEvent;
 import java.awt.event.MouseWheelListener;
-import java.util.ArrayList;
 import java.util.Collections;
 import java.util.List;
 
@@ -215,8 +214,8 @@ public class SeqPanel extends JPanel
               + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();
 
       int y = evt.getY();
-      y -= hgap;
-      x = Math.max(0, x - seqCanvas.labelWidthWest);
+      y = Math.max(0, y - hgap);
+      x = Math.max(0, x - seqCanvas.getLabelWidthWest());
 
       int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(this.getWidth());
       if (cwidth < 1)
@@ -484,7 +483,7 @@ public class SeqPanel extends JPanel
       av.setSelectionGroup(sg);
     }
 
-    ap.paintAlignment(false);
+    ap.paintAlignment(false, false);
     av.sendSelection();
   }
 
@@ -852,11 +851,12 @@ public class SeqPanel extends JPanel
 
   /**
    * set when the current UI interaction has resulted in a change that requires
-   * overview shading to be recalculated. this could be changed to something
-   * more expressive that indicates what actually has changed, so selective
-   * redraws can be applied
+   * shading in overviews and structures to be recalculated. this could be
+   * changed to a something more expressive that indicates what actually has
+   * changed, so selective redraws can be applied (ie. only structures, only
+   * overview, etc)
    */
-  private boolean needOverviewUpdate = false; // TODO: refactor to avcontroller
+  private boolean updateOverviewAndStructs = false; // TODO: refactor to avcontroller
 
   /**
    * set if av.getSelectionGroup() refers to a group that is defined on the
@@ -1057,7 +1057,7 @@ public class SeqPanel extends JPanel
         }
         if (newWidth > 0)
         {
-          ap.paintAlignment(false);
+          ap.paintAlignment(false, false);
           if (copyChanges)
           {
             /*
@@ -1111,7 +1111,7 @@ public class SeqPanel extends JPanel
     }
 
     mouseDragging = true;
-    if (scrollThread != null)
+    if ((scrollThread != null) && (scrollThread.isRunning()))
     {
       scrollThread.setEvent(evt);
     }
@@ -1537,9 +1537,9 @@ public class SeqPanel extends JPanel
       oldSeq = 0;
     }
 
-    if (scrollThread != null)
+    if ((scrollThread != null) && (scrollThread.isRunning()))
     {
-      scrollThread.running = false;
+      scrollThread.stopScrolling();
       scrollThread = null;
     }
   }
@@ -1558,7 +1558,7 @@ public class SeqPanel extends JPanel
       return;
     }
 
-    if (mouseDragging)
+    if (mouseDragging && scrollThread == null)
     {
       scrollThread = new ScrollThread();
     }
@@ -1656,7 +1656,7 @@ public class SeqPanel extends JPanel
     final int res = findColumn(evt);
     final int seq = findSeq(evt);
     oldSeq = seq;
-    needOverviewUpdate = false;
+    updateOverviewAndStructs = false;
 
     startWrapBlock = wrappedBlock;
 
@@ -1721,43 +1721,53 @@ public class SeqPanel extends JPanel
 
     if (stretchGroup == null)
     {
-      // Only if left mouse button do we want to change group sizes
+      createStretchGroup(res, sequence);
+    }
 
-      // define a new group here
-      SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
-      sg.setStartRes(res);
-      sg.setEndRes(res);
-      sg.addSequence(sequence, false);
-      av.setSelectionGroup(sg);
-      stretchGroup = sg;
+    if (stretchGroup != null)
+    {
+      stretchGroup.addPropertyChangeListener(seqCanvas);
+    }
 
-      if (av.getConservationSelected())
-      {
-        SliderPanel.setConservationSlider(ap, av.getResidueShading(),
-                ap.getViewName());
-      }
+    seqCanvas.repaint();
+  }
 
-      if (av.getAbovePIDThreshold())
-      {
-        SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getResidueShading(),
-                ap.getViewName());
-      }
-      // TODO: stretchGroup will always be not null. Is this a merge error ?
-      if ((stretchGroup != null) && (stretchGroup.getEndRes() == res))
-      {
-        // Edit end res position of selected group
-        changeEndRes = true;
-      }
-      else if ((stretchGroup != null)
-              && (stretchGroup.getStartRes() == res))
-      {
-        // Edit end res position of selected group
-        changeStartRes = true;
-      }
-      stretchGroup.getWidth();
+  private void createStretchGroup(int res, SequenceI sequence)
+  {
+    // Only if left mouse button do we want to change group sizes
+    // define a new group here
+    SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
+    sg.setStartRes(res);
+    sg.setEndRes(res);
+    sg.addSequence(sequence, false);
+    av.setSelectionGroup(sg);
+    stretchGroup = sg;
+
+    if (av.getConservationSelected())
+    {
+      SliderPanel.setConservationSlider(ap, av.getResidueShading(),
+              ap.getViewName());
     }
 
-    seqCanvas.repaint();
+    if (av.getAbovePIDThreshold())
+    {
+      SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getResidueShading(),
+              ap.getViewName());
+    }
+    // TODO: stretchGroup will always be not null. Is this a merge error ?
+    // or is there a threading issue here?
+    if ((stretchGroup != null) && (stretchGroup.getEndRes() == res))
+    {
+      // Edit end res position of selected group
+      changeEndRes = true;
+    }
+    else if ((stretchGroup != null) && (stretchGroup.getStartRes() == res))
+    {
+      // Edit end res position of selected group
+      changeStartRes = true;
+    }
+    stretchGroup.getWidth();
+
   }
 
   /**
@@ -1772,21 +1782,10 @@ public class SeqPanel extends JPanel
     final int column = findColumn(evt);
     final int seq = findSeq(evt);
     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
-    List<SequenceFeature> allFeatures = ap.getFeatureRenderer()
+    List<SequenceFeature> features = ap.getFeatureRenderer()
             .findFeaturesAtColumn(sequence, column + 1);
-    List<String> links = new ArrayList<>();
-    for (SequenceFeature sf : allFeatures)
-    {
-      if (sf.links != null)
-      {
-        for (String link : sf.links)
-        {
-          links.add(link);
-        }
-      }
-    }
 
-    PopupMenu pop = new PopupMenu(ap, null, links);
+    PopupMenu pop = new PopupMenu(ap, null, features);
     pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());
   }
 
@@ -1805,10 +1804,13 @@ public class SeqPanel extends JPanel
     {
       return;
     }
+
+    stretchGroup.removePropertyChangeListener(seqCanvas);
+
     // always do this - annotation has own state
     // but defer colourscheme update until hidden sequences are passed in
     boolean vischange = stretchGroup.recalcConservation(true);
-    needOverviewUpdate |= vischange && av.isSelectionDefinedGroup()
+    updateOverviewAndStructs |= vischange && av.isSelectionDefinedGroup()
             && afterDrag;
     if (stretchGroup.cs != null)
     {
@@ -1828,8 +1830,10 @@ public class SeqPanel extends JPanel
       }
     }
     PaintRefresher.Refresh(this, av.getSequenceSetId());
-    ap.paintAlignment(needOverviewUpdate);
-    needOverviewUpdate = false;
+    // TODO: structure colours only need updating if stretchGroup used to or now
+    // does contain sequences with structure views
+    ap.paintAlignment(updateOverviewAndStructs, updateOverviewAndStructs);
+    updateOverviewAndStructs = false;
     changeEndRes = false;
     changeStartRes = false;
     stretchGroup = null;
@@ -1883,7 +1887,7 @@ public class SeqPanel extends JPanel
       if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))
       {
         stretchGroup.setEndRes(res);
-        needOverviewUpdate |= av.isSelectionDefinedGroup();
+        updateOverviewAndStructs |= av.isSelectionDefinedGroup();
       }
     }
     else if (changeStartRes)
@@ -1891,7 +1895,7 @@ public class SeqPanel extends JPanel
       if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))
       {
         stretchGroup.setStartRes(res);
-        needOverviewUpdate |= av.isSelectionDefinedGroup();
+        updateOverviewAndStructs |= av.isSelectionDefinedGroup();
       }
     }
 
@@ -1925,7 +1929,7 @@ public class SeqPanel extends JPanel
       if (stretchGroup.getSequences(null).contains(nextSeq))
       {
         stretchGroup.deleteSequence(seq, false);
-        needOverviewUpdate |= av.isSelectionDefinedGroup();
+        updateOverviewAndStructs |= av.isSelectionDefinedGroup();
       }
       else
       {
@@ -1935,7 +1939,7 @@ public class SeqPanel extends JPanel
         }
 
         stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);
-        needOverviewUpdate |= av.isSelectionDefinedGroup();
+        updateOverviewAndStructs |= av.isSelectionDefinedGroup();
       }
     }
 
@@ -1946,21 +1950,19 @@ public class SeqPanel extends JPanel
 
     mouseDragging = true;
 
-    if (scrollThread != null)
+    if ((scrollThread != null) && (scrollThread.isRunning()))
     {
       scrollThread.setEvent(evt);
     }
-
-    seqCanvas.repaint();
   }
 
   void scrollCanvas(MouseEvent evt)
   {
     if (evt == null)
     {
-      if (scrollThread != null)
+      if ((scrollThread != null) && (scrollThread.isRunning()))
       {
-        scrollThread.running = false;
+        scrollThread.stopScrolling();
         scrollThread = null;
       }
       mouseDragging = false;
@@ -1983,7 +1985,7 @@ public class SeqPanel extends JPanel
   {
     MouseEvent evt;
 
-    boolean running = false;
+    private volatile boolean threadRunning = true;
 
     public ScrollThread()
     {
@@ -1997,37 +1999,40 @@ public class SeqPanel extends JPanel
 
     public void stopScrolling()
     {
-      running = false;
+      threadRunning = false;
+    }
+
+    public boolean isRunning()
+    {
+      return threadRunning;
     }
 
     @Override
     public void run()
     {
-      running = true;
-
-      while (running)
+      while (threadRunning)
       {
         if (evt != null)
         {
           if (mouseDragging && (evt.getY() < 0)
                   && (av.getRanges().getStartSeq() > 0))
           {
-            running = av.getRanges().scrollUp(true);
+            av.getRanges().scrollUp(true);
           }
 
           if (mouseDragging && (evt.getY() >= getHeight()) && (av
                   .getAlignment().getHeight() > av.getRanges().getEndSeq()))
           {
-            running = av.getRanges().scrollUp(false);
+            av.getRanges().scrollUp(false);
           }
 
           if (mouseDragging && (evt.getX() < 0))
           {
-            running = av.getRanges().scrollRight(false);
+            av.getRanges().scrollRight(false);
           }
           else if (mouseDragging && (evt.getX() >= getWidth()))
           {
-            running = av.getRanges().scrollRight(true);
+            av.getRanges().scrollRight(true);
           }
         }