git://source.jalview.org / jalview.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
group autocalc annotation update logic (still broken)
[jalview.git] / src / jalview / gui / SeqPanel.java
diff --git a/src/jalview/gui/SeqPanel.java b/src/jalview/gui/SeqPanel.java
index b52c710..a961928 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/SeqPanel.java
+++ b/src/jalview/gui/SeqPanel.java
@@ -1,6 +1,6 @@
 /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)
- * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)
+ * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
  * 
  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  * modify it under the terms of the GNU General Public License
@@ -690,7 +690,7 @@ public class SeqPanel extends JPanel implements MouseListener,
       int rpos;
       SequenceFeature[] features = findFeaturesAtRes(sequence
               .getDatasetSequence(), rpos = sequence.findPosition(res));
-      appendFeatures(tooltipText, linkImageURL.toString(), rpos, features);
+      appendFeatures(tooltipText, linkImageURL.toString(), rpos, features,this.ap.seqPanel.seqCanvas.fr.minmax);
     }
     if (tooltipText.length() == 6) // <html></html>
     {
@@ -710,7 +710,7 @@ public class SeqPanel extends JPanel implements MouseListener,
     }
 
   }
-
+  private Point lastp=null;
   /*
    * (non-Javadoc)
    * 
@@ -721,13 +721,16 @@ public class SeqPanel extends JPanel implements MouseListener,
     int x = event.getX(), w = getWidth();
     int wdth = (w - x < 200) ? -(w / 2) : 5; // switch sides when tooltip is too
     // close to edge
-    Point p = (tooltipText != null && tooltipText.length() > 6) ? new Point(
+    Point p = lastp;
+    if (!event.isShiftDown() || p==null) {
+      p = (tooltipText != null && tooltipText.length() > 6) ? new Point(
             event.getX() + wdth, event.getY() - 20)
             : null;
+    }
     /*
      * TODO: try to modify position region is not obcured by tooltip
      */
-    return p;
+    return lastp=p;
   }
 
   /**
@@ -740,9 +743,14 @@ public class SeqPanel extends JPanel implements MouseListener,
    * @param features
    *          TODO refactor to Jalview 'utilities' somehow.
    */
-  public static void appendFeatures(StringBuffer tooltipText2,
+  public void appendFeatures(StringBuffer tooltipText2,
           String linkImageURL, int rpos, SequenceFeature[] features)
   {
+    appendFeatures(tooltipText2,linkImageURL,rpos,features,null);
+  }
+  public void appendFeatures(StringBuffer tooltipText2, String string,
+            int rpos, SequenceFeature[] features, Hashtable minmax)
+  {
     String tmpString;
     if (features != null)
     {
@@ -831,11 +839,12 @@ public class SeqPanel extends JPanel implements MouseListener,
                 }
               }
             }
-            // TODO: check min/max range for this feature type to decide if
-            // score should be shown
-            if (features[i].getScore() != Float.NaN)
-            {
-              tooltipText2.append(" Score=" + features[i].getScore());
+            // check score should be shown
+            if (features[i].getScore() != Float.NaN) {
+              float[][] rng=(minmax==null) ? null : ((float[][])minmax.get(features[i].getType()));
+              if (rng!=null && rng[0]!=null && rng[0][0]!=rng[0][1]) {
+                tooltipText2.append(" Score=" + features[i].getScore());
+              }
             }
             if (features[i].getValue("status") != null)
             {
@@ -1457,6 +1466,7 @@ public class SeqPanel extends JPanel implements MouseListener,
     {
       ap.scrollUp(true);
     }
+    // TODO Update tooltip for new position.
   }
 
   /**
@@ -1617,6 +1627,7 @@ public class SeqPanel extends JPanel implements MouseListener,
       return;
     }
 
+    stretchGroup.recalcConservation(); // always do this - annotation has own state
     if (stretchGroup.cs != null)
     {
       if (stretchGroup.cs instanceof ClustalxColourScheme)
@@ -1626,14 +1637,6 @@ public class SeqPanel extends JPanel implements MouseListener,
                 .getWidth());
       }
 
-      if (stretchGroup.cs instanceof Blosum62ColourScheme
-              || stretchGroup.cs instanceof PIDColourScheme
-              || stretchGroup.cs.conservationApplied()
-              || stretchGroup.cs.getThreshold() > 0)
-      {
-        stretchGroup.recalcConservation();
-      }
-
       if (stretchGroup.cs.conservationApplied())
       {
         SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs, stretchGroup
@@ -1644,9 +1647,9 @@ public class SeqPanel extends JPanel implements MouseListener,
         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs, stretchGroup
                 .getName());
       }
-      PaintRefresher.Refresh(this, av.getSequenceSetId());
-      ap.paintAlignment(true);
     }
+    PaintRefresher.Refresh(this, av.getSequenceSetId());
+    ap.paintAlignment(true);
 
     changeEndRes = false;
     changeStartRes = false;
@@ -1874,7 +1877,12 @@ public class SeqPanel extends JPanel implements MouseListener,
         SequenceGroup sgroup = null;
         if (seqsel != null)
         {
-          seqsel = seqsel.intersect(av.alignment,
+          if (av.alignment==null)
+          {
+            jalview.bin.Cache.log.warn("alignviewport av SeqSetId="+av.getSequenceSetId()+" ViewId="+av.getViewId()+" 's alignment is NULL! returning immediatly.");
+            return;
+          }
+          sgroup = seqsel.intersect(av.alignment,
                   (av.hasHiddenRows) ? av.hiddenRepSequences : null);
         }
         if (sgroup != null && sgroup.getSize() > 0)
@@ -1889,18 +1897,31 @@ public class SeqPanel extends JPanel implements MouseListener,
       }
       if (av.colSel == null || !av.isColSelChanged())
       {
-        // Check to see if the current selection is from a previous message
+        // the current selection is unset or from a previous message
+        // so import the new colsel.
         if (colsel == null || colsel.size() == 0)
         {
-          av.colSel.clear();
+          if (av.colSel!=null)
+          {
+            av.colSel.clear();
+          } 
         }
         else
         {
-          av.colSel = new ColumnSelection(colsel);
+          if (av.colSel == null)
+          {
+            av.colSel = new ColumnSelection(colsel);
+          } else {
+            av.colSel.setElementsFrom(colsel);
+          }
         }
         repaint |= av.isColSelChanged();
       }
     }
+    if (av.hasHiddenColumns && (av.colSel==null || av.colSel.getHiddenColumns()==null))
+    {
+      System.err.println("Bad things");
+    }
     if (repaint)
     {
       // probably finessing with multiple redraws here