git://source.jalview.org / jalview.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
JAL-1114 - refactor methods handling Vectors and Hashtables to Lists and Maps, and...
[jalview.git] / src / jalview / gui / TextColourChooser.java
diff --git a/src/jalview/gui/TextColourChooser.java b/src/jalview/gui/TextColourChooser.java
index d761424..1627ab7 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/TextColourChooser.java
+++ b/src/jalview/gui/TextColourChooser.java
@@ -1,6 +1,6 @@
 /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
+ * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
  * 
  * This file is part of Jalview.
  * 
@@ -65,12 +65,11 @@ public class TextColourChooser
     final JPanel bigpanel = new JPanel(new BorderLayout());
     JPanel panel = new JPanel();
     bigpanel.add(panel, BorderLayout.CENTER);
-    bigpanel
-            .add(
-                    new JLabel(
-                            "<html><i>Select a dark and light text colour, then set the threshold to"
-                                    + "<br>switch between colours, based on background colour</i></html>"),
-                    BorderLayout.NORTH);
+    bigpanel.add(
+            new JLabel(
+                    "<html><i>Select a dark and light text colour, then set the threshold to"
+                            + "<br>switch between colours, based on background colour</i></html>"),
+            BorderLayout.NORTH);
     panel.add(col1);
     panel.add(slider);
     panel.add(col2);
@@ -189,16 +188,15 @@ public class TextColourChooser
 
   void setGroupTextColour()
   {
-    if (ap.av.alignment.getGroups() == null)
+    if (ap.av.getAlignment().getGroups() == null)
     {
       return;
     }
 
-    Vector groups = ap.av.alignment.getGroups();
+    
 
-    for (int i = 0; i < groups.size(); i++)
+    for (SequenceGroup sg:ap.av.getAlignment().getGroups())
     {
-      SequenceGroup sg = (SequenceGroup) groups.elementAt(i);
       sg.textColour = ap.av.textColour;
       sg.textColour2 = ap.av.textColour2;
       sg.thresholdTextColour = ap.av.thresholdTextColour;