git://source.jalview.org / jalview.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
JAL-4134 - brutal hack to build a tree clustering columns of PAE Matrix
[jalview.git] / src / jalview / gui / TreeCanvas.java
diff --git a/src/jalview/gui/TreeCanvas.java b/src/jalview/gui/TreeCanvas.java
index a5f1ab9..a1bcebd 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/TreeCanvas.java
+++ b/src/jalview/gui/TreeCanvas.java
@@ -107,9 +107,9 @@ public class TreeCanvas extends JPanel implements MouseListener, Runnable,
 
   Map<Object, Rectangle> nameHash = new Hashtable<>();
 
-  Map<SequenceNode, Rectangle> nodeHash = new Hashtable<>();
+  Map<BinaryNode, Rectangle> nodeHash = new Hashtable<>();
 
-  SequenceNode highlightNode;
+  BinaryNode highlightNode;
 
   boolean applyToAllViews = false;
 
@@ -174,15 +174,15 @@ public class TreeCanvas extends JPanel implements MouseListener, Runnable,
     tree.findHeight(tree.getTopNode());
 
     // Now have to calculate longest name based on the leaves
-    Vector<SequenceNode> leaves = tree.findLeaves(tree.getTopNode());
+    Vector<BinaryNode> leaves = tree.findLeaves(tree.getTopNode());
     boolean has_placeholders = false;
     longestName = "";
 
     for (int i = 0; i < leaves.size(); i++)
     {
-      SequenceNode lf = leaves.elementAt(i);
+      BinaryNode lf = leaves.elementAt(i);
 
-      if (lf.isPlaceholder())
+      if (lf instanceof SequenceNode && ((SequenceNode)lf).isPlaceholder())
       {
         has_placeholders = true;
       }
@@ -216,7 +216,7 @@ public class TreeCanvas extends JPanel implements MouseListener, Runnable,
    * @param offy
    *          DOCUMENT ME!
    */
-  public void drawNode(Graphics g, SequenceNode node, float chunk,
+  public void drawNode(Graphics g, BinaryNode node, float chunk,
           double wscale, int width, int offx, int offy)
   {
     if (node == null)
@@ -278,7 +278,7 @@ public class TreeCanvas extends JPanel implements MouseListener, Runnable,
         g.drawString(nodeLabel, xstart + 2, ypos - 2);
       }
 
-      String name = (markPlaceholders && node.isPlaceholder())
+      String name = (markPlaceholders && ((node instanceof SequenceNode && ((SequenceNode)node).isPlaceholder())))
               ? (PLACEHOLDER + node.getName())
               : node.getName();
 
@@ -307,9 +307,9 @@ public class TreeCanvas extends JPanel implements MouseListener, Runnable,
     }
     else
     {
-      drawNode(g, (SequenceNode) node.left(), chunk, wscale, width, offx,
+      drawNode(g, (BinaryNode) node.left(), chunk, wscale, width, offx,
               offy);
-      drawNode(g, (SequenceNode) node.right(), chunk, wscale, width, offx,
+      drawNode(g, (BinaryNode) node.right(), chunk, wscale, width, offx,
               offy);
 
       double height = node.height;
@@ -391,7 +391,7 @@ public class TreeCanvas extends JPanel implements MouseListener, Runnable,
       }
     }
 
-    for (Entry<SequenceNode, Rectangle> entry : nodeHash.entrySet())
+    for (Entry<BinaryNode, Rectangle> entry : nodeHash.entrySet())
     {
       Rectangle rect = entry.getValue();
 
@@ -805,7 +805,7 @@ public class TreeCanvas extends JPanel implements MouseListener, Runnable,
     }
     else
     {
-      Vector<SequenceNode> leaves = tree.findLeaves(highlightNode);
+      Vector<BinaryNode> leaves = tree.findLeaves(highlightNode);
 
       for (int i = 0; i < leaves.size(); i++)
       {
@@ -848,9 +848,9 @@ public class TreeCanvas extends JPanel implements MouseListener, Runnable,
 
     Object ob = findElement(evt.getX(), evt.getY());
 
-    if (ob instanceof SequenceNode)
+    if (ob instanceof BinaryNode)
     {
-      highlightNode = (SequenceNode) ob;
+      highlightNode = (BinaryNode) ob;
       this.setToolTipText(
               "<html>" + MessageManager.getString("label.highlightnode"));
       repaint();
@@ -923,7 +923,7 @@ public class TreeCanvas extends JPanel implements MouseListener, Runnable,
       av.sendSelection();
       return;
     }
-    else if (!(ob instanceof SequenceNode))
+    else if (!(ob instanceof BinaryNode))
     {
       // Find threshold
       if (tree.getMaxHeight() != 0)
@@ -931,7 +931,7 @@ public class TreeCanvas extends JPanel implements MouseListener, Runnable,
         threshold = (float) (x - offx)
                 / (float) (getWidth() - labelLength - (2 * offx));
 
-        List<SequenceNode> groups = tree.groupNodes(threshold);
+        List<BinaryNode> groups = tree.groupNodes(threshold);
         setColor(tree.getTopNode(), Color.black);
 
         AlignmentPanel[] aps = getAssociatedPanels();
@@ -971,7 +971,7 @@ public class TreeCanvas extends JPanel implements MouseListener, Runnable,
 
   }
 
-  void colourGroups(List<SequenceNode> groups)
+  void colourGroups(List<BinaryNode> groups)
   {
     AlignmentPanel[] aps = getAssociatedPanels();
     for (int i = 0; i < groups.size(); i++)
@@ -980,7 +980,7 @@ public class TreeCanvas extends JPanel implements MouseListener, Runnable,
               (int) (Math.random() * 255), (int) (Math.random() * 255));
       setColor(groups.get(i), col.brighter());
 
-      Vector<SequenceNode> l = tree.findLeaves(groups.get(i));
+      Vector<BinaryNode> l = tree.findLeaves(groups.get(i));
 
       Vector<SequenceI> sequences = new Vector<>();