import java.util.Hashtable;
import java.util.IdentityHashMap;
import java.util.Iterator;
+import java.util.List;
import javax.swing.JInternalFrame;
{
// int[] intervals = colsel.getVisibleContigs(
// seqsel.getStartRes(), seqsel.getEndRes() + 1);
- int[] intervals = hidden.getVisibleContigs(
+ List<int[]> intervals = hidden.getVisibleContigs(
seqsel.getStartRes(), seqsel.getEndRes() + 1);
- for (int iv = 0; iv < intervals.length; iv += 2)
+ for (int[] region : intervals)
{
Seg s = new Seg();
- s.setStart(intervals[iv] + 1); // vamsas indices begin at
+ s.setStart(region[0] + 1); // vamsas indices begin at
// 1, not zero.
- s.setEnd(intervals[iv + 1] + 1);
+ s.setEnd(region[1] + 1);
s.setInclusive(true);
range.addSeg(s);
}