import java.util.Hashtable;
import java.util.IdentityHashMap;
import java.util.Iterator;
-import java.util.List;
import javax.swing.JInternalFrame;
}
else
{
- // int[] intervals = colsel.getVisibleContigs(
- // seqsel.getStartRes(), seqsel.getEndRes() + 1);
- List<int[]> intervals = hidden.getVisibleContigs(
- seqsel.getStartRes(), seqsel.getEndRes() + 1);
- for (int[] region : intervals)
+ Iterator<int[]> intervals = hidden
+ .getVisContigsIterator(seqsel.getStartRes(),
+ seqsel.getEndRes() + 1);
+ while (intervals.hasNext())
{
+ int[] region = intervals.next();
Seg s = new Seg();
- s.setStart(region[0] + 1); // vamsas indices begin at
- // 1, not zero.
+ s.setStart(region[0] + 1); // vamsas indices begin at 1,
+ // not zero.
s.setEnd(region[1] + 1);
s.setInclusive(true);
range.addSeg(s);